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A. a. B______ (ci-après : B______) est active notamment dans le domaine de la construction. Elle exploite depuis plusieurs dizaines d’années des barges destinées à des travaux lacustres, amarrées à des corps-morts sur le lac Léman à l'aval de la Q______, sur la parcelle n° 8'346 de la commune de R______ (ci-après : la commune).

b. Dans le cadre d'un processus qui a impliqué différentes décisions de justice, le département de l'urbanisme, devenu depuis lors le département du territoire (ci‑après : le département), a ordonné à B______ (ci-après : B______) en 2013 de déposer une demande d'autorisation de construire pour l'installation de ces barges.

B. a. B______ a donné suite à cette injonction en déposant le 31 janvier 2017 une requête en autorisation de construire pour trois amarrages forains provisoires B1______, B2______ et B3______, enregistrée sous n° A 4______.

Ultérieurement, B______ a précisé que les trois barges, d’une surface respective de 204 m², 178 m² et 144 m² et d’un poids de 70 t, 62 t et 49 t, seraient arrimées dans le fond du lac par des vis d'ancrage.

b. La direction des autorisations de construire (ci-après : DAC), le service des monuments et des sites (ci-après : SMS) et la commune ont préavisé favorablement le projet, de même que la commission consultative de la diversité biologique (ci‑après : CCDB), soit pour elle sa sous-commission de la flore, qui a considéré que les constructions visées n'avaient pas d'impact significatif sur la végétation lacustre.

c. La direction générale de l'agriculture et de la nature (ci-après : DGAN) a en revanche préavisé défavorablement le projet. Celui-ci visait à pérenniser l'implantation des barges dans un « hot spot » de la réserve fédérale pour oiseaux d'eau GE 118 (concentration d'oiseaux hivernants et plates-formes de nidification pour la sterne pierregarin) à proximité immédiate de la réserve naturelle de la Q______. Il contrevenait ainsi aux objectifs de la loi sur la protection générale des rives du lac, de l'ordonnance sur les réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale du 21 janvier 1991 (OROEM – RS 922.32) et à la réglementation cantonale sur les réserves naturelles. De plus, cette implantation n'était pas conforme à la planification lacustre de 2014 prévoyant de regrouper toutes les barges industrielles sur les sites du S______ et de T______.

Après un nouveau préavis négatif, la DGAN a finalement délivré un préavis favorable sous condition. Les trois corps-morts pour barges industrielles étaient situés depuis de très nombreuses années à cet emplacement. Compte tenu du projet de regroupement des barges industrielles sur les sites du S______ et de T______, l'emplacement actuel ne pouvait être pérenne, vu sa situation au sein d'une réserve fédérale pour oiseaux d'eau. B______ devrait assurer le déplacement des corps‑morts et des barges immédiatement après que l'un ou l'autre des deux sites précités le permettrait.

d. Le 25 juillet 2018, la direction générale de l'eau (ci-après : DGEau) a délivré à B______ une autorisation spéciale LCR 17-965 en vertu de la loi fédérale sur la pêche du 21 juin 1991 (LFSP – RS 923.0)

e. Par décision DD 4______ du 25 juillet 2018, le département a délivré l'autorisation requise.

C. a. Sur recours de riverains et d'une association de protection de la nature, le Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) a annulé cette autorisation par jugement du 2 juillet 2019.

En principe, les installations litigieuses devraient trouver place en dehors de la zone II de protection OROEM. L'amarrage des barges en aval de la Q______ était censé leur offrir une protection naturelle en cas de forte bise. Le département n'avait toutefois pas instruit la possibilité de leur déplacement en dehors de la zone de protection OROEM. Selon les cartes disponibles sur le Système d'information du territoire genevois (ci-après : SITG), il suffirait de déplacer l'amarrage BE 3______ à moins de 100 m vers l'aval, l'amarrage BE 2______ à environ 60 m et l'amarrage BE 1______ à moins d'une vingtaine de mètres. Il n'était certes pas exclu, en application du principe de proportionnalité, de se fonder de manière pragmatique, d'une part, sur le fait qu'aucun dommage avéré n'avait été jusqu'ici causé par les barges durant de longues années et, d'autre part, sur le fait qu'elles seraient déplacées d'ici quelques années vers les sites du S______ ou de T______. Il aurait toutefois fallu que le département et B______ aient démontré ou du moins rendu suffisamment vraisemblable que le déplacement des barges à quelques dizaines de mètres en aval, toujours sur la même parcelle, ne permettrait plus de leur assurer la protection dont elles bénéficiaient, ou que ce déplacement engendrerait des contraintes ou des coûts disproportionnés. Ces questions, qui permettraient de trancher en toute connaissance de cause et de manière équilibrée entre tous les intérêts en présence, n'avaient pas été du tout examinées. Cela s'avérait d'autant plus problématique que le mode d'arrimage par corps mort était appelé, selon le projet, à être modifié au profit de vis d'ancrage.

