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1) A______ SA (ci-après : A______) est une société anonyme inscrite depuis juin 2001 au registre du commerce du canton de Genève (ci-après : RC), où elle a son siège.

Ayant à l'origine pour but la commercialisation des procédés scientifiques mis sur pied par B______ (ci-après : B______) ainsi que toute opération liée à ce but, elle a modifié son but fin mai 2009 puis fin mars 2021. Elle fournissait des conseils et des services en matière d'investissement, notamment dans le domaine des matières premières, et participait à des opérations financières et commerciales en lien avec ce but jusqu'en mars 2021. Depuis cette date, elle effectue une activité similaire mais dans les secteurs environnementaux et peut notamment prendre des participations dans d'autres sociétés ayant un but analogue ou connexe au sien.

2) Monsieur C______ est l'administrateur unique avec signature individuelle de A______ depuis décembre 2004.

Il était, depuis février 2001, administrateur président de la société anonyme D______ SA (ci-après : D______), inscrite depuis cette date au RC et ayant son siège à Genève. Depuis fin janvier 2008, il est devenu administrateur unique de D______. Cette société poursuit le même but social que A______ depuis fin mars 2021. Auparavant, elle avait, dès son origine, pour but la fourniture de conseils et de services en matière d'investissement notamment dans le domaine des matières premières. D______ et A______ ont la même directrice avec signature individuelle à partir de fin mars 2008.

3) M. C______ est devenu l'actionnaire unique de ces deux sociétés à partir du 8 août 2009, soit deux ans après le décès de Monsieur E______, conformément au souhait de ce dernier exprimé dans un document intitulé « Letter of wishes » du 23 juillet 2007.

Dans ce document, M. E______ léguait à M. C______, à compter du deuxième anniversaire de son décès survenu le 8 août 2007, l'intégralité du capital-actions de A______ et le 75 % de celui de D______, dont le solde était détenu par M. C______.

4) Dans un courrier du 12 octobre 2010, A______ a répondu à l'administration fédérale des contributions (ci-après : AFC-CH) que son actionnaire unique était B______ ayant son siège social à Abu Dhabi (Émirats Arabes unis) et que ses cent actions nominatives de CHF 1'000.- avaient été changées en actions au porteur en mai 2009 afin d'en préparer le transfert à M. C______ qui en était devenu propriétaire au plus tôt le 8 août 2009, soit deux ans après le décès de M. E______.

5) Le 16 février 2011, l'administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) a informé A______ de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD) et les impôts cantonaux et communaux (ci-après : ICC) des années 2001 à 2006. Une procédure pénale pour tentative de soustraction de l'ICC et l'IFD pour 2007 et 2008 était aussi ouverte.

Des éléments de bénéfice et de capital semblaient ne pas avoir été déclarés, notamment un compte bancaire auprès du Crédit Suisse. Afin de vérifier son imposition, A______ était invitée à fournir plusieurs documents, notamment ses états financiers définitifs de 2008 avec le détail de l'intégration des comptes bancaires non déclarés et celui du chiffre d'affaires non déclaré, tous ses relevés bancaires et une copie de son contrat avec D______, ainsi qu'une explication sur le fait que l'autorité fiscale ne retrouvait pas les liquidités, les dépôts fiduciaires et les avoirs de tiers au 31 décembre 2008.

6) Le 9 juin 2015, l'AFC-GE a notifié à A______ les bordereaux et avis de taxation concernant la taxation définitive des ICC et IFD des années 2007 à 2009 ainsi que les bordereaux amende pour les ICC et IFD de 2007 et 2008.

a. D'après les avis de taxation ICC et IFD de 2007, il existait, s'agissant du bénéfice net selon le compte de profits et pertes de l'exercice, une différence de CHF 425.- entre le montant déclaré (CHF 77'071.-) et le montant retenu par l'autorité fiscale (CHF 77'496.-) à la suite de l'intervention de son service de contrôle qui qualifiait la somme de CHF 425.- de « éléments complémentaires ». Le bénéfice net total imposable était, après déduction de pertes, de CHF 36'923.-. Ces avis indiquaient aussi la somme de CHF 1'388'325.-, non déclarée, à titre de capital propre dissimulé. L'ICC 2007 dû se montait à CHF 14'813.80 et l'IFD 2007 à CHF 3'136.50.

