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A. a. A______ SA (ci-après : A______ SA) est une société anonyme, inscrite au registre du commerce du canton de Genève (ci‑après : RC) depuis le 21 juillet 2015 et dont le but est notamment, en Suisse et à l'étranger, l'offre de tous conseils, services et prestations, de même que l'exercice de toutes activités dans le domaine immobilier, notamment l'acquisition, le développement et toutes transactions de projets immobiliers, ainsi que la promotion, l'acquisition, l'administration et la gestion d'affaires financières et immobilières. Elle a son siège à C______.

B______ (ci-après : B______) est une association d’importance cantonale se consacrant, par pur idéal, à l’étude des questions relatives à l’aménagement du territoire, à la protection de l’environnement et à la protection des monuments, de la nature et des sites.

b. Depuis juin 2022, A______ SA est propriétaire de la parcelle n° 688, feuille 38, de la commune de C______ (ci-après : la commune), sise à l’adresse 3, chemin D______, C______. La parcelle est située en partie en zone bois et forêt (environ 1/3) et pour partie en cinquième zone de construction (environ 2/3), dans un secteur appelé à être densifié au moyen d’une modification de zone, selon le plan directeur cantonal 2030 (ci-après : PDCn 2030).

Sur cette parcelle, d’une surface de 14'623 m², sont érigés, selon l’extrait de la mensuration officielle et du registre foncier, une tour (bâtiment n° 6______) de 6 m², une maison de maître (bâtiment n° 7______) de 275 m², un garage privé (bâtiment n° 8______) de 26 m², une serre (bâtiment n° 9______) de 40 m², une cabane (bâtiment n° 10______) de 9 m² et un autre bâtiment de 16 m² (bâtiment n° 11______).

D’autres constructions non cadastrées sont également érigées sur ladite parcelle, soit notamment des murs d’enceinte, des murets, deux bancs en demi-cercle, un pont, un bassin et un portail.

Une grande partie de la parcelle et la maison de maître se trouvent dans le périmètre d’un site inscrit à l’inventaire des sites construits d’importance nationale à protéger en Suisse (ci-après : ISOS), avec un objectif de sauvegarde A, soit le plus élevé (« Sauvegarde de la substance »).

c. Selon le recensement architectural de la commune, entériné par la plénière du service des monuments et des sites (ci-après : SMS) le 28 février 1983, l’échelle de valeur de la maison de maître (bâtiment n° 7______) et du garage privé (bâtiment n° 8______) était de 3 sur 7.

d. Selon le recensement du patrimoine architectural et des sites du canton de Genève, préavisé le 27 novembre 1991 par la commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après : CMNS), la parcelle n° 688 et le bâtiment n° 7______ étaient considérés comme « Exceptionnel ».

e. Le 20 août 2005, le conseil international des monuments et des sites (ci‑après : ICOMOS) a établi une fiche de recensement du jardin paysager. La conservation de la substance historique était bonne, l’entretien était bon et l’environnement était intact.

f. Le 27 octobre 2015, le département et la commune ont établi un document intitulé « Stratégie d’aménagement, C______-Sud, E______-F______, G______ ». La parcelle n° 688 était incluse dans une zone où le potentiel de mutabilité était important (parcellaire plutôt grand, bâti ancien et quelques propriétaires intéressés). Un déclassement en zone de développement 4A était envisagé.

g. Entre 2016 et 2025, A______ SA a déposé plusieurs demandes auprès du département de l'aménagement, du logement et de l'énergie, devenu depuis lors le département du territoire (ci-après : le département) notamment :

- le 3 octobre 2016, elle a remis une demande d’autorisation de construire portant sur la construction de 27 villas et des abattages d'arbres (DD 1______). Le dossier a été renvoyé ;

- le 9 décembre 2021, elle déposé une demande préalable d’autorisation de construire portant sur la construction de trois habitats groupés et maintien d'un habitat existant (51.5%) avec un parking souterrain (DP 2______). Le projet a été refusé ;

- le 26 septembre 2022, le département a constaté que des travaux sans autorisation étaient en cours dans la maison de maître. Ces travaux, consistant en une rénovation et transformation d'une bâtisse (4.3%) à plusieurs logements et suppression de la chaudière à mazout, ont été régularisés le 9 février 2024 par la délivrance d’une autorisation de construire APA 3______ et ont donné lieu à une amende de CHF 8'000.- infligée par décision du 1^er mars 2024 (I 12______) ;