b. Dans le cadre de la reprise de l'instruction du dossier DD 4______, B______ a adressé au département deux propositions de déplacement des barges en direction de l'aval, reçues par le département le 2 juillet 2021.

b.a Le 22 juillet 2021, le SMS a préavisé favorablement le projet en privilégiant la proposition consistant à déplacer les barges d'environ 100 m, avec un système d'ancrage, ce qui permettrait de les éloigner d'autant plus du site archéologique voisin.

b.b Le 23 juillet 2021, la CCDB s'est déclarée favorable au projet, moyennant l'octroi d'une dérogation relative à la loi sur la protection générale des rives du lac.

b.c Le 5 août 2021, l'office de l'urbanisme (ci-après : OU) s'est déclaré favorable, moyennant l'octroi d'une dérogation relative à la loi d'application de la loi fédérale sur l’aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT - RS 700).

b.d Le 18 août 2021, la commune s'est déclarée défavorable au projet en raison de la proximité de la réserve naturelle.

b.e L’office cantonal de l’agriculture et de la nature (ci-après : OCAN) s'est déclaré défavorable le 23 août 2021. Il préconisait le maintien de l'emplacement et du système d'ancrage actuel des barges. La flore et la faune aquatiques s'étaient adaptées à la présence des installations. Leur déplacement, qui plus était pour une courte durée en raison du déménagement de ces barges dans les cinq ou six ans à venir au S______, aurait un impact non justifié sur les macrophytes et la faune.

b.f Le 3 septembre 2021, l'office cantonal de l’eau (ci-après : OCEau) s'est déclaré défavorable aux deux variantes de déplacement. Il a demandé le maintien des positions et amarrages existants.

b.g Le 15 octobre 2021, l'OCAN a repris son précédent préavis défavorable et ajouté qu'au vu du déménagement au port du S______, le périmètre de protection OROEM dans lequel se situaient les barges ne justifiait pas à lui seul leur déplacement de 50 ou 100 m en aval. La pesée des intérêts en matière de protection de la biodiversité conduisait au constat que l'impact de nouveaux amarrages sur le fond lacustre serait plus important sur les oiseaux d'eau et migrateurs que celui d'un maintien à court terme de la situation.

b.h Le 19 novembre 2021, la DGEau a préavisé favorablement le projet sous conditions.

b.i Par deux préavis, des 7 décembre 2021 et 8 février 2022, la commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après : CMNS) a préavisé favorablement le projet, sous conditions. Elle n'était pas opposée aux amarrages forains déjà en place et entrait donc en matière pour l'usage d'une dérogation relative à la loi sur les eaux, sous condition que les barges soient déplacées dans les meilleurs délais au port du S______ et que les corps-morts soient alors retirés ou supprimés définitivement.

c. Par décision du 9 mars 2022 publiée le même jour dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève (ci-après : FAO), le département a octroyé à B______ l'autorisation DD 4______ en la soumettant aux conditions des différents préavis susmentionnés.

D. a. Par acte du 8 avril 2022, A______ a recouru auprès du TAPI contre cette autorisation et a conclu préalablement à l'apport des procédures A/3398/2021, A/422/2022 et A/403/2022 pendantes devant le TAPI, à ce qu'il soit ordonné à B______ et à l'État de Genève de produire tout accord, convention ou échanges de correspondances formalisant un accord au sujet du déménagement des installations au lieu-dit Le S______, à la suspension de la procédure jusqu'à droit connu sur le projet de loi PL 12'969 modifiant les limites de zones sur le territoire des communes de U______ et de V______ ainsi que partiellement le périmètre de protection générale des rives du lac.