Une amende ICC 2007 de CHF 3'796.- et une autre IFD 2007 de CHF 28.- étaient infligées à A______ pour tentative de soustraction conformément aux art. 70 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc - D 3 17) respectivement art. 176 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD - RS 642.11). Ces deux décisions comportaient la même motivation. En ne déclarant pas le compte bancaire auprès de la F______, A______ avait fait preuve d'un comportement intentionnel et tenté, en remettant des états financiers faux et incomplets, de réduire le bénéfice imposable. La quotité des amendes était fixée à 2/3 du montant de l'impôt soustrait en l'absence de circonstance particulière et vu qu'il s'agissait d'une tentative de soustraction.

b. Selon les avis de taxation ICC et IFD 2008, le bénéfice net selon le compte de profits et pertes de l'exercice présentait une différence de CHF 92'850.- entre le montant déclaré (CHF 10'032.-) et le montant retenu par l'autorité fiscale (CHF 102'882.-) à la suite de l'intervention de son service de contrôle qui qualifiait la somme de CHF 92'850.- de « éléments complémentaires ». Le bénéfice net total imposable était de CHF 109'094.-. Ces avis mentionnaient aussi la somme de CHF 3'894'751.-, non déclarée, à titre de capital propre dissimulé. L'ICC 2008 dû s'élevait à CHF 42'289.20 et l'IFD 2008 à CHF 9'265.-.

Une amende ICC 2008 de CHF 26'228.- et une autre IFD 2008 de CHF 5'610.- étaient infligées à A______ pour tentative de soustraction d'impôt en application des art. 70 LPFisc respectivement art. 176 LIFD, avec la même motivation. En ne déclarant pas les comptes bancaires auprès de la F______ et auprès du Crédit Suisse, A______ avait fait preuve d'un comportement intentionnel et tenté, en remettant des états financiers faux et incomplets, de réduire le bénéfice imposable. La quotité des amendes était fixée à 2/3 du montant de l'impôt soustrait pour les mêmes raisons que les amendes précitées de 2007.

c. Dans les avis de taxation ICC et IFD de 2009, le bénéfice net total imposable, retenu par l'AFC-GE, était de CHF 876'449.-, montant inférieur à celui déclaré par la contribuable. Ces avis mentionnaient la somme, non déclarée, de CHF 589'958.- à titre de capital propre dissimulé. L'ICC 2009 dû était de CHF 207'203.90 et l'IFD 2009 de CHF 74'494.-. Aucune amende n'a été prononcée pour l'année 2009.

7) Par décision sur réclamation du 23 novembre 2018, l'AFC-GE a annulé le bordereau d'amende IFD 2007 compte tenu de la rectification de la taxation 2007.

a. Elle a pris en compte une provision pour impôts et maintenu les reprises susmentionnées relatives au bénéfice imposable en 2007 et en 2008 et au capital propre dissimulé pour les taxations de 2007 à 2009. Elle a établi des bordereaux rectificatifs ICC de 2007 à 2009 et IFD de 2007 et 2008 avec les nouveaux avis de taxations y relatifs. Le bénéfice net total imposable s'élevait à CHF 32'273.- en 2007 et à CHF 73'094.- en 2008. S'agissant des ICC dus, la contribuable devait payer CHF 13'703.20 pour 2007, CHF 33'669.05 pour 2008 et CHF 207'170.- pour 2009. Elle devait payer au titre de l'IFD CHF 2'737.- pour 2007 et CHF 6'205.- pour 2008. La taxation IFD 2009 n'était pas modifiée.