- le 6 décembre 2024, elle a remis une demande préalable d’autorisation de construire portant sur la construction d'habitats groupés avec garage souterrain et abattage d'arbres (DP 4______). Le dossier a été renvoyé ;

- le 16 janvier 2025, elle a déposé une demande préalable d’autorisation de construire portant sur la construction d'habitats groupés (30%) avec garage souterrain et abattage d'arbres (DP 5______). L’instruction de cette demande est suspendue.

h. Entre 2018 et 2019, une étude pour le développement du secteur H______‑E______ a été menée entre la commune, le département, les propriétaires, les associations et les habitants concernés. L’objectif de l’étude était de développer un avant-projet d’aménagement intégrant les exigences environnementales, paysagères et de mobilité, en cohérence avec la stratégie d’aménagement C______‑Sud.

Il était prévu la construction de nouveaux immeubles sur la parcelle n° 688 et un avant-projet de PLQ a été élaboré dans un atelier. Celui-ci prévoyait la construction d’immeubles sur ladite parcelle avec des gabarits R + 1, R + 6 et R + 7.

i. Le 20 août 2021, le département a élaboré un projet de loi modifiant les limites de zone sur la commune, au lieu-dit « H______-D______ » comprenant notamment la parcelle n° 688. La partie de la parcelle précitée classée en cinquième zone de construction serait classée en zone de développement 3.

j. Selon le recensement architectural du Canton de Genève (RAC-2020) du 23 septembre 2021, la tour (bâtiment n° 6______), la maison de maître (bâtiment n° 7______), le garage privé (bâtiment n° 8______), la serre (bâtiment n° 9______), la cabane (bâtiment n° 10______) et l’autre bâtiment (bâtiment n° 11______) avaient une valeur « Exceptionnel ».

De haute ancienneté, la maison de maître était remarquablement bien conservée, malgré la transformation de l’avant-corps central côté parc et le mauvais état d’entretien général du bâtiment. Depuis 1856, sa volumétrie n’avait guère été modifiée. Les travaux du milieu du XIX^e siècle étaient de qualité remarquable. Le fait qu’ils aient préservé des éléments antérieurs empêchant la création d’une image parfaitement symétrique ne réduisait en rien leur intérêt. Situé à proximité de certaines de ses anciennes dépendances (au 1, chemin de D______ et le château d’eau, tout comme la serre, malgré l’état de ruine de cette dernière) et entouré d’un vaste parc aux essences sans doute plus que centenaires, cet objet possédait donc une valeur patrimoniale exceptionnelle.

k. Le Plan directeur communal (ci-après : PDCom) révisé « C______ I______ » est entré en force en juillet 2025 à la suite de son adoption par le conseil municipal en janvier 2025 et son approbation par le Conseil d’État en juin 2025 avec une réserve quant à la densification accrue proposée dans les secteurs H______-E______, J______ et K______. Cette vision entrait en conflit avec les objectifs du PDCn 2030.

Le PDCom intègre toutefois la parcelle n° 688 dans un périmètre de maintien en cinquième zone avec une densification accrue à ménager et l’élaboration d’une image directrice, d’un plan localisé de quartier (ci‑après : PLQ) ou d’une mesure de protection. Le potentiel de développement existait mais les contraintes de ce dernier devaient toutefois être clairement identifiées et définies afin de préserver les qualités exceptionnelles de cette poche.

B. a. Le 29 mars 2018, B______ a demandé la mise à l’inventaire de la tour (bâtiment n° 6______), de la maison de maître (bâtiment n° 7______), du garage privé (bâtiment n° 8______), de la serre (bâtiment n° 9______), de la cabane (bâtiment n° 10______) et du dernier bâtiment (bâtiment n° 11______).

La maison de maître avait été recensée en 1983 avec une valeur de 3 et édifiée en 1804. Si sa construction remontait sans doute au début du XIX^e siècle, certaines parties semblaient antérieures. De plan rectangulaire, un corps central garni d’un fronton et deux ailes de part et d’autre, ce bâtiment était caractérisé par des éléments néo‑classicisants. Les nombreuses ouvertures dénotaient vraisemblablement des étapes successives de la construction. D’élégants motifs décoratifs étaient à relever ainsi qu’une grande variété de matériaux. Le bâtiment était en outre entouré d’un vaste terrain qui avait été soigneusement aménagé dans un esprit de promenade pittoresque (statues, puits, petit pont, étangs, etc.). Cet édifice ainsi que son environnement méritaient une mise sous protection effective compte tenu de sa rareté dans le paysage construit genevois.