Il était propriétaire des parcelles n^os 6’599 et 9’845 de la commune et sa propriété jouxtait le bord du lac, offrant une vue totalement dégagée sur le paysage alentour et la rive opposée. Il jouissait également de la vue sur la rade de Genève et son Jet d'eau, à tout le moins lorsque les barges litigieuses n'étaient pas occupées.

Le Conseil d'État avait déposé le PL 12'969 devant le Grand conseil le 28 avril 2021 et la Commission du Grand Conseil avait déposé son rapport le 3 février 2022, de sorte que la modification de limites de zones devrait être prochainement adoptée par le législateur.

Depuis le 27 avril 2021, il avait entrepris de nombreuses démarches auprès des autorités pour faire cesser l'exploitation sans droit des barges amarrées aux corps‑morts litigieux. Dans les procédures A/3398/2021, A/422/2022 et A/403/2022, il sollicitait l'interdiction d’utiliser ces derniers. Depuis plus d'un an, il cherchait ainsi à obtenir la remise en état des lieux.

L'autorisation litigieuse violait l'obligation de planification, étant donné qu'elle touchait une zone particulièrement protégée. Il fallait prendre en compte l'impact des corps-morts dans le lac, mais également celui des barges et des pelleteuses, soit un équipement similaire à un petit port. Si une procédure de planification était nécessaire au S______, elle l'était également à la Q______ qui abritait la dernière roselière d'importance du canton.

L'autorisation litigieuse violait également les règles relatives aux dérogations hors de la zone à bâtir et dans une zone protégée du lac. Les différents préavis, qui soulignaient que l'emplacement ne pouvait être maintenu qu'à court terme, démontraient que celui choisi n'était pas objectivement imposé par sa destination. Le seul motif qui avait conduit à l'octroi de l'autorisation était la préexistence de la construction, soit un intérêt de commodité qui n'avait pas à être pris en compte dans l'examen d'une telle dérogation L'intérêt privé d'B______, économique, à pouvoir poursuivre l'exploitation commerciale des corps-morts litigieux devait être examiné en comparaison avec les intérêts publics de protection de la zone et de l'environnement et avec l'intérêt privé à ce qu'il puisse obtenir la préservation de sa vue sur une zone protégée. À défaut, cela donnerait du poids à la politique du fait accompli. La présence de longue date des corps-morts ne pouvait pas être prise en compte dans la pesée des intérêts, d’autant plus que l'autorisation litigieuse n'était pas limitée temporellement, du moins pas de manière suffisamment précise. Pour les riverains, il s'agissait d'un inconvénient grave devant conduire à l'annulation de l'autorisation de construire.

b. Le Grand Conseil a, le 29 avril 2022, promulgué la loi modifiant les limites de zones sur le territoire des communes de U______ et de V______ et modifiant partiellement le périmètre de protection générale des rives du lac (12’969).

c. Par requête du 13 mai 2022, C______ et N______, D______, H______, I______, J______, K______, L______et G______et O______, E______et P______, ainsi que F______et M______ ont demandé au TAPI de pouvoir intervenir dans la procédure.

d. B______ a conclu à l'irrecevabilité du recours et, sur le fond, à son rejet.

L'obligation de planification dont se prévalait A______ concernait des projets d'une certaine envergure et non pas les constructions objets du litige. Un corps-mort ne pouvait être installé que dans le lac et donc hors de la zone à bâtir. En attendant la mise en service du futur port du S______, il n'existait pas d'alternative valable pour l'amarrage des barges. Celles-ci constituaient une très faible immission et A______ avait acquis sa propriété alors qu’elles étaient déjà en place. Il n'y avait par conséquence aucune restriction de vue.

e. Le département a conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.

f. Par décision du 27 juin 2022, le TAPI a rejeté la requête de suspension, déclaré irrecevable la conclusion tendant à l'apport des causes A/3398/2021, A/422/2022 ainsi que A/403/2022 et admis la demande d'intervention.

g. Le 29 juin 2022, A______ a requis des mesures provisionnelles que le TAPI a rejetées par décision du 14 juillet 2022.

h. Le 2 août 2022, A______ a requis des mesures provisionnelles que le TAPI a partiellement admises par décision du 14 octobre 2022.