Les reprises susmentionnées de CHF 425.- et de CHF 92'850.- concernaient le bénéfice imposable des taxations ICC et IFD de 2007 respectivement de 2008. Elles correspondaient aux éléments complémentaires selon les comptes corrigés des exercices concernés remis par A______, afin d'inclure notamment les opérations en lien avec des comptes bancaires non déclarés.

b. Elle a aussi maintenu la quotité des amendes ICC 2007, ICC 2008 et IFD 2008 dont les montants étaient recalculés sur la base des taxations rectifiées. Ceux-ci s'élevaient respectivement à CHF 3'056.-, CHF 20'481.- et CHF 3'570.-, fixés dans trois nouveaux bordereaux d'amende. Elle a confirmé la motivation des premiers bordereaux en développant les conditions auxquelles lesdites amendes étaient soumises, notamment les normes et la jurisprudence topiques.

8) La contribuable a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) en concluant à son annulation et en limitant expressément son recours aux « bordereaux de taxation ICC 2007, 2008 et 2009 (capital propre dissimulé), [au] bordereau de taxation IFD 2009 [et aux] amendes ICC 2007 et ICC et IFD 2008 ». Elle a également conclu à la jonction de sa cause avec celle de D______.

D'une part, elle a invoqué une violation des dispositions relatives à l'imposition du capital propre dissimulé et soutenu que les reprises d'impôts ICC de 2007 et de 2008, à titre de capital propre dissimulé, devaient être annulées. D'autre part, s'agissant des amendes ICC 2007 et 2008 et IFD 2008, elle s'est plainte d'une violation de son droit d'être entendue, sous l'angle du droit à la motivation des décisions, et de celle des art. 70 LPFisc et 176 LIFD. Elle estimait « difficile, [voire] impossible », de comprendre sur quelle base et en relation avec quelle prétendue tentative de soustraction d'impôt lesdites amendes avaient été prononcées. Elle demandait à ce que l'AFC-GE lui fournisse des informations supplémentaires sur cette question afin qu'elle puisse se prononcer en toute connaissance de cause.

9) La cause a été suspendue devant le TAPI, d'entente entre les parties, entre février et décembre 2019.

10) Le 28 février 2020, l'AFC-GE a conclu à la modification de la taxation de 2009 en ce sens qu'elle acceptait de procéder au dégrèvement de CHF 4'612'321.- auprès de A______, mais non en faveur de D______, et a maintenu sa décision sur réclamation concernant les reprises effectuées à titre de capital propre dissimulé.

Elle avait procédé à la reprise de ce montant auprès de D______ car la perte concernant les actions G______ n'avait pas été justifiée. Aucun accord entre ces deux sociétés concernant la répartition des risques sur lesdites actions n'avait été démontré, malgré la « note de crédit » alléguée de D______ concernant la répartition avec A______ de la perte sur les actions G______. Concernant A______, aucune correction n'avait été effectuée au sujet de cette transaction, de sorte que la compensation entre sa perte et le bénéfice, découlant de cette opération effectuée avec D______, avait été acceptée bien que l'AFC-GE considère qu'aucun accord n'existe.

11) Le 29 mai 2020, A______ a répliqué et sollicité l'audition de M. C______, administrateur des deux sociétés. S'agissant du dégrèvement de CHF 4'612'321.- accepté par l'AFC-GE, cette dernière n'avait pas démontré l'inexistence de l'accord entre A______ et D______ qui était prouvé par la « note de crédit ». L'absence d'un accord écrit n'était pas décisive contrairement à l'avis de l'autorité fiscale. En effet, l'administration et la direction de ces deux sociétés étaient identiques et celles-ci n'avaient ainsi ni l'obligation ni le besoin de passer l'accord de répartition en la forme écrite.

12) Par jugement du 23 novembre 2020, le TAPI a partiellement admis le recours de A______, donné acte à l'AFC-GE de ce qu'elle acceptait de procéder au dégrèvement d'un montant de CHF 4'612'321.- sur le revenu imposable de 2009, renvoyé le dossier à l'AFC-GE pour nouvelles décisions de taxation ICC 2007 à 2009 et IFD 2009 ainsi que d'amendes ICC 2007 et 2008 et IFD 2008 dans le sens des considérants, mis un émolument réduit de CHF 700.- à la charge de A______ et alloué à cette dernière une indemnité de procédure de CHF 800.-.

