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1) A______ SA (ci-après : la société) est une société anonyme qui a été constituée le 11 octobre 2000 et a été inscrite au registre du commerce (ci-après : RC) du canton de Genève du 23 octobre 2000 au 29 septembre 2008, son siège ayant subséquemment été déplacé à Sion (Valais).

Elle a pour but social d'« acquérir, détenir et céder des participations à d'autres sociétés, directement ou indirectement, ainsi que le financement de sociétés affiliées, à l'exclusion de sociétés immobilières en Suisse ».

Son capital-actions est de CHF 450'000.-, entièrement libéré.

2) Le 7 juin 2004, la société a remis sa déclaration fiscale 2003. Elle a annoncé un bénéfice net total de CHF 5'381'164.-, et un capital propre total à la fin de l'exercice de CHF 35'290'191.-. Dans la rubrique « observations », elle a mentionné que l'imposition devait se faire selon l'art. 22 de la loi sur l’imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM - D 3 15), c'est-à-dire en tant que société holding.

3) Le 6 avril 2005, la société a remis sa déclaration fiscale 2004. Elle a annoncé un bénéfice net total de CHF 12'875'357.-, et un capital propre total à la fin de l'exercice de CHF 48'165'548.-.

Il ressortait de ses comptes, joints en annexe et bouclés au 30 septembre 2004, qu'elle détenait des participations constituées de 702'000 actions « B » de la société anonyme B______ SA (ci-après : B______) à Genève pour une valeur de CHF 33'408'718.-, la totalité des actions de la société anonyme C______ LTD (ci-après : C______) pour CHF 6'243'500.-, ainsi qu'un compte courant créancier contre cette dernière société de CHF 14'853'280.-. Compte tenu d'autres actifs, à savoir « débiteurs AFC » pour CHF 3'943'764.- et « débiteurs divers » pour CHF 123'950.-, le total du bilan s'élevait à CHF 58'573'212.-.

Ses produits étaient les suivants : produits placements et titres de placements pour CHF 118'639.-, résultat sur titres de CHF 861'869.-, résultat de change de CHF 1'103093.-, intérêts créditeurs pour CHF 35'896.- et dividende de participations de CHF 11'232'000.-. Seul ce dernier poste correspondait à des revenus de participations et relevait de la catégorie « holding », mais il constituait 84,13 % de l'ensemble des recettes (CHF 13'351'497.-) et donc plus des 2/3 de celles-ci.

Une fois retranchés divers frais d'exploitation pour CHF 70'276.-, des intérêts débiteurs pour 235'863.- et des impôts pour CHF 170'0000.-, le résultat (bénéfice) net de l'exercice s'élevait à CHF 12'875'357.-.

4) Selon le RC, le capital-actions de B______ avait, le 30 septembre 2004, une valeur nominale totale de CHF 23'350'000.-, composée de 73'500'000 actions nominatives liées selon statuts à droit de vote privilégié de CHF 0,10 chacune, de 14'700'000 actions au porteur de CHF 1.- chacune et de 1'300'000 actions nominatives liées selon statuts de CHF 1.- chacune.

5) Le 14 février 2006, l'administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) a écrit à la société, lui demandant sous quinzaine des explications sur le détail, la justification et la nécessité de trois postes, à savoir le résultat sur titres de CHF 861'869.-, le résultat de change de CHF 1'103'093.- et la provision sur opérations à terme et changes 2004 de CHF 536'067.-. Il convenait également qu'elle lui fasse parvenir une demande d'arrangement fiscal « statut holding ».

Sur demande de la société, un délai pour ce faire lui a été fixé au 31 mars 2006.

6) Le 22 mars 2006, la société a sollicité le renouvellement du statut holding qui lui avait été accordé lors des exercices 2001 et 2002.