i. Il a répliqué le 30 août 2022.

j. Par courrier du 14 octobre 2022, le TAPI a invité le département à produire :

-       un plan de format A3 reprenant le périmètre couvert par les deux extraits SITG produits par B______ dans le cadre de ses propositions de déplacement des barges, timbrées par le département le 2 février 2021. Ce plan devrait indiquer l'ensemble des corps-morts et autres ancrages lacustres existants dans ce périmètre, avec leur numéro de référence ;

-       un document séparé, qui serait soustrait à la consultation des autres parties, mentionnant les personnes titulaires d'un droit ou d'une permission quelconque d'amarrage pour chacun de ces corps-morts ou points d'ancrage. Dans l'hypothèse où certaines de ces installations ne seraient attribuées à personne, le département était invité à préciser ce qui empêcherait juridiquement et/ou matériellement de les attribuer à B______.

k. Le département a produit ces documents et, dans son courrier du 25 novembre 2022, a expliqué que le nombre conséquent de corps-morts dans le secteur considéré s'expliquait par une immersion d’une partie non négligeable d’entre eux, plusieurs années auparavant, par des personnes privées sans l'accord de l'État. Ainsi, plusieurs de ces corps-morts n'étaient pas attribués, la capitainerie cantonale (ci-après : la capitainerie) ne souhaitant pas tous les pérenniser. La possibilité de déplacer les barges d'B______ sur d'autres corps‑morts situés dans le périmètre en question avait été examinée, mais aucun n'était adapté pour recevoir des barges de travail, en raison notamment de leur poids et de leur chargement. Il serait donc nécessaire d'adapter les corps-morts existants par l'ajout de blocs de béton, d’où de nouvelles atteintes au fond lacustre, alors que les barges étaient destinées à demeurer dans le secteur de manière temporaire. En outre, une fois amarrées, les barges requéraient un rayon d'évitement qui n'existait pas sur certains des emplacements situés dans le voisinage.

l. B______ a appuyé ces remarques.

m. Le 3 janvier 2023, A______ a relevé que la carte produite par le département ne contenait pas de repères suffisants. L’audition de la capitainerie était requise. Le conflit d'intérêt entre l'État et B______ devait être instruit. Il existait au moins un précédent dans lequel la capitainerie avait accepté de déplacer des corps-morts à un endroit répondant à une meilleure pesée des intérêts.

n. Lors d’une audience devant le TAPI le 2 février 2023 :

n.a W______, chef de secteur au sein de la capitainerie, a expliqué que tant que les corps-morts n'avaient pas besoin de faire l'objet d'une autorisation de construire, ils avaient été immergés dans le lac sans que cette question ne se pose. Il ignorait si, depuis que la jurisprudence considérait qu'ils devaient faire l'objet d'une autorisation de construire, des corps-morts supplémentaires avaient été immergés dans la zone de l'autorisation litigieuse.

n.b X______, responsable du secteur lacustre auprès d'B______, a expliqué que chaque barge pesait 100 à 130 t à vide et était chargée d'engins et de matériel totalisant une centaine de tonnes supplémentaires pour un poids total de l’installation de 200 t environ. Les corps-morts auxquels elles étaient amarrées, étaient des blocs de béton qui avaient été immergés une cinquantaine d'années auparavant. Il n’en connaissait pas les dimensions exactes qui devaient être de l’ordre de 5 t pour chaque amarrage de barge. À chacun des amarrages était fixée une chaîne d'une trentaine de mètres de long, grâce à laquelle les barges pouvaient tourner selon les vents, ce qui, compte tenu de la longueur des barges elles-mêmes (22 m), entraînait un rayon de rotation de 50 m, soit un diamètre de 100 m.

n.c Selon Y______, inspecteur faune pour l'OCAN, le service spécialisé auquel il était fait référence dans le préavis de l'OCAN du 15 octobre 2021 était celui de la biodiversité, dont il faisait partie. Il y avait eu quelques essais du système d'ancrage par vis dans la période qui avait immédiatement suivi la jurisprudence établissant que les corps-morts étaient soumis à autorisation, mais aussi car de tels ancrages étaient beaucoup moins dommageables pour la vie sous lacustre. Si certains ancrages s'étaient révélés satisfaisants, pour d’autres, les bateaux étaient partis à la dérive avec les vis. Les fonds sous lacustres étant de nature variable, il fallait trouver la solution la plus adaptée, ce qui n'était pas toujours le cas des vis. La capitainerie avait donc renoncé à obliger les particuliers à amarrer leur bateau de cette façon.