Il a refusé la jonction de la présente procédure avec celle concernant D______, les deux sociétés étant des personnes morales distinctes et les recours portant sur des faits et des problématiques juridiques partiellement communs. Il n'a pas entendu M. C______.

Il a relevé le caractère incomplet de la motivation de l'AFC-GE concernant les amendes ICC 2007 et 2008 et IFD 2008, vu qu'elle ne mentionnait pas que « l'amende inclu[ai]t également la reprise du capital propre dissimulé ». Il a toutefois considéré que cela « ne saurait porter à conséquence pour la solution du présent litige » et renvoyé à la suite de son argumentation, exposée ci-après.

Il a donné acte à l'AFC-GE de ce qu'elle acceptait de procéder au dégrèvement d'un montant de CHF 4'612'321.- pour la détermination du bénéfice imposable de A______ pour l'année fiscale 2009, de sorte que ce point n'était plus litigieux.

Il a annulé les reprises effectuées par l'AFC-GE, à titre de capital propre dissimulé pour les années 2007 et 2008, d'un montant respectif de CHF 1'388'325.- et de CHF 3'894'751.-. Pour l'année 2009, il a confirmé la reprise de CHF 589'958.- à titre de capital propre dissimulé, puisque M. C______ était devenu l'unique actionnaire de A______ en 2009. S'agissant des amendes portant sur les années 2007 et 2008, il a décidé de « [ne pas entrer] en matière sur le[ur] bien-fondé ». A______ s'était contentée de conclure à leur annulation sans indiquer les motifs de sa contestation. Les reprises concernant le capital propre dissimulé des années 2007 et 2008 étaient annulées et A______ ne contestait pas les reprises sur les comptes bancaires non déclarés. Cependant, les amendes devaient être recalculées pour tenir compte de l'annulation desdites reprises.

13) Par acte mis à la poste le 23 décembre 2020, A______ a recouru contre ce jugement auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) en concluant à son annulation en tant que ledit jugement refusait la jonction avec la procédure enregistrée sous la cause A/4593/2018, qu'il maintenait les amendes relatives à l'ICC 2007 et 2008 et à l'IFD 2008 et qu'il mettait à sa charge un émolument de CHF 700.-. Elle a aussi conclu au renvoi du dossier pour nouvelle décision principalement à l'AFC-GE, subsidiairement au TAPI.

À titre préalable, elle a conclu à la jonction de la présente cause avec celle A/4593/2018, à l'audition de M. C______ et à ce que soit réservée la question du dégrèvement susmentionné jusqu'à droit connu sur la contestation de D______ au sujet de la reprise de CHF 4'612'321 au titre de « participation perte G______ non justifiées » pour l'année 2009 faisant l'objet de la procédure A/4593/2018.

Elle reprochait à l'AFC-GE d'avoir prononcé des amendes ICC et IFD pour 2007 et 2008 pour tentative de soustraction alors qu'il n'était pas possible de déterminer quel(s) impôt(s) A______ avait tenté de soustraire. L'autorité fiscale n'avait en outre pas expliqué le calcul des amendes, notamment la part correspondant au capital propre dissimulé. Elle se plaignait d'une violation de son droit d'être entendue, dans la mesure où elle ne comprenait pas sur quelle base et en lien avec quelle prétendue tentative de soustraction d'impôt les amendes ICC 2007 et ICC et IFD 2008 étaient prononcées. Le TAPI n'avait pas annulé les amendes, mais invité l'AFC-GE à les recalculer pour tenir compte de l'annulation des reprises du capital propre dissimulé. Elle invoquait aussi une violation des art. 70 LPFisc et 176 LIFD en lien avec les amendes précitées sans toutefois développer d'argumentation spécifique à ce sujet.