Le but social était conforme à ce statut. De plus, la valeur des participations représentait 78,15 % de la valeur des actifs au 30 septembre 2003, et 99,98 % au 30 septembre 2004 ; et les dividendes provenant de ces participations représentaient 99,44 % du total des recettes au 30 septembre 2003, et 84,13 % au 30 septembre 2004. Les comptes 2003 et 2004 étaient joints.

7) Le 2 août 2007, l'AFC-GE a informé la société qu'elle ne pouvait pas lui accorder le statut holding sollicité, les conditions pour en bénéficier n'étant pas remplies.

Les sociétés bénéficiant du statut holding devaient avoir pour but et pour activité effective la gestion de participations. La simple détention d'actions éparses ne correspondait pas à la nature d'une société holding.

L'AFC-GE avait fait paraître une information à l’intention des associations professionnelles le 18 juillet 2003 à ce sujet, laquelle précisait que ces participations ne pouvaient être mesurées qu'en termes de parts détenues, et non pas en termes de valeur vénale, comme cela était le cas en matière de réduction pour participations. La détention d'actions à hauteur de 3 % ne constituait donc pas une participation au sens de l'information précitée, même si la valeur vénale de ces actions était supérieure à CHF 2'000'000.-.

8) Le 21 septembre 2007, l'AFC-GE a fait parvenir à la société ses bordereaux d'impôt 2004, tant pour l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ci-après : ICC).

9) Le 15 octobre 2007, la société a élevé réclamation contre le bordereau ICC précité. À la lecture de celui-ci, il apparaissait que le statut holding n'avait pas été pris en compte comme demandé. L'interprétation restrictive défendue dans le courrier du 2 août 2007 surprenait car les conditions tant de l'art. 22 LIPM que de l'art. 28 al. 2 de la loi fédérale sur l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 (LHID - RS 642.14) étaient remplis.

En effet, le but de la société était la participation à d'autres entreprises ; plus des deux tiers des investissements, soit du total de l'actif du bilan était représenté par une participation à 100 % dans la filiale C______ à Nassau et une participation dans le capital-actions de B______ à Genève, société propriétaire de D______, société dans laquelle l'actionnaire de la société avait une activité dirigeante ; plus des deux tiers des recettes provenaient de dividendes de B______ ; ces deux participations représentaient un investissement au 30 septembre 2004 de CHF 54'505'498.-, donc plus que les CHF 2'000'000.- par participation requis par la LIPM et la LHID ; et la société n'avait pas d'activité commerciale, ni en Suisse ni à l'étranger.

De plus, une erreur s'était glissée dans le calcul de la réduction pour participations en matière d'IFD.

10) Les mandataires de la société et des représentants de l'AFC-GE ont eu un entretien au sujet du statut holding le 23 octobre 2007.

11) Le 30 novembre 2007, l'AFC-GE a indiqué qu'après avoir examiné les arguments présentés lors de l'entretien précité, elle maintenait sa position initiale consistant à refuser à la société le statut holding pour les périodes 2004 et suivantes.

12) Le 21 juillet 2011, l'AFC-GE a admis la réclamation élevée par la société le 15 octobre 2007, en tant qu'elle portait sur l'IFD, et l'a admise partiellement en tant qu'elle portait sur l'ICC.

Elle a en revanche maintenu sa position s'agissant du statut holding, tout en modifiant son argumentation.

Elle avait en effet appliqué son information 8/2003 à la société, mais la jurisprudence de la commission cantonale de recours en matière d'impôts – dont les compétences ont été reprises depuis par la commission cantonale de recours en matière administrative entre 2009 et 2011 et par le Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) depuis le 1^er janvier 2011 – proscrivait d'ajouter un critère sur l'importance des participations pour les holdings en mains d'un actionnaire personne physique.