Il n'était pas possible de savoir avec certitude quelle était la variabilité des fonds sous lacustre à quelques dizaines de mètres de l'endroit où B______ avait procédé aux essais en question. Si l'ancrage d'une vis avait un impact beaucoup moins important sur la vie sous-lacustre qu’un corps-mort, les essais avaient mené à des résultats insatisfaisants, notamment à cause de l'arrachage des vis ou des phénomènes de raclage du sol.

n.d. X______ a précisé qu’il avait appris que si le fond n'était pas extrêmement sablonneux, mais de nature plus vaseuse, la houle avait tendance au fil du temps à tirer les vis vers le haut, ce qui était arrivé même avec de simples bouées de signalisation. B______ avait fait des essais environ trois ou quatre ans auparavant à l'endroit où étaient actuellement amarrées ses barges. Elle avait acheté une machine à forer le sol sous lacustre et y avait envoyé une équipe de plongeurs. Le foret de la machine s'enfonçait par son propre poids. Ainsi, à moins de procéder à un forage en profondeur, il n'y avait pas moyen d'ancrer solidement des vis à cet endroit.

n.e Selon X______, au sujet du planning d'occupation des barges produit par B______, la plupart du temps, celles-ci étaient censées se trouver sur le chantier où elles étaient en activité ; elles ne se repliaient sur les amarrages litigieux qu'en cas d'intempéries ou lors des périodes de vacances. Au-delà d'un vent de 3 Beaufort, les barges risquaient de couler si elles n'étaient pas amarrées. La quatrième barge d’B______, amarrée en aval du jet d'eau, ne permettait pas le stockage du matériel, car elle était arrosée toute la journée par ce dernier. Il était possible que cette barge s’amarre occasionnellement à l'un des trois corps-morts litigieux. En cas d'urgence, principalement pour de raisons météorologiques, il pouvait arriver que quatre barges s'amarrent aux trois corps-morts. Il n'était pas possible, dans le cadre du chantier Z______, qui se prolongerait en tout cas jusqu'en 2025, d'amarrer les barges de façon pérenne au S______, l'un des endroits les plus exposés à la bise. La barge amarrée en dessous de la digue du jet d'eau était amenée jusqu'au quai de AA______ lorsqu'il s'agissait d'installer une machine de chantier. Cette opération devait se planifier, car, même vide, cette plate-forme devait bénéficier de conditions particulières pour se déplacer, à savoir notamment la fermeture du barrage du Seujet, nécessitant le dépôt d’un préavis de deux semaines auprès des services industriels de Genève. Il fallait de plus faire appel à d'autres embarcations, car la plate-forme elle-même n'était pas manœuvrable. Lorsque les barges devaient se replier, il fallait le faire très rapidement et il n'était donc pas possible d'aller manœuvrer dans la rade. Sans un minimum de précautions, les barges finiraient par heurter le pont du Mont-Blanc. Il serait de plus nécessaire de disposer de la place pour amarrer ces embarcations. À mesure que l'on s'éloignait vers l'aval, la protection contre les vents diminuait. De façon générale, s'il était possible d'amarrer les barges à l'intérieur d'un port ou dans n'importe quelle configuration offrant la même caractéristique de protection, cela conviendrait également, à condition que la navigabilité des lieux (courant ou tirant d'eau) soit adéquate.

n.f AB______, juriste auprès du département, a expliqué que l'autorisation de construire pour le port du S______ délivrée en octobre 2022 faisait l'objet d'un recours devant le TAPI. La planification de l'ouverture de ce port à cinq ou six ans ne tenait pas compte d'une procédure judiciaire mais éventuellement de la phase de planification, avant le dépôt de la demande d'autorisation de construire.

o. Le département a par la suite précisé que le système d'ancrage ELLIPSE de AC______ évoqué durant l'audience ne différait aucunement des systèmes à vis déjà testés. Il a joint à son courrier des photographies des corps-morts auxquels étaient amarrées les barges d'B______.