b. Le 13 avril 2018, le département a ouvert une procédure en vue de l’inscription à l’inventaire des immeubles précités et a recueilli les observations des anciens propriétaires de la parcelle n° 688 et les préavis suivants :

-  le 30 mai 2018, les anciens propriétaires ont informé le département qu’ils s’opposaient à toute mesure de protection en raison de l’état du bâtiment et compte tenu des impératifs d’urbanisme envisagés ;

-  le 18 octobre 2018, la CMNS et le SMS ont effectué une visite sur place. Selon leur rapport de visite du 24 octobre 2018, les délégués de ces instances étaient favorables à l’inscription à l’inventaire de la maison de maître sise 3, chemin D______ et de ses environs. La parcelle n° 688 était la dernière encore intacte sur les bords du plateau de E______, enserrée de part et d’autre par ces nouvelles densités de constructions pavillonnaires ou d’immeubles. La préservation de ce bâtiment n° 7______, bien qu’ayant une typologie avec des pièces de taille modeste peu en rapport avec les critères actuels pour une résidence de luxe, permettrait de garder le dernier témoignage de ce type de propriété du milieu de XIX^e siècle, avec son environnement, son parc et ses « folies ». Il n’était pas envisageable de construire un immeuble devant la maison de maître dans le parc, au vu de la proximité des forêts et cordons boisés sur la parcelle. La seule solution pour densifier cette parcelle serait de démolir ledit bâtiment, ce qui semblait particulièrement dommageable en termes de préservation du patrimoine dans le canton de Genève ;

-  le 30 octobre 2018, la CMNS a préavisé favorablement l’inscription à l’inventaire du bâtiment n° 7______ et de la parcelle n° 688. La maison sise 3, chemin D______ appartenait aux premières constructions apparues sur les hauteurs de E______. Construite dans la 2^e moitié du XVIII^e siècle comme probable « maison des champs », tandis que s’édifiait la ville neuve de C______, elle avait été entièrement remodelée en maison de maître au milieu du XIX^e siècle, puis avait reçu un remarquable aménagement de jardin. Bien qu’ayant connu différentes étapes de travaux d’agrandissement et d’aménagement, la maison avait su conserver une enveloppe remarquable et des aménagements intérieurs avec de très nombreux éléments dignes d’intérêt (sol en mosaïque et terrazzo, parquets, moulures, rosace, cheminées, poêle, portes, portes fenêtres et fenêtres, etc.). Les abords aménagés du bâtiment et le jardin étaient également dignes d’intérêt. Étaient à noter la présence des murs, clôture, murets, puits, bassin ainsi que des « folies » au sein d’un bosquet : tourelle avec escalier, passerelle et aménagements laissés à l’abandon ;

-  le 31 mai 2022, la commune a préavisé favorablement la mesure de protection.

c. Le 27 septembre 2022, dans le cadre de la procédure d’infraction I 12______, le département a confirmé à A______ SA l’arrêt de chantier, précédemment prononcé par courriel du même jour, consistant en l’arrêt immédiat des travaux après sécurisation des lieux et ce, jusqu’à nouvel ordre. La mise en danger du public, des ouvriers et des utilisateurs ainsi que l’instruction en cours de la mise sous protection patrimoniale du bien justifiaient cet arrêt.

d. Le même jour, B______ a maintenu sa demande de mise à l’inventaire de la maison de maître et du jardin.

e. Le 31 octobre 2022, A______ SA, nouvelle propriétaire, a transmis ses observations sur la question de la mise à l’inventaire de sa parcelle et des immeubles érigés sur celle‑ci.

Elle ne s’opposait pas à la mise à l’inventaire des bâtiments en tant que tels pour autant que cela n’empêche pas tous travaux de rénovation, de mise aux normes et autres travaux de réhabilitation. Elle s’opposait toutefois à ce que la parcelle dans son intégralité fasse l’objet d’une telle mesure de protection patrimoniale et à ce que cette mesure entraîne une impossibilité de toute future densification.

f. Le 24 novembre 2022, le service de l’inventaire des monuments d’art et d’histoire (ci-après : IMAH) a effectué une visite de la parcelle.