La société ne remplissait néanmoins pas l'une des autres conditions posées par l'art. 22 LIPM. En effet, elle exerçait une activité commerciale en exerçant un commerce de titres et en menant des opérations de change. Il résultait des comptes 2004 que les sous-jacents, c'est-à-dire les titres, ayant généré trois catégories de produits (produits de placements et titres de placement – résultat sur titres – résultats de change) étaient inexistants, ceci parce que ces titres, dont le montant net au bilan de septembre 2003 était de CHF 9'581'515.-, avaient été attribués à une filiale nouvellement créée au cours de l'exercice commercial 2003-2004, soit C______ aux Bahamas.

Ces éléments montraient indubitablement que la société avait déployé au cours de l'exercice 2003-2004 une activité de commerce de titres allant bien au-delà de la simple gestion accessoire d'un surplus de liquidités dégagé par les dividendes qu'elle percevait chaque année de ses participations permanentes et qualifiées. La nature des produits de titres montrait une manière d'agir systématique ou planifiée au vu de la fréquence élevée des transactions et de la courte durée de possession des titres, ainsi que du réinvestissement des bénéfices réalisés dans des éléments de fortune similaires.

Au surplus, la société s'était engagée dans des opérations de change à terme (hors bilan) pour un montant de CHF 68'676'458.-, les résultats de change s'élevant au cours de l'exercice à CHF 1'103'093.-. La nature de ces opérations allait à l'encontre du seul but holding affiché par la société. Celle-ci déployait donc une activité commerciale en Suisse et ne pouvait dès lors bénéficier du statut holding.

La raison de l'admission partielle de la réclamation n'était pas indiquée, mais le nouveau bordereau ICC retenait une réduction pour participations de 85,88 % au lieu de 84,91 % auparavant, et parvenait à un total d'impôt de CHF 593'133,95 en lieu et place des CHF 620'906,90 initialement taxés.

13) Le 22 août 2011, la société a interjeté recours auprès du TAPI contre la décision sur réclamation ICC précitée, concluant à la constatation que cette dernière, quant à l'imposition des fonds propres et de l'activité de gestion de la trésorerie, était contraire à l'art. 22 LIPM.

Elle contestait avoir exercé une activité commerciale du simple fait qu'elle disposait d'un portefeuille de titres et que ce dernier générait un rendement.

Le portefeuille-titres, qui s'élevait à CHF 9'581'915.- au 30 septembre 2003 et à CHF 21'096'780.- lors de son transfert à la filiale C______, s'expliquait par le réinvestissement de la majeure partie de la liquidité des dividendes encaissés entre 2001 et 2004 de B______, dividendes totalisant CHF 29'063'000.-. Il était « aberrant » d'assimiler à une activité commerciale le réinvestissement des liquidités détenues par une société holding, sachant en outre que le financement de ce portefeuille-titres était effectué au moyen de fonds propres. Le rendement du portefeuille-titres, soit CHF 980'508.-, n'avait quant à lui rien d'insolite puisqu'il s'élevait à 6,4 % du portefeuille-titres en cause, et que l'évolution des indices boursiers les plus importants avait été supérieure à ce chiffre au cours de la période considérée. Il était dès lors tout à fait légitime pour une société holding qui s'était constitué un « trésor de guerre », en l'occurrence au moyen de dividendes provenant de ses titres de participations, de le gérer en vue d'autres investissements futurs.

14) Par jugement du 6 mai 2013, le TAPI a admis le recours et renvoyé le dossier à l'AFC-GE pour nouvelle décision de taxation dans le sens des considérants.

On ne pouvait exclure qu'une activité de commerce de titres puisse constituer une activité commerciale interdisant l'octroi du statut de holding. Toutefois, l'AFC-GE, à qui incombait le fardeau de la preuve, n'avait pas démontré que la société avait effectivement exercé une activité de commerce professionnel de titres pendant la période 2003/2004. En effet, les produits de placements et le résultat sur titres de respectivement CHF 118'639.- et CHF 861'869.- n'étaient de loin pas extraordinaires au regard des liquidités dont disposait la société grâce aux dividendes qu'elle avait perçus. Bien plus, celle-ci avait allégué, sans être contredite, que ces produits avaient été réalisés essentiellement à l'occasion du transfert d'un portefeuille dans sa filiale nouvellement constituée au cours de l'exercice, ce qui constituait une restructuration de son organisation et non un commerce de titres.

Les mêmes considérations valaient s'agissant du résultat de change de CHF 1'103'093.-, qui ne représentait de toute manière que le 8,26 % du total des produits réalisés par la société durant l'exercice en cause.

15) Par acte déposé le 7 juin 2013, l'AFC-GE a interjeté recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre le jugement précité, concluant à son annulation et à la confirmation de sa décision sur réclamation du 21 juillet 2011.

Les produits de placements et le résultat sur titres de respectivement CHF 118'639.- et CHF 861'869.- étaient caractéristiques d'une activité commerciale incompatible avec le statut de holding.

Cette problématique pouvait toutefois demeurer ouverte, dans la mesure où la société s'était également engagée dans des opérations de change à terme (hors bilan) pour un montant de CHF 68'676'458.-, les résultats (bénéficiaires) s'en montant à CHF 1'103'093.-. Le TAPI avait considéré qu'il ne s'agissait pas d'une activité commerciale notamment en raison de ce que ce résultat de change ne représentait que 8,26 % du total des produits réalisés par la société au cours de l'exercice.

Or la notion même d'activité commerciale prohibée ne dépendait pas de son importance au regard des « produits holding » comptabilisés. Soit l'on était en présence d'une activité commerciale, aussi minime soit-elle, et cela excluait le statut holding, soit l'on n'était pas en présence d'une telle activité, et le statut holding pouvait être accordé.

Sans porter atteinte à la périodicité de l'impôt, on pouvait noter au surplus que lors des exercices suivants, non seulement la société avait poursuivi ses opérations de change, mais avait également été engagée dans des opérations à titre fiduciaire.

16) Le 25 juillet 2013, la société n'a pas pris de conclusions formelles mais a implicitement conclu au rejet du recours.

Elle contestait que la gestion de la trésorerie d'une société holding au moyen de ses fonds propres puisse être assimilée à une activité commerciale. L'information 8/2003 de l'AFC-GE définissait spécifiquement les activités commerciales interdites, qui consistaient à être partie prenante de la vie économique en qualité de producteur ou de vendeur de marchandises, de biens immatériels ou de services. La gestion de la trésorerie au moyen de fonds propres n'entrait pas dans ces catégories, mais relevait d'une activité accessoire de la gestion des participations.

Il résultait de l'art. 22 LIPM pris a contrario que les actifs ou recettes autres que les participations ou leur rendement pouvaient atteindre un tiers du total des actifs ou des recettes.

Concernant les opérations de change à terme, le montant de CHF 68'676'458.- mentionné au point 12 de l'annexe aux comptes annuels arrêtés au 30 septembre 2004 était erroné. Selon attestation de l'organe de révision jointe en annexe à la réponse, c'était en fait un montant de CHF 13'033'247.- qu'il fallait prendre en compte, pour trois opérations de change à terme ouvertes à la date de bouclement annuelle.

Enfin, l'activité déployée lors des exercices subséquents n'était pas pertinente, étant précisé que le point de vue de l'AFC-GE était contesté également pour ces exercices.

17) Le 26 juillet 2013, le juge délégué a fixé aux parties un délai au 13 septembre 2013 pour formuler toutes requêtes ou observations complémentaires, après quoi la cause serait gardée à juger.

18) Le 10 septembre 2013, l'AFC-GE a indiqué ne pas avoir de requêtes ni d'observations à formuler.

19) La société ne s'est quant à elle pas manifestée.

1) Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).

2) Le litige concerne exclusivement l'ICC pour les années 2003 et 2004, et plus précisément la question de savoir si les activités déployées par l'intimée durant ces exercices l'empêchent de jouir, relativement à ces derniers, du statut de société holding.