p. Le 24 février 2023, A______a demandé au TAPI de prononcer des mesures provisionnelles faisant interdiction à B______ d'installer tout drapeau ou autre installation identique sur les barges.

q. Suite à une demande du TAPI de production des documents prouvant l'acquisition de la machine permettant de procéder à des forages sous lacustres, ainsi que les tests de forage effectués, B______ lui a transmis des photographies de cette machine, un rapport établi le 24 janvier 2019 par la société AD______ concernant notamment des problèmes liés à la fixation de bouées de signalisation par des ancres hélicoïdales le long du quai de AA______ (notamment en raison de problèmes liés à la géologie des sols) et des résultats de sondages effectués au nord et au sud des corps-morts litigieux. Il y était fait mention d'une vase sablonneuse, de consistance molle à très molle, et d'une vase limoneuse, peu compacte et peu consistante.

r. A______ a considéré que ces éléments ne démontraient nullement que les barges ne pouvaient pas être amarrées dans un autre lieu, ce que le représentant d’B______ avait d'ailleurs admis lors de l'audience.

s. Le TAPI a, par jugement du 27 avril 2023, admis partiellement le recours. Il a réformé l'autorisation de construire DD 4______ du 9 mars 2022 en ce sens qu'elle n'était valable que pour une durée de six ans dès l'entrée en force dudit jugement.

La demande de mesures provisionnelles du 24 février 2023, tendant à ce qu'il soit fait interdiction d'installer tout drapeau ou autre installation identique sur les barges, ne faisait pas l'objet de l'autorisation litigieuse et était irrecevable. Les nuisances qui découlaient de la manière dont étaient exploitées les constructions autorisées concernaient le droit du voisinage.

Vu les éléments recueillis, un transport sur place n'apparaissait plus nécessaire, que ce soit pour l'examen des barges à l'emplacement où elles étaient actuellement amarrées ou pour examiner d'éventuelles possibilités d'amarrage alternatives, notamment en aval de la jetée du jet d'eau. La production d'une convention, sous quelque forme que ce soit, qui lierait l'État de Genève et la société intimée aux fins d'un déplacement des barges de cette dernière dans le futur port du S______, n'apparaissait pas utile dans la mesure où les deux parties intimées avaient à plusieurs reprises affirmé qu'un tel déplacement aurait bien lieu. Quoi qu'il en soit, la solution retenue conditionnerait l'autorisation litigieuse au caractère temporaire des installations querellées. Le TAPI avait déjà statué le 27 juin 2022 sur les autres mesures d'instruction requises.

Dans la mesure où il était question de trois corps-morts immergés au fond du lac et servant à l'amarrage de barges destinées à l'exploitation de chantiers lacustres, il ne pouvait être retenu qu’il s’agirait d'un équipement similaire à un petit port. Le fait qu'à ces corps-morts soient amarrées des barges d'une vingtaine de mètres de long, sur lesquelles étaient installés des engins de chantier, ne changeait rien à l’impact restreint que ces installations avaient sur leur environnement, y compris sur le plan visuel. Leur déplacement ultérieur au S______, après une procédure de planification, n'avait pas du tout la portée que lui donnait A______. C’était en effet en raison de son incidence spatiale conséquente que ce futur port avait été soumis à une procédure de planification et non pas en lien avec les trois corps-morts litigieux.

Par définition, pour l'amarrage de barges destinées à l’exploitation de chantiers lacustres, au profit de la collectivité publique ou privés, seules des installations sous-lacustres étaient adaptées, sauf pour l’entreprise à devoir constamment démonter et remonter son matériel depuis la rive. L'emplacement des corps-morts litigieux était moins la résultante d'un choix opéré préalablement à leur installation que de l'accord donné par l'autorité intimée. Néanmoins, cet emplacement résultait de la protection offerte par la Q______ contre les intempéries.

En cas de déplacement des barges, l'impact de nouveaux amarrages sur le fond lacustre, nécessitant l’immersion de nouveaux corps-morts de grande taille, serait plus important sur la faune et la flore sous-lacustres, ainsi que sur les oiseaux d'eau et migrateurs, que celui d'un maintien à court terme de la situation existante. L’amarrage de telles barges n'avait rien à voir avec les corps-morts immergés par des particuliers dans la même zone pour l'amarrage de bateaux de plaisance. L'atteinte actuelle ou potentielle à la réserve naturelle de la Q______ n'était pas suffisamment élevée pour justifier l'atteinte concrète qu'entraînerait l'immersion de nouveaux corps-morts. Dans cette pesée des intérêts, le caractère temporaire des constructions litigieuses revêtait une importance particulière.

Le système de vis n'était pas adapté à un sol vaseux. Or, B______ avait rendu suffisamment vraisemblable avoir procédé à des essais d'ancrage de vis aux abords des corps-morts litigieux, sans succès, ce que confirmait l'analyse des sols par sondages au nord et au sud de ce site. Un amarrage des barges en aval de la jetée du jet d'eau serait impraticable, puisque nécessitant la fermeture du barrage du Seujet, alors même que les barges litigieuses, le plus souvent présentes sur le lieu des chantiers lacustres, retournaient s'amarrer aux corps-morts litigieux, hormis durant les périodes de vacances, lors d’un risque d'intempéries par essence prévisible à très court terme seulement, voire dans l'urgence. Leur emplacement actuel était bel et bien imposé par leur destination, aucun autre emplacement ne permettant de leur offrir une protection suffisante, en attendant l'ouverture du futur port du S______.

On ne voyait pas, a priori, pourquoi l’intérêt de A______, à disposer d'une vue dégagée sur le lac, l'emporterait sur celui d’B______. De plus, le déplacement des barges plus en aval entrerait en conflit avec l’intérêt public de la protection du fonds lacustre.

La décision litigieuse ne violait pas l'art. 24 let. a LAT, ni l’art. 15 al. 3 de la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux - RS 814.20), ni l’art. 6 de la loi sur la protection générale des rives du lac du 4 décembre 1992 (LPRLac - L 4 10), du moins dans la mesure où la pesée des intérêts à laquelle le département avait procédé tiendrait compte du caractère temporaire de la situation, ce que son autorisation litigieuse ne reflétait pas. Il convenait donc de la compléter par sa restriction à une durée de six ans, ce qui, même en tenant compte de la procédure de recours contre l'autorisation de construire le port du S______, devrait s'avérer suffisant ou permettrait, si l'autorisation litigieuse devait être renouvelée au terme de ce délai, que les instances judiciaires puissent à nouveau examiner que son caractère temporaire paraisse toujours garanti.

Indépendamment de la question de savoir si la base légale qui aurait éventuellement pu conduire le département à refuser l'autorisation au motif de l'impact visuel des barges amarrées aux corps-morts n'aurait pas été l'art. 15 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI - L 5 05), mais plutôt l'art. 14 LCI, ces deux dispositions légales prévoyaient uniquement que le département pouvait refuser l'autorisation. Il disposait donc d’un pouvoir d'appréciation qu'il exerçait en tenant compte, d'une part, du degré de gravité de l'atteinte et, d'autre part, de l'importance respective des intérêts en présence.

En l'occurrence, la gravité de l'atteinte dont se plaignait A______ devait être fortement relativisée. Les barges en cause étaient très souvent déplacées sur les lieux de différents chantiers lacustres, de sorte qu’elles n’altéraient pas sa vue sur le lac quotidiennement ni systématiquement. Leur présence épisodique semblait faire perdre de vue à A______ la beauté du site dont il jouissait de toute manière depuis sa propriété, ainsi qu'en témoignaient ses photographies L’apparition de ces barges ne constituait pas en soi une grave atteinte au panorama qui demeurait exceptionnel.

L'intérêt privé de A______ et des intervenants à pouvoir bénéficier d'une vue entièrement dégagée sur le lac devait céder le pas aux intérêts d’B______ et de la collectivité publique à pouvoir bénéficier de chantiers, en évitant les retards, les lourdeurs et les surcoûts considérables qu'impliquerait le démontage et le remontage permanent, à terre, des installations litigieuses. Il fallait y ajouter le caractère temporaire de la situation existante.

E. a. A______ a formé recours contre ce jugement par acte expédié le 1^er juin 2023 à la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative). Il a conclu à l’annulation dudit jugement, de même qu’à celle de l’autorisation de construire du 9 mars 2022.

Dans son jugement du 2 juillet 2019, le TAPI avait constaté la nature industrielle des installations en cause, leur important volume et les perturbations causées au milieu naturel par leur motorisation, très importante, dès lors qu’il s’agissait de déplacer 200 t pour la barge la plus lourde, ce qui rendait leur implantation sur le site actuel incompatible avec les buts poursuivis par la zone II de protection OROEM. En outre, le classement du site comme réserve naturelle et zone de protection OROEM procédait déjà en soi d’une pesée des intérêts entre celui, prépondérant, de protection et de conservation des migrateurs et des oiseaux d’eau, et d’autres intérêts publics incompatibles avec celui-ci, de sorte que la latitude de jugement du département était, sinon inexistante, à tout le moins très limitée dans le cadre de l’application de l’art. 24 LAT. Dans ce jugement du 2 juillet 2019, le TAPI avait laissé entendre que l’autorisation annulée pourrait être octroyée à condition que les installations ne puissent pas être déplacées plus en aval sur la même parcelle. Ses considérants étaient toutefois contradictoires, puisque des barges industrielles, volumineuses et motorisées, ne pouvaient manquer de causer des dérangements parmi les oiseaux, ce qui constituait déjà une atteinte avérée au but de protection de l’OROEM, un éventuel accident n’étant qu’un risque d’atteinte extrêmement grave et inadmissible à ce milieu naturel.

Les contraintes ou les coûts auxquels B______ devrait faire face pour déplacer les barges ne sauraient concerner la pesée des intérêts relative à la licéité d’une dérogation au sens de l’art. 24 LAT, laquelle devait intervenir par définition avant que ne soit érigée illicitement une construction ou une installation hors de la zone à bâtir. Le contraire reviendrait à considérer que la loi consacrait une prime à la politique du fait accompli, ce qui serait d’autant plus inadmissible que plus une construction illicite était importante, plus l’application du principe de proportionnalité plaiderait en faveur de sa régularisation. L’existence préalable d’une construction sans autorisation n’était donc pas un motif qui devait être pris en compte dans la pesée des intérêts au sens de l’art. 24 LAT. Le TAPI n’avait, hormis les inconvénients dus aux déplacements des installations, pas procédé à la pesée des intérêts prescrite par l’art. 3 de l’ordonnance sur l’aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT - RS 700.1). Toujours dans ce jugement du 2 juillet 2019, le TAPI, en renvoyant le dossier au département uniquement pour instruire la question du déplacement des installations en aval de la même parcelle exclusivement, avait laissé entendre que si un tel déplacement n’était pas possible, alors une autorisation de construire pourrait être octroyée, en application du principe de proportionnalité.

S’agissant du jugement du 27 avril 2023, la majorité des préavis démontrait que l’implantation des barges dans la zone de protection OROEM n’était pas imposée par leur destination, puisque les autorités concernées avaient souligné que celles-ci devraient être déplacées aussitôt que possible. En outre, les intérêts publics qu’étaient la protection du lac, le respect de la zone OROEM et la protection de la réserve naturelle de la Pointe-à-le-Bise, auxquels s’ajoutaient son intérêt à la préservation de la vue et à l’application des normes applicables, pesait beaucoup plus lourd que le seul intérêt privé d’B______ à l’exploitation commerciale des corps-morts et des barges industrielles en violation des normes d’aménagement. L’intérêt public parfois retenu dans ce dossier aux travaux lacustres effectués par B______ n’était qu’indirect. L’identité du client de cette dernière n’avait ainsi pas à être prise en compte dans la pesée des intérêts.

La question de savoir si les barges litigieuses pourraient possiblement être amarrées dans un autre lieu ne pouvait dépendre des seuls projets et expertises présentés par B______ dont l’intérêt était de les maintenir à leur emplacement actuel. Lui‑même ne disposait ni des ressources ni de l’expertise pour instruire un tel dossier à la place du département qui en avait l’obligation conformément à l’art. 3 OAT.

1.             Le recours a été interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ ‑ E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 ‑ LPA ‑ E 5 10).

2.             Les intimés soutiennent que le recourant n’aurait pas la qualité pour recourir, de sorte que son recours serait irrecevable.