Le rapport de visite détaillait les jalons historiques de la parcelle. Il s’agissait d’un bâtiment isolé de plan rectangulaire allongé se développant sur trois niveaux (rez‑de-chaussée, étage et comble aménagé) plus deux sous-sols partiels aux extrémités. Agrandi à la mi-XVIII^e siècle avant d’être transformé en une imposante maison de maître vers 1866, l’édifice se décomposait en cinq corps de bâtiments principaux, organisés symétriquement. « L’étroit corps central d’une seule travée en saillie est encadré par deux ailes plus basses puis deux pavillons finaux. Ces derniers forment une saillie côté cour, où ils sont reliés au corps central par deux niveaux de galeries (à gauche, elles sont interrompues par un élément maçonné, probable récupération de la construction la plus ancienne). L’imposant volume est couvert par une toiture complexe couverte en ardoise. Cette composition régulière tend à masquer l’irrégularité de la construction ancienne. Cette dernière se devine cependant, côté cour, à travers la position désaxée de la porte de cave et, côté jardin, par le rythme irrégulier des percements de l’aile sud-ouest. L’intervention de 18[66] est, par ailleurs, d’une grande qualité dans le traitement des détails : on peut mentionner les chaînes d’angle, les encadrements soigneusement moulurés en molasse (certains en crossettes), les vitraux finement ouvragés de la véranda, les colonnettes en fonte des galeries, la porte d’entrée en bois sculpté et ouvertures protégées de grilles en fonte ». À l’intérieur, on notait :

« Pavillon et aile sud » : sol en mosaïque, moulures, parquet et cheminée au salon du rez-de-chaussée, parquet et cheminée à l’étage ;

« Corps central » : cheminée ancienne, escalier en bois avec garde-corps en fonte ;

À l’étage : parquets et cheminée ;

« Aile et pavillon nord » : quelques boiseries et portes anciennes à l’étage. Nombreuses fenêtres anciennes. En 2022, le bâtiment se divisait en trois appartements.

Sur le plan patrimonial, le bâtiment présentait un intérêt exceptionnel : « ancienneté (XVI^e siècle pour une partie des fondations), typologie traditionnelle (ancienne maison forte ? Dans tous les cas, exemple de transformation d’une maison ancienne groupant de l’habitat et des activités rurales en une maison de maître), architecture soignée (recherche de symétrie, corps central accusé par des triplets, traitement soigné des chaînes d’angle, finition des éléments en fonte ou en fer forgé), matériaux traditionnels (molasse, calcaire, ardoise, fonte, etc.), mise en œuvre de la qualité (parquets en marqueterie, cheminées en marbre), insertion dans un site paysager de type jardin alpin (fontaine, bassin, glacière surmontée d’une tour‑réservoir, bancs en pierre, etc.) de qualité, en dépit d’une lecture difficile de la structure primaire d’origine et d’une dilution de la substance anciennes imputables aux changements d’affectation du bâtiment (mixte, maison de maître, pensionnat, logement multiple) puis à de récents travaux effectués sans autorisation ».

g. Le 1^er mars 2024, dans le cadre de la procédure d’infraction I 12______, le département a sanctionné A______ SA d’une amende de CHF 8'000.- pour des travaux réalisés sans autorisation sur sa parcelle.

h. Le 10 mars 2025, B______ a invité le département à rendre sa décision, faute de quoi elle interjetterait un recours pour déni de justice.

i. Par arrêté du 28 mars 2025, le département a approuvé l’inscription à l’inventaire des immeubles dignes d’être protégés des bâtiments n^os 7______ (maison de maître), 6______ (tour), 9______ (serre), 10______ (cabane) et des éléments dignes d’intérêt non cadastrés (murs d’enceinte, murets, bancs, pont, bassin et portail) et de la parcelle n° 688 pour partie, feuille 38 du cadastre de la commune.

De l’avis des milieux spécialisés, en particulier de la CMNS, la parcelle n° 688, sise sur la commune, abritait une des premières constructions apparues sur les hauteurs de E______ ; cette dernière, édifiée comme probable « maison des champs » dans la seconde moitié du XVIII^e siècle avait été entièrement remodelée en maison de maître au milieu du XIX^e siècle, recevant par la suite un remarquable aménagement de jardin. Il ressortait notamment du préavis de la CMNS et de la notice historique établie par l’IMAH que le bâtiment n° 7______ (maison de maître), initialement édifié au XVI^e siècle et transformé en maison de maître dès 1866, était un bâtiment accrédité d’une valeur de classement (« Exceptionnel ») au vu de son ancienneté, de son architecture soignée des matériaux traditionnels, de ses décors intérieurs et extérieurs, et de son insertion dans un site paysager de type jardin alpin de qualité. En outre, en dépit de différents travaux d’agrandissement et d’aménagement, le bâtiment avait su conserver une enveloppe remarquable et des aménagements intérieurs avec de très nombreux éléments dignes d’intérêt et était en bon état de conservation. Les bâtiments n^os 6______ (la tour), 9______ (la serre), 10______ (la cabane), édifiés après la construction de la maison de maître ainsi que les aménagements paysagers situés sur la parcelle n° 688 étaient autant d’éléments exceptionnels qui concouraient à la qualité du jardin.

La maison de maître et les bâtiments précités étaient intégrés à un très beau jardin paysager – dont les aménagements dignes d’intérêt avaient en grande partie subsisté – dont l’intérêt avait été relevé par l’ICOMOS lors du recensement des parcs et des jardins historiques de la Suisse établi entre 1995 et 2014, une fiche de recensement datée du 20 août 2005 lui ayant en effet été consacrée.

L’ensemble composé de ces bâtiments et du jardin paysager constituait un témoignage important de l’urbanisation périurbaine au tournant du XX^e siècle et était doté d’une valeur mémorielle. De plus, au vu de la mise à jour de l’ISOS par la Confédération, les qualités patrimoniales de la parcelle et des bâtiments étaient reconnues sur le plan national et bénéficiaient d’un objectif de sauvegarde « A » (« sauvegarde de la substance »). Il ressortait toutefois du dossier que le bâtiment n° 11______ avait été démoli et que le bâtiment n° 8______ présentait un intérêt secondaire. Par conséquent, les bâtiments n^os 7______ (la maison de maître), 6______ (la tour), 9______ (la serre) et 10______ (la cabane) et la parcelle n° 688 présentaient un intérêt incontestable sur le plan patrimonial et étaient dignes de protection au sens de la loi.

Il en allait de même des éléments dignes d’intérêts non cadastrés (murs d’enceinte, murets, bancs, pont, bassin et portail) qui se trouvaient sur la parcelle et concouraient à la valeur élevée de l’ensemble.

Tant la CMNS que la commune avaient préavisé favorablement la mesure de protection envisagée. La propriétaire, qui ne s’opposait au demeurant pas à la l’inscription à l’inventaire des bâtiments, n’alléguait aucun motif objectif susceptible de démontrer que les appréciations faites par les milieux spécialisés de la protection du patrimoine, relative à l’intérêt des bâtiments et de la parcelle, seraient erronées ou empreintes de subjectivité. De plus, la mesure de protection répondait à un intérêt public de protection du patrimoine suffisant. Selon la jurisprudence, les restrictions à la propriété ordonnées pour protéger les monuments et les sites naturels ou bâtis étaient d’intérêt public et celui-ci prévalait sur l’intérêt privé lié à une utilisation financière optimale d’un immeuble. En toute hypothèse, la mesure de protection projetée ne privait pas la propriétaire de tout rendement. Une inscription à l’inventaire n’avait pas pour vocation d’empêcher tout projet de transformation ou de restauration des bâtiments concernés, pour autant que ces projets respectent la substance patrimoniale des immeubles et fassent l’objet d’un préavis favorable des spécialistes de la protection du patrimoine. Les coûts qui pourraient être consentis pour le maintien de ces bâtiments ne faisaient pas obstacle à une mesure de protection, étant rappelé que l’État pouvait, au besoin, participer aux frais de conservation, d’entretien et de restauration d’un bâtiment inscrit à l’inventaire. En outre, une mesure d’inscription à l’inventaire n’excluait pas en soi toute densification d’une parcelle, ladite mesure ne rendant pas d’emblée inconstructible la parcelle en question.

Le fait que la parcelle soit en zone villa et fasse partie du secteur voué à être densifié au moyen d’une modification de zone (fiche A03 du PDCn 2030) n’avait pas pour conséquence qu’elle soit soustraite à une mesure de protection selon la loi, la mise en œuvre de la politique publique d’aménagement du territoire devant précisément tenir compte des impératifs liés à la préservation du patrimoine. Il demeurait possible pour les autorités de favoriser la préservation d’immeubles, quand bien même ils se trouveraient dans un secteur appelé à être densifié par la planification directrice cantonale.

La préservation des immeubles en question n’ayant de sens que si le terrain qui les entourait permettait leur mise en valeur, leurs abords protégés étaient définis dans le plan n° 13______ annexé à l’arrêté et en faisait partie intégrante. Les abords