Bien qu'étant deux personnes morales distinctes, la jonction de la présente cause avec celle susmentionnée s'imposait vu l'interdépendance de leur sort. L'AFC-GE avait tenu compte d'une « note de crédit » de D______ de CHF 4'612'321.- concernant la répartition avec A______ de la perte sur les actions « G______ », sans procéder au dégrèvement dans la taxation de A______. Pour cette dernière, il était clair que l'accord entre ces deux sociétés au sujet de la répartition des risques sur les actions G______ était valable et que la perte de CHF 4'612'321.- était déductible auprès de D______. Même si l'AFC-GE avait accepté ledit dégrèvement pour déterminer le bénéfice imposable de A______ en 2009, cette décision « ne correspond[ait] pas à la réalité des faits ». Ceci l'avait contrainte à déposer le présent recours afin que la situation soit examinée dans son ensemble et éviter des décisions contradictoires.

14) L'AFC-GE a conclu au rejet du recours, puis A______ a maintenu sa position.

15) Sur ce, les parties ont été informées que la cause était gardée à juger.

1) Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).

2) La recourante demande la jonction de la présente cause avec la cause A/4593/2018 concernant D______, société dirigée par le même administrateur et actionnaire unique. Elle reproche au TAPI de ne pas y avoir procédé.

a. Selon l'art. 70 al. 1 LPA, l'autorité peut, d'office ou sur requête, joindre en une même procédure des affaires qui se rapportent à une situation identique ou à une cause juridique commune. La chambre administrative est en principe compétente s'agissant de motifs pour violation du droit, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, et pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, à l'exclusion de l'opportunité (art. 61 al. 1 et al. 2 LPA).

b. En refusant de joindre les causes au motif qu'il s'agissait de personnes morales distinctes et que les recours portaient sur des faits et des problématiques juridiques qui n'étaient que partiellement communs, le TAPI n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation. La recourante ne conteste pas cette motivation mais se prévaut du risque de décisions contradictoires dans le traitement fiscal de la somme litigieuse de CHF 4'612'321.- invoquée par D______ à titre de perte, alors que l'AFC-GE la prenait en compte dans le bénéfice de A______, afin de solliciter la jonction des causes précitées. Or, cet élément n'est plus déterminant pour l'issue du présent litige pour les raisons exposées ci-après. De plus, un tel risque peut être pallié, comme en l'espèce, par des décisions séparées mais prises en même temps. Il se fonde par ailleurs sur l'appréciation d'une pièce. Le risque d'appréciation divergente d'une même pièce dans des procédures différentes n'exige pas à lui seul la jonction des causes, ce d'autant moins qu'une telle question peut constituer un motif de recours au sens de l'art. 61 al. 1 LPA, que ce soit en tant qu'appréciation arbitraire d'une pièce ou constatation inexacte ou incomplète d'un fait pertinent. La jonction des causes est en revanche subordonnée à l'existence d'une « situation identique » ou à celle d'une « cause juridique commune » en vertu de l'art. 70 al. 1 LPA, ce qui n'est pas le cas ici. Par conséquent, le recours sera rejeté sur ce point.

c. En ce qui concerne la jonction sollicitée devant la chambre administrative, celle-ci n'y procédera pas. En effet, malgré les liens étroits que les sociétés entretiennent, il s'agit juridiquement de deux personnes morales distinctes, soumises chacune à ses obligations fiscales. Par ailleurs, les questions juridiques à examiner sous l'angle du droit fiscal ne sont pas les mêmes dans les deux causes. Le risque de contradiction dans le traitement de la somme litigieuse de CHF 4'612'321.- n'est plus d'actualité devant la chambre de céans à la suite du changement de position de l'AFC-GE en février 2020 pris en compte dans le jugement querellé. Le TAPI a constaté que cette question n'était plus litigieuse, ce qui demeure le cas devant la chambre administrative malgré la conclusion particulière prise sur ce point par la recourante. Celle-ci ne prétend en tous les cas pas avoir perçu un tel bénéfice en 2009. La conclusion tendant à ce que la question du dégrèvement de CHF 4'612'321.- soit réservée devient ainsi sans objet.

3) La recourante sollicite l'audition de M. C______, son administrateur et actionnaire unique, qui l'est aussi de D______, dans ses conclusions sans développer les motifs en droit de cette requête. Elle se limite à mentionner l'audition de ce dernier, dans les faits, à titre de preuve de l'accord qu'elle invoque avoir passé avec A______ sur la répartition des pertes sur les actions G______.