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1) Le présent contentieux porte sur les exercices fiscaux 2007, 2008 et 2009, et concerne tant l'impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) que l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD).

2) X______ S.A. (ci-après : la société ou la contribuable) est une société anonyme ayant son siège à Genève. Son but social est « Gestion de fortune, contrôle de gestion et analyse de portefeuilles ; conseils en placements ; prise de participations, à l'exclusion de participations dans des sociétés ayant un but immobilier au sens de la loi fédérale sur l'acquisition d'immeubles par des personnes à l'étranger du 16 décembre 1983 (LFAIE - RS 211.412.41) ».

3) De 2007 à 2009, certains membres du conseil d'administration ou de la direction de la société étaient également actionnaires de celle-ci. Il s'agissait de :

- Monsieur Y______, président, détenteur de 30 % du capital social ;

- Monsieur Z______, directeur, détenteur de 30 % du capital social ;

- Monsieur A______, directeur, détenteur de 20 % du capital social ;

- Monsieur B______, directeur, détenteur de 20 % du capital social.

Les quatre dirigeants précités sont nés entre 1951 et 1955.

Procédure de taxation 2007

4) Le 1^er septembre 2008, la contribuable a adressé sa déclaration fiscale 2007 à l'administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE).

A l'issue de l'exercice 2007, le compte de profits et pertes de la société présentait un chiffre d'affaires de CHF 6'230'069.-, composé de CHF 2'548'270.-d'honoraires de gestion et de CHF 3'681'799.- de rétrocessions. Le bénéfice net s'élevait à CHF 522'032.-.

Dans l'annexe C à la déclaration fiscale, la contribuable a mentionné les prestations versées aux membres de l'administration et aux autres organes. Pour les quatre dirigeants et actionnaires précités, elle a déclaré les montants suivants :

5) Le 24 novembre 2008, l'AFC-GE a demandé à la contribuable de décrire l'activité exacte de MM. Y______, Z______, A______ et B______ en son sein ainsi que la base de calcul ayant permis de fixer la rémunération de ces personnes. En outre, elle devait communiquer l'identité exacte de tous les actionnaires et le pourcentage du capital-actions qu'ils détenaient.

6) Le 15 décembre 2008, la mandataire de la société a répondu. Les quatre personnes précitées exerçaient en son sein les fonctions de directeurs et gérants de fortune. Leur activité consistait, entre autre, à démarcher et recevoir des clients, leur proposer des plans d'investissement en valeurs mobilières, négocier avec les établissements financiers les meilleurs conditions pour les placements et certaines opérations spécifiques en bourse, gérer les portefeuilles des clients et suivre de près les marchés financiers. Ils devaient également remplir des missions particulières prévues par les contrats de travail individuels.

Le salaire de chacun d'eux était fixé dans leur contrat de travail et leur rémunération correspondait à celle versée dans la branche pour un gestionnaire dans une banque privée ou un gestionnaire exerçant une activité dans le cadre d'une société. Ils percevaient une part de salaire fixe ainsi qu'un bonus directement lié à leur activité de gérance de fortune et en relation très étroite avec l'importance des portefeuilles gérés qu'ils avaient apportés. Les montants qu'ils percevaient ne correspondaient en aucune façon à une rémunération du capital investi en tant qu'actionnaires.

La contribuable a fourni une copie desdits contrats de travail. Tous quatre avaient été conclus en décembre 2006. Lors de la conclusion du contrat de M. Y______, la société était représentée par MM. A______ et Z______, lors de celui de M. Z______ par MM. Y______ et A______, lors de ceux de MM. A______ et B______ par MM. Y______ et Z______. A teneur desdits contrats, chacun des directeurs avait un droit, outre son salaire fixe, de percevoir un bonus pouvant aller jusqu'à 15 % du chiffre d'affaires qu'il avait généré.

Les quatre dirigeants étaient engagés à plein-temps et devaient accomplir un horaire hebdomadaire de 41,5 heures. En raison des responsabilités rattachées à leurs fonctions, une grande souplesse leur était demandée dans le nombre d'heures à effectuer.

7) Le 30 juillet 2009, l'AFC-GE a remis à la société des bordereaux de taxation définitive ICC et IFD 2007. Le bénéfice de la contribuable était repris à concurrence d'un montant de CHF 1'020'609.-, correspondant à des salaires excessifs versés à certains dirigeants actionnaires. Le bénéfice net imposable était arrêté à CHF 1'542'641.-.

Pour l'ICC, l'impôt sur le bénéfice s'établissait à CHF 362'212,15 et l'impôt total, inclus l'impôt sur le capital, à CHF 367'021,15.

Pour l'IFD, l'impôt sur le bénéfice s'élevait à CHF 131'121.-.

Avec les bordereaux de taxation précités, l'AFC-GE a transmis la feuille de calcul des salaires excessifs déterminés suivant la méthode dite « méthode valaisanne ». Parmi les éléments pris en considération pour arrêter la reprise sur bénéfice précitée, elle avait retenu des salaires de base de CHF 960'000, soit CHF 240'000.- pour chacun des dirigeants précités. Elle n'avait admis qu'un montant de CHF 1'789'391.- à titre de rémunération totale de ceux-ci en lieu et place de CHF 2'810'000.-.

8) Le 18 août 2009, la société a formé une réclamation auprès de l'AFC-GE contre les deux bordereaux de taxation ICC et IFD 2007 précités. Elle contestait la reprise sur bénéfice pour salaires excessifs et l'application de la méthode valaisanne. Le salaire de base de CHF 960'000.- retenu était trop faible dans la section de la gestion de fortune de très haut niveau à laquelle les quatre directeurs appartenaient. Appliquer les statistiques de l'Union suisse des arts et métiers n'avait aucun sens dans un cas aussi particulier.

La rémunération des dirigeants actionnaires incluait un bonus attribué en fonction de la rentabilité des dossiers apportés par chacun d'entre eux.

Les salaires avaient été fixés sur la base d'un contrat de travail et non pas de manière aléatoire une fois le résultat annuel connu. L'activité des dirigeants était intense et impliquait un engagement allant bien au-delà du cahier des charges d'un directeur d'une entreprise classique. Les rémunérations n'avaient pas été fixées en fonction de la qualité d'actionnaire de chacun des dirigeants. Il y avait donc lieu d'accepter les montants de salaires conventionnels comptabilisés.

Chacun des contrats de travail des quatre actionnaires précités arrêtait le montant du salaire fixe convenu, le montant des frais de représentation forfaitaires et le mode de calcul du bonus, qui constituait une rémunération variable calculée en fonction du montant des mandats apportés par le cocontractant. Pour 2007, le montant total du bonus s'était élevé à CHF 800'000.-, réparti sur trois gestionnaires car M. B______ n'en avait pas reçu.

Les conditions salariales étaient renouvelées tacitement d'année en année, en fonction du contexte économique général et de la situation de la société. Pour l'année 2007, MM. Y______, Z______ et A______ avait chacun reçu, le 21 décembre 2006, un courrier signé des deux autres directeurs confirmant le montant du salaire fixe qui leur était accordé. Il en était allé de même pour M. B______.

La contribuable a également produit un tableau des salaires et bonus 2007. M. Y______ avait dégagé un chiffre d'affaires de CHF 2'701'500.-, si bien que son salaire contractuel s'élevait à CHF 1'245'225.- (bonus inclus), M. Z______ un chiffre d'affaires de CHF 1'380'900.-, soit un salaire contractuel de CHF 807'135.- (bonus inclus), M. A______ un chiffre d'affaires de CHF 756'800.-, soit un salaire contractuel de CHF 443'520.- (bonus inclus), et M. B______ un chiffre d'affaires de CHF 980'400.-, soit un salaire contractuel de CHF 387'060.- (sic, bonus inclus). La comparaison entre le pourcentage du salaire perçu et celui du nombre d'actions détenu révélait que M. Y______ avait perçu un salaire, bonus inclus, bien supérieur à celui qu'il aurait dû percevoir s'il avait été fixé en fonction du pourcentage d'actions qu'il détenait tandis que les trois autres actionnaires auraient dû percevoir un montant supérieur selon cette même règle.

9) Le 10 septembre 2010, l'AFC-GE a adressé deux courriers à la contribuable, l'un en matière d'ICC et l'autre d'IFD. Suite à ses réclamations, elle entendait rectifier la taxation querellée en sa défaveur pour tenir compte d'une partie des frais de représentation forfaitaires qu'elle n'admettait pas à concurrence de CHF 114'088.-. La contribuable était invitée à se déterminer.

10) Le 8 octobre 2010, celle-ci a contesté cette reprise supplémentaire. Les frais forfaitaires déclarés correspondaient à ceux qu'elle avait déclarés à l'AFC-GE, selon la liste du 19 janvier 2007 que l'AFC-GE avait acceptée et dont le montant total s'élevait à CHF 153'000.-.

Concernant le calcul des salaires excessifs, elle transmettait un tableau, duquel il ressortait qu'un montant de CHF 1'335.- pouvait être effectivement considéré comme salaire excessif. Les salaires de base à retenir équivalaient à CHF 1'635'300.-, calculés en fonction des statistiques de l'observatoire genevois du marché du travail (ci-après : OGMT), appliquées selon les normes de la commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après : la commission), devenue le 1^er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI), soit en retenant une activité des dirigeants égale à 60 heures par semaine.

11) Le 14 février 2011, l'AFC-GE a admis partiellement la réclamation présentée par la société concernant tant l'ICC que l'IFD. Selon le calculateur de salaire de OGTM, en tenant compte d'un taux horaire moyen de 40 heures par semaine, les salaires de base (salaire brut médian) qu'elle retenait étaient portés de CHF 240'000.- à CHF 280'680.- pour M. Y______, à CHF 278'040.- pour M. B______, et à CHF 280'200.- pour MM. Z______ et A______, soit à un total de CHF1'119'120.-. En effet, l'ancienneté devait être appréciée à la lumière du nombre d'années dans l'entreprise.

Le montant des rémunérations excessives versées aux quatre actionnaires s'élevait à CHF 878'789.-, selon les calculs suivants :

Elle a également repris une partie des frais de représentation forfaitaires. Le fait d'admettre le versement de frais forfaitaires en relation avec un salaire n'impliquait pas pour autant que cela emporte validation desdits frais forfaitaires sous l'angle de la problématique des salaires excessifs. Elle avait retenu un salaire excessif de CHF 878'789.-, ce qui la conduisait à refuser d'admettre au titre de charges un montant de CHF 114'068.- sur les frais forfaitaires accordés aux quatre actionnaires, soit CHF 15'568.- pour M. Y______, CHF 15'304.- pour M. B______ et CHF 15'520.- pour MM. Z______ et A______.

La taxation définitive rectifiée s'établissait pour l'ICC 2007 à CHF 355'700.- d'impôt sur le bénéfice, fondée sur un bénéfice net de CHF 1'514'909.-. L'impôt total dû s'élevait à CHF 360'509,65. Pour l'IFD 2007, l'impôt s'élevait à CHF 128'766,50 fondé sur un bénéfice imposable identique à celui de l'ICC.

12) Le 11 mars 2011, la société a saisi le TAPI d'un recours contre les deux décisions sur réclamation du 14 février 2011 précitées (cause A/767/2011).

Procédure de taxation 2008

13) Le 21 septembre 2009, la contribuable a adressé à l'AFC-GE sa déclaration fiscale 2008.

A l'issue de l'exercice 2008, le compte de profits et pertes de la société présentait un chiffre d'affaires de 5'845'821.-, dont essentiellement CHF 2'317'170.- d'honoraires de gestion et CHF 3'250'437.- de rétrocessions, soit un total de CHF 5'567'607. Le bénéfice net s'élevait à CHF 362'053.-.

Dans l'annexe C à la déclaration fiscale, la contribuable a mentionné les prestations versées aux membres de l'administration et aux autres organes. Pour les quatre dirigeants précités, elle a déclaré les montants suivants :

14) Le 17 septembre 2010, l'AFC-GE a remis à la société des bordereaux de taxation définitive 2008 ICC et IFD. Elle reprenait le bénéfice de la contribuable à concurrence d'un montant de CHF 1'107'200.-, au titre de prestation aux actionnaires. En outre, elle reprenait des frais forfaitaires de représentation payés à ceux-ci, qu'elle n'admettait pas. Le bénéfice net imposable était arrêté à CHF 1'498'763.-.

Pour déterminer le montant des salaires excessifs précités, elle avait appliqué la méthode valaisanne en retenant pour les quatre dirigeants actionnaires concernés un salaire de base de CHF 1'130'640.-.

Pour l'ICC, l'impôt sur le bénéfice s'établissait à CHF 352'059,80 et l'impôt total, inclus l'impôt sur le capital, à CHF 358'329,45.

Pour l'IFD, l'impôt sur le bénéfice s'élevait à CHF 127'389,50.

15) Le 8 octobre 2010, la société a formé une réclamation auprès de l'AFC-GE contre les deux bordereaux de taxation ICC et IFD 2008 précités. Les bordereaux de taxation définitive devaient être annulés. L'AFC-GE devait renoncer à appliquer la méthode valaisanne aux bonus des dirigeants. Elle devait admettre la partie fixe des salaires conventionnels comme représentant la rémunération adéquate de ceux-ci. Un montant de CHF 261'760.- pouvait tout de même être repris au titre de salaire excessif.

Le salaire de base d'un dirigeant pouvait être calculé selon les normes de l'OGMT mais pour la catégorie des gérants de fortune de très haut niveau à laquelle les quatre directeurs appartenaient, le montant de CHF 1'130'640.- retenu par l'AFC-GE était trop faible. S'il n'était pas contestable qu'un salaire de base soit calculé selon les normes de l'OGMT, le complément de salaire payé sous forme de bonus ne devait pas être pris en compte.

La contribuable avait engagé M. B______ à la fin de l'année 2009, un collaborateur non actionnaire dont le salaire 2010 était de CHF 408'000.-. Le fait d'avoir pris en compte le salaire de celui-ci dans le calcul de base était la preuve que la base de calcul utilisée ne correspondait pas à la réalité économique.

La contribuable reprenait pour le surplus l'argumentation qu'elle avait développée dans sa réclamation du 18 octobre 2009 concernant sa taxation 2007.

L'activité de ses dirigeants avait été intense. Elle impliquait un engagement allant au-delà du cahier des charges d'un directeur d'une entreprise classique. C'était pourquoi, dans son calcul, elle avait considéré qu'elle correspondait à une durée de 60 heures par semaine, sauf pour M. A______ qui avait été absent pour cause d'accident durant la quasi-totalité de l'année 2008.

Il n'y avait aucune relation entre le montant des salaires et la qualité d'actionnaire de chacun des dirigeants. Leur rémunération dépendait de l'importance de leur activité de gestion.

Selon le tableau des salaires et bonus 2008 qu'elle produisait, M. Y______ avait dégagé un chiffre d'affaires de CHF 2'701'500.-, si bien que son salaire contractuel (bonus inclus), s'élevait à CHF 1'245'225.-, M. Z______ un chiffre d'affaires de CHF 1'380'900.-, soit un salaire (bonus inclus) de CHF 807'135.-, M. A______ un chiffre d'affaires de CHF 756'800.-, soit un salaire (bonus inclus) de CHF 443'520.-, et M. B______ un chiffre d'affaires de CHF 980'400.-, soit un salaire (bonus inclus) de CHF 387'060.-. A l'aide de ce tableau, la contribuable effectuait les mêmes comparaisons concernant les rapports entre le montant du salaire perçu (bonus inclus) et le pourcentage d'actions détenu par chaque actionnaire, arrivant aux mêmes constats que dans sa réclamation relative à l'impôt 2007.

16) Le 1^er novembre 2010, l'AFC-GE a écrit deux courriers à la contribuable, l'un en matière d'ICC et l'autre d'IFD. Suite à la réclamation de celle-ci, elle entendait rectifier la taxation querellée en sa défaveur. Le montant des salaires excessifs passait à CHF 1'179'760.-. En outre, elle n'admettait pas des frais de représentation forfaitaires à concurrence de CHF 121'526.-. La contribuable était invitée à se déterminer.

17) Le 29 novembre 2010, la contribuable a contesté cette reprise supplémentaire.

Elle s'est référée à l'argumentation qu'elle avait présentée dans sa réclamation du 8 octobre 2010. Les frais forfaitaires qui devaient être retenus étaient ceux qu'elle avait annoncés à l'AFC-GE, qui les avaient acceptés.

18) Le 12 janvier 2011, par deux décisions distinctes, l'une pour l'ICC et l'autre pour l'IFD, l'AFC-GE a admis partiellement la réclamation présentée par la société. Elle avait pris en compte une durée de travail de 60 heures hebdomadaires pour tous les actionnaires concernés, sauf pour M. A______, en arrêt de travail suite à un accident, pour lequel elle avait retenu 40 heures hebdomadaires. Le montant des salaires excessifs était arrêté à CHF 960'360.-, selon les calculs suivants :

Il n'y avait pas de reprises sur les frais forfaitaires.

La taxation définitive rectifiée s'établissait pour l'ICC 2008 à CHF 310'625,40 d'impôt sur le bénéfice, fondée sur un bénéfice net de CHF 1'322'373.-, et à un impôt total de CHF 316'895,75.

Pour l'IFD 2008, elle s'élevait à CHF 112'395,50, fondée sur un bénéfice imposable identique à celui de l'ICC.

19) Le 10 février 2011, la société a saisi le TAPI d'un recours contre les deux décisions sur réclamation précitées, concernant tant l'ICC que l'IFD 2008 (cause A/488/2011, le dépôt du recours ayant précédé celui dirigé contre la décision sur réclamation relative à la taxation 2007).

Taxation 2009 et procédure de réclamation

20) Le 24 septembre 2010, la contribuable a adressé à l'AFC-GE sa déclaration fiscale 2009.

A l'issue de l'exercice 2009, le compte de profits et pertes de la société présentait un chiffre d'affaires de CHF 5'063'685.-, dont essentiellement CHF 1'945'359.- d'honoraires de gestion et CHF 2'991'935.- de rétrocessions, soit un total de CHF 4'937'294.-. Le bénéfice net s'élevait à CHF 173'812.-.

En outre, dans l'annexe C à la déclaration fiscale, elle a mentionné les prestations versées aux membres de l'administration et aux autres organes. Pour les quatre dirigeants précités, elle a déclaré les montants suivants :

21) Le 19 janvier 2011, l'AFC-GE a adressé à la contribuable ses bordereaux de taxation définitive 2009 ICC et IFD.

Le bénéfice de la société était repris à concurrence d'un montant de CHF 754'717.-, correspondant au salaire excessif perçu par trois actionnaires, MM. Y______, Z______ et B______, et avait été repris au titre de prestation à l'actionnaire. Elle n'avait effectué aucune reprise sur les frais forfaitaires de représentation qui leur avaient été versés. Le bénéfice net imposable était arrêté à CHF 928'528.-.

Pour l'ICC, l'impôt sur le bénéfice s'établissait à CHF 218'018,40 et l'impôt total, inclus l'impôt sur le capital, à CHF 219'479,90.

Pour l'IFD, l'impôt sur le bénéfice s'élevait à CHF 78'922,50.-.

Selon la fiche de calcul du salaire excessif annexée, pour déterminer le montant des salaires de base, elle avait pris comme référence salariale le « montant du salaire de Monsieur C______ », un nouveau gérant de fortune de 37 ans engagé à la fin de l'année 2009, dont le salaire fixe annuel s'élevait à CHF 402'000.-. Les calculs étaient les suivants :

Il n'y avait pas de reprises sur les frais forfaitaires.

22) Le 10 février 2011, la contribuable a formé une réclamation auprès de l'AFC-GE contre les deux bordereaux de taxation ICC et IFD 2009 précités. Elle contestait la reprise sur bénéfice de CHF 754'717.- à titre de salaires excessifs et l'application de la méthode valaisanne. Le salaire de base de CHF 1'206'000.-retenu était inadéquat. L'AFC-GE s'était basée sur une nouvelle pratique du TAPI. Celle-ci avait ainsi pris pour référence le salaire d'un collaborateur, M. C______, qu'elle avait multiplié par trois. Cette base était très proche du salaire de référence de l'OGMT mais ne prenait pas en compte le complément de salaire payé sous forme de bonus, alors que ce dernier devait l'être.

Selon le tableau des salaires et bonus 2009 qu'elle produisait, M. Y______ avait dégagé un chiffre d'affaires de CHF 2'473'700.-, si bien que son salaire contractuel (bonus inclus) s'élevait à CHF 1'211'055.-, M. Z______ un chiffre d'affaires de CHF 1'111'350.-, soit un salaire (bonus inclus) de CHF 766'703.-, M. B______ un chiffre d'affaires de CHF 1'012'200.-, soit un salaire (bonus inclus) de CHF 559'830.-. Elle mettait en exergue les mêmes comparaisons à propos des rapports entre le montant du salaire perçu (bonus inclus) et pourcentage d'actions. Elle en tirait les mêmes conclusions que dans ses réclamations relatives à ses impositions 2007 et 2008.

Au surplus, elle reprenait l'argumentation développée dans ces dernières.

23) Le 10 mars 2011, par deux décisions distinctes, l'une pour l'ICC et l'autre pour l'IFD, l'AFC-GE a rejeté la réclamation de la contribuable du 19 février 2011 et maintenu ses décisions de taxation 2009.

Le recours à la méthode valaisanne pour déterminer si des prestations appréciables en argent avaient été accordées aux actionnaires avait été validé par le Tribunal fédéral dans un arrêt du 19 août 2008 lorsqu'il n'était pas possible d'utiliser des critères de comparaison internes.

Comme base de calcul pour la détermination des salaires excessifs accordés aux dirigeants, elle avait utilisé le salaire du collaborateur non actionnaire que la société avait engagé en 2009. Il n'était pas possible de comparer la rémunération perçue par les actionnaires avec celles qu'ils toucheraient au sein d'une autre entité de taille différente. Au vu de la teneur des contrats de travail de ces dirigeants que la contribuable avait remis, il n'était pas possible de retenir pour ceux-ci une durée de travail de 60 heures hebdomadaires.

24) Le 4 avril 2011, la société a saisi le TAPI d'un recours contre les deux décisions sur réclamation précitées, concernant tant l'ICC que l'IFD 2009 (cause A/1178/2011).

Procédure de recours devant le TAPI

25) Dans son recours au TAPI du 10 février 2011 relatif à l'ICC et à l'IFD 2008 (cause n° A/488/2011), la société a conclu à l'annulation des décisions sur réclamation du 12 janvier 2011 et des bordereaux de taxation rectificatifs portant la même date. Le montant des salaires excessifs devait être déterminé en fonction d'un salaire de base calculé selon les normes pour cas particuliers, soit un taux de 150 % et 60 heures de travail hebdomadaires. La méthode valaisanne ne devait pas être appliquée aux bonus des dirigeants. La taxation devait être corrigée en fonction d'un montant de salaires excessifs limité à CHF 261'760.-.

Dans le secteur de la gestion de fortune de haut niveau, les salaires des personnes qui avaient des compétences et des responsabilités équivalentes étaient beaucoup plus élevés que les salaires de base retenus. Il n'était pas possible d'appliquer les statistiques globales de l'OGMT. Les bonus étaient attribués en fonction de la rentabilité des dossiers et des apports de clientèle faits par chaque gestionnaire, selon un tableau des salaires est bonus qu'elle produisait.

Au surplus, les salaires n'étaient pas fixés en fonction de la qualité d'actionnaire de chacun des dirigeants et n'y avait pas de prorata ou de relation entre le nombre d'actions détenues et le salaire réel final. Elle avait engagé à la fin de l'année 2009 un collaborateur dont le salaire de base 2010 était égal à CHF 402'000.-. Une telle rémunération de base pour un collaborateur âgé seulement de 37 ans, puisque né en 1973, démontrait que les montants de salaire de base retenus par l'AFC-GE pour la taxation 2008 ne correspondaient pas à la réalité économique.

Elle avait effectué ses propres calculs relatifs aux salaires dits excessifs selon la méthode valaisanne et demandait que soient retenus les critères appliqués dans la feuille de calcul qu'elle produisait. Ceux-ci conduisaient à admettre un salaire excessif de CHF 261'760.-.

Le chiffre d'affaires réalisé était de CHF 5'845'821.- et le bénéfice comptable de CHF 362'053.-.

En fonction d'un horaire de 60 heures par semaine pour trois des quatre dirigeants, le salaire mensuel médian calculé suivant les statistiques de l'OGMT passait de CHF 22'780.- à CHF 34'170.- pour M. Y______, de CHF 22'750.- à CHF 34'125.- pour M. Z______, de CHF 22'570 à CHF 33'855.- pour M. B______, tandis que le salaire de M. A______, en arrêt de travail suite à un accident, restait inchangé à CHF 22'750.-. Le salaire annuel des précités s'élevait ainsi respectivement à CHF 410'040.-, CHF 409'500.-, CHF 406'260.- et CHF 273'000.-, représentant une masse salariale totale de CHF 1'498'800.-.

Le supplément du chiffre d'affaires à prendre en considération s'élevait à CHF 105'533.-.

Le bénéfice à prendre en considération dans le calcul de la reprise s'élevait à CHF 935'720.-, dont le montant était déterminé de la manière suivante :

Le montant des salaires excessifs se déterminait ainsi :

26) Dans le recours au TAPI du 11 mars 2011 relatif à l'ICC et à l'IFD 2007 (cause n° A/767/2011), la société a conclu à l'annulation des décisions sur réclamation du 14 février 2011 et des bordereaux de taxation définitive portant la même date. Le montant des salaires excessifs devait être déterminé en fonction d'un salaire de base calculé selon les normes pour cas particuliers, soit un taux de 150 % et 60 heures de travail hebdomadaires. La méthode valaisanne ne devait pas être appliquée aux bonus des dirigeants. La taxation devait être corrigée en fonction d'un montant de salaire excessif limité à CHF 75'789.-.

Elle reprenait l'argumentation développée dans le recours du 10 février 2011 en la complétant. L'AFC-GE avait appliqué pour les années fiscales 2007, 2008 et 2009 des quotas de salaires maximums par directeur-actionnaire très différents dans des décisions prises dans un laps de temps très court. Pour la taxation 2007, elle avait retenu le 14 février 2011 que le salaire de base moyen par dirigeant s'élevait à CHF 279'781.- . Pour la taxation 2008, elle avait considéré le 12 janvier 2011 que celui-ci s'élevait à CHF 337'740.- et pour la taxation 2009 le 19 janvier 2011 à CHF 402 000.-. C'était la démonstration que la méthode de fixation des salaires minimums à laquelle l'intimée avait recouru ne se fondait sur aucune base économique défendable.

Elle avait effectué ses propres calculs relatifs aux salaires dits excessifs et demandait que les critères qu'elle avait appliqués dans la feuille de calcul qu'elle produisait soient retenus. Ils conduisaient à admettre un salaire excessif de CHF 75'789.-.

Le chiffre d'affaires réalisé était de CHF 6'230'070.- et le bénéfice comptable de CHF 522'032.-.

En fonction d'un horaire de 60 heures par semaine pour trois des quatre dirigeants, le salaire mensuel médian suivant les statistiques de l'OGMT passait de CHF 22'780.- à CHF 34'170.-pour celui de M. Y______, de CHF 22'750.- à CHF 34'125.- pour celui de M. Z______, de CHF 22'570.- à CHF 33'855.- pour celui de M. B______ (sic) et de CHF 22'570.- à CHF 34'125.- pour celui de M. A______. Leurs salaires annuels s'élevaient ainsi respectivement à CHF 410'040.-, CHF 409'500.-, CHF 406'260.- et CHF 409'500.- représentant une masse salariale totale de CHF 1'635'300.-.

Le supplément du chiffre d'affaires à prendre en considération s'élevait à CHF 111'681.-.

Le bénéfice à prendre en considération dans le calcul de la reprise s'élevait à CHF 896'732.- dont le montant était déterminé de la manière suivante :

Le montant des salaires excessifs se déterminait ainsi :

27) Dans le recours au TAPI du 4 avril 2011 relatif à l'ICC et à l'IFD 2009 (cause n° A/1178/2011), la société a conclu à l'annulation des décisions sur réclamation du 10 mars 2011 et des bordereaux de taxation définitive du 19 janvier 2011. Pour trois des quatre dirigeants actionnaires, le montant des salaires excessifs devait être déterminé en fonction d'un salaire de base calculé selon les normes pour cas particuliers, soit un taux de 150 % et 60 heures de travail hebdomadaires. La méthode valaisanne ne devait pas être appliquée aux bonus des dirigeants. La taxation devait être corrigée en fonction d'un montant de salaire excessif limité à CHF 294'850.-.

Elle a repris l'argumentation qu'elle avait développée dans son recours du 11 mars 2011.

Elle avait engagé en 2009 un nouveau collaborateur non actionnaire dont le salaire annuel contractuel était de CHF 402'000.- et les frais de représentations de CHF 25'200.-.

Elle avait effectué ses propres calculs relatifs aux salaires dits excessifs et demandait que les critères qu'elle avait appliqués dans la feuille de calcul qu'elle produisait, soit retenus. Ils conduisaient à admettre un salaire excessif de CHF 294'850.-.

Le chiffre d'affaires réalisé à prendre en considération était de CHF 5'063'685.- et le bénéfice comptable de CHF 173'811.-.

En fonction d'un horaire de 60 heures par semaine pour trois des quatre dirigeants, le salaire mensuel médian suivant les statistiques de l'OGMT passait de CHF 22'780.- à CHF 34'170.- pour celui de M. Y______, de CHF 22'750.- à CHF 34'125.- pour celui de M. Z______, de CHF 22'570.- à CHF 33'855.- pour celui de M. B______. M. A______ n'était plus salarié. Leurs salaires annuels s'élevaient ainsi respectivement à CHF 410'040.-, CHF 409'500.-, CHF 406'260.- et CHF 409'500.-, représentant une masse salariale totale de CHF 1'225'800.-.

Le supplément du chiffre d'affaires à prendre en considération s'élevait à CHF 93'019.-.

Le bénéfice à prendre en considération dans le calcul de la reprise s'élevait à CHF 896'732.-, dont le montant était déterminé de la manière suivante :

Le montant des salaires excessifs se déterminait ainsi :

28) Le 8 juillet 2011, l'AFC-GE a répondu aux recours dans chacune des causes précitées, concluant à chaque fois à leur rejet.

Son argumentation était similaire. Dans une situation telle que celle de la contribuable, et eu égard à la position des dirigeants actionnaires concernés, il était justifié de recourir à la méthode valaisanne pour déterminer si une part de leur rémunération ne constituait pas un salaire excessif. Par un arrêt du 19 août 2008, le Tribunal fédéral avait validé le recours à une telle méthode faisant appel à des données statistiques lorsque, comme en l'espèce, faisaient défaut les données servant de base à la détermination de la rémunération dans une société.

Lorsqu'elle avait effectué une comparaison salariale externe, elle avait apprécié avec justesse les qualifications professionnelles des dirigeants pour déterminer le salaire de base qui leur était applicable, ceci en fonction des données statistiques et du calculateur de salaire en ligne de l'OGTM, au recours duquel la jurisprudence cantonale admettait qu'il soit fait. Pour fixer le montant de la reprise, elle avait correctement appliqué la méthode valaisanne, ainsi que cela ressortait de sa propre feuille de calcul.

La contribuable, de son côté, ne démontrait pas que la méthode à laquelle elle avait recouru pour déterminer les salaires admissibles était arbitraire. Elle voulait appliquer un nombre d'heures de travail hebdomadaires de 60 heures alors que les contrats de travail prévoyaient une durée de travail hebdomadaire de 41,5 heures.

Pour l'exercice 2008 (cause n° A/488/2011), une reprise sur bénéfice de CHF 960'320.- pour salaires excessifs était justifiée, suivant sa propre feuille de calcul.

Il en allait de même des reprises sur bénéfice de CHF 878'789.- pour salaires excessifs et de CHF 114'088.- pour les frais forfaitaires, relative à l'exercice 2007 (cause n° A/767/2011).

Pour l'exercice 2009, la reprise de CHF 754'717.- devait être confirmée.

29) Par trois jugements du 23 janvier 2013, le TAPI a admis le recours de la société dans les trois causes précitées en se fondant sur une motivation similaire.

Une personne morale était imposable sur tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial qui ne servaient pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial. Des opérations pouvant être assimilées à des distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfices pouvaient être ainsi reprises sur plan fiscal. Toute prestation faite par la société à ses actionnaires sans contreprestation qui n'était pas justifiée par l'usage commercial était soumise à cette règle. Ceci était valable tant en matière d'ICC que d'IFD.

Une prestation appréciable en argent pouvait être accordée à un actionnaire par le biais du versement d'un salaire excessif à celui-ci. En telle hypothèse, il revenait à l'autorité fiscale de démontrer la disproportion entre la prestation de la société et la contreprestation de l'actionnaire. Pour effectuer la comparaison, à teneur de la jurisprudence fédérale, l'autorité fiscale avait le droit de recourir à la méthode valaisanne mais celle-ci n'avait qu'une valeur subsidiaire, la situation devant être en tous les cas examinée en fonction des spécificités de l'entreprise et de son fonctionnement.

Dans l'application de la méthode valaisanne, la détermination du salaire de base annuel de référence pouvait se faire à l'aide du calculateur de salaire de l'OGTM.

En l'espèce, la contribuable avait établi que le montant des salaires et bonus versés à ses dirigeants actionnaires n'était pas déterminé au prorata du nombre d'actions détenues par chacun d'entre eux mais en fonction du portefeuille de clients qu'ils avaient apportés et de leurs performances. Ils étaient calculés en rapport avec leur contribution à la réalisation du chiffre d'affaires.

En 2009, la société avait engagé un gestionnaire de fortune né en 1973, avec un salaire annuel de base de CHF 402'000.-, ce qui démontrait le haut niveau de revenu des gérants de fortune dans ce domaine d'activité. Pour l'exercice fiscal 2009, l'AFC-GE s'était d'ailleurs fondée sur ce salaire pour examiner celui des dirigeants actionnaires.

Malgré le haut niveau de revenu des dirigeants, la société avait réalisé un bénéfice net dans chacun des exercices fiscaux considérés, celui-ci correspondant à 8,38 % du chiffre d'affaires en 2007 et à 6,19 % en 2009.

L'AFC-GE n'ayant pas démontré que le haut niveau de salaire des dirigeants était lié à leurs qualités d'actionnaires et la contribuable ayant démontré qu'il était fonction de leurs performances, le recours à la méthode valaisanne ne se justifiait pas.

Le dossier devait être retourné à l'AFC-GE pour qu'elle établisse de nouveaux bordereaux d'impôt, dès lors que la société admettait une reprise partielle, que la taxation intervenue dans chacun des exercices fiscaux 2007 à 2009 soit rectifiée en fonction d'une reprise au titre de salaires excessifs versés à ses dirigeants. Dans la cause A/488/2011, selon les calculs effectués par la contribuable, la reprise devait être admise à concurrence de CHF 261'760.- pour l'exercice fiscal 2008 ; dans la cause A/767/2011 à concurrence de CHF 75'789.- pour l'exercice fiscal 2007 et dans la cause A/1178/2011 à concurrence de CHF 294'850.- pour l'exercice fiscal 2009.

30) Par trois actes séparés, déposés le 7 mars 2013 dans chacune des causes précitées, l'AFC-GE a recouru auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative), concluant à l'annulation de chacun des trois jugements du TAPI précités et à la confirmation de ses décisions des 12 janvier 2011 (ICC et IFD 2008), 14 février 2011 (ICC et IFD 2007) et 10 mars 2011 (ICC et IFD 2009).

Pour le recours à la méthode valaisanne, elle avait en définitive établi que les salaires excessifs avaient été versés aux dirigeants à concurrence de :

-                 CHF 878'789.- en 2007 ;

-                 CHF 960'320.- en 2008 ;

-                 CHF 754'717.- en 2009.

Le TAPI avait admis le recours à la méthode valaisanne mais en considérant à tort que la rémunération versée aux dirigeants avait respecté le principe de la pleine concurrence. Des salaires aussi élevés n'avaient pas été versés à des collaborateurs qui ne possédaient pas un lien d'actionnaires avec la société. Dans les calculs qu'elle avait elle-même effectués en recourant à la méthode valaisanne, l'autorité fiscale avait pris en considération, pour déterminer le salaire de base, les qualifications professionnelles des quatre dirigeants actionnaires. Elle avait utilisé le calculateur de l'OGMT comme critère de comparaison externe, celui-ci prenant en compte les caractéristiques des personnes dont la situation devait être évaluée. Même si l'on ne retenait pas que les quatre directeurs disposaient de pouvoirs importants sur la gestion de la société et qu'ils avaient la possibilité de dicter les montants des salaires qui devaient leur être versés, le fait qu'il existait un rapport de participation était déterminant, peu importait qu'ils soient majoritaires ou minoritaires.

Le TAPI avait retenu à tort que l'absence de lien entre le montant de la rémunération et le pourcentage d'actions suffisait à exclure le recours à la méthode valaisanne. Un tel constat était contraire à sa propre jurisprudence, qui avait validé le recours à cette méthode pour les prestations versées à des actionnaires qui ne détenaient pas plus de 15 à 18 % du capital d'une société dans laquelle ils travaillaient. Le fait de calculer le montant d'une rémunération à un actionnaire en fonction de sa contribution à la formation du chiffre d'affaires n'interdisait pas le recours à la méthode valaisanne. En règle générale, en cas de versement d'un salaire excessif à un actionnaire, il était rare que le montant de celui-ci corresponde au pourcentage d'actions qu'il détenait.

Les tableaux représentant le chiffre d'affaires auquel chaque dirigeant avait collaboré ne pouvaient pas être utilisés car le montant cumulé des chiffres d'affaires qu'ils reprenaient ne correspondait pas, pour les trois années considérées, au montant du chiffre d'affaires déclaré dans les états financiers, lequel était plus élevé.

Selon la jurisprudence, la rentabilité des fonds propres n'était pas déterminante pour juger de l'adéquation d'un salaire versé à un actionnaire.

Le jugement du TAPI recelait une contradiction : on ne pouvait pas simultanément refuser à l'AFC-GE la possibilité de recourir à la méthode valaisanne et lui renvoyer le dossier pour qu'elle taxe la contribuable en fonction des reprises admises par cette dernière, qui les avaient déterminées en utilisant ladite méthode.

Pour la taxation 2007, selon les nouvelles normes, un salaire non excessif ne devait pas compenser partiellement un autre salaire qui l'était.

Pour les taxations 2007 et 2008, la référence du TAPI au salaire du collaborateur non actionnaire engagé par la société en 2009 devait être écartée car il ne travaillait pas au sein de celle-ci pendant ces exercices. En outre, pour la taxation 2007, la reprise au titre du salaire excessif aurait dû être plus élevée que celle qu'elle avait elle-même arrêtée car elle n'aurait pas dû tenir compte du salaire non excessif versé durant cet exercice à M. B______. Le montant de la reprise aurait dû être ainsi de CHF 952'487.- en lieu et place de CHF 878'789.-.

Pour la taxation 2009, l'AFC-GE avait utilisé le salaire de base d'un collaborateur de la société non actionnaire pour déterminer celui des actionnaires concernés, au lieu d'appliquer les critères de comparaison de l'OGMT, qui étaient moins favorables. Cela était conforme à sa nouvelle pratique. Elle avait cependant appliqué à ce salaire de base un taux horaire hebdomadaire de 60 heures par semaine, ce qui l'avait augmenté. Or, une telle augmentation ne se justifiait pas. On pouvait en effet considérer que le tiers non-actionnaire effectuait également des heures supplémentaires. De ce fait, le montant du salaire excessif aurait dû être majoré de CHF 754'717.- à CHF 759'313.-.

Nonobstant ceci, la chambre de céans devait confirmer les montants de reprise qu'elle avait décidés à l'issue des procédures de réclamation.

31) Le 21 mars 2012, le juge délégué a ordonné la jonction des causes A/767/2011 et A/1178/2011 à la cause A/488/2011.

32) Le 23 avril 2012, la contribuable a conclu au rejet du recours et à la confirmation des trois jugements déférés.

La rémunération de ses directeurs actionnaires était réglée par contrats, lesquels prévoyaient une part de salaire fixe et une part de salaire variable liée au chiffre d'affaires dégagé par l'activité de gestion des avoirs du client de la société, qui pouvaient aller jusqu'à 15 % du chiffres d'affaires.

En 2009, elle avait engagé un jeune collaborateur de 37 ans non actionnaire, dont la rémunération, hors bonus, était supérieure à la part fixe de celle de MM. B______ et A______, ce qui démontrait que les salaires des actionnaires n'avaient rien d'exagéré.

Concernant la part variable du salaire accordée aux dirigeants actionnaires, elle devait être traitée séparément sous l'angle du salaire excessif, s'agissant d'une société de gestion de fortune. La jurisprudence n'avait jamais traité ce type de société et il ne saurait être question d'appliquer à ce genre d'activité les mêmes principes que ceux retenus pour d'autres entreprises dans le cas desquelles l'application de la méthode valaisanne était le seul moyen de déterminer la rémunération adéquate.

Le TAPI avait à juste titre considéré, qu'en l'espèce, il n'y avait pas de corrélation entre le montant du salaire des dirigeants et leur participation au capital social. Il n'y avait pas d'avantage à concéder à un actionnaire et le recours à la méthode valaisanne n'était pas justifié. Les dirigeants de la société et M. C______ provenaient tous du secteur bancaire et avaient des rémunérations tout aussi importantes, comportant également une part variable. Une rémunération variable représentant 15 % du chiffre d'affaires généré n'était pas exagérée selon les normes jurisprudentielles car elle était bien inférieure au montant de leur rémunération fixe. La société avait généré des bénéfices substantiels aux cours des trois années en cause.

33) Le 4 mai 2012, l'AFC-GE a répliqué. Elle a repris certains aspects de l'argumentation qu'elle avait développée dans son recours. En outre, selon la jurisprudence de la chambre de céans, il n'était pas possible, pour déterminer l'importance d'une rémunération, de se fonder sur le précédent salaire réalisé par la personne.

34) Le 14 mai 2012, la contribuable a dupliqué. La jurisprudence citée par l'AFC-GE insistait sur le fait que, lorsqu'il n'existait pas de critère objectif permettant d'apprécier l'adéquation du salaire d'un employé actionnaire d'une société, y avait la possibilité de recourir à la méthode valaisanne, laquelle était subsidiaire. La situation de la contribuable était toute autre, puisqu'elle avait dégagé dans les trois années concernées des bénéfices substantiels malgré les rémunérations versées à tous ses employés. En outre, aucune corrélation n'existait entre le montant de la rémunération de chacun des directeurs actionnaires avec leur quote-part d'actions de la société.

35) Le 15 mai 2012, la cause a été gardée à juger.

1) Interjetés en temps utile devant la juridiction compétente, les trois recours sont recevables (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).

2) L'objet du litige est la reprise dans le bénéfice imposable ICC et IFD 2007 à 2009 de la contribuable d'une partie des salaires versés à ses directeurs, qui étaient également les actionnaires de celle-ci durant les exercices fiscaux considérés.

3) a. L'art. 57 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD - RS 642.11) prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.

Aux termes de l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, le bénéfice net imposable comprend tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial tels que, notamment, les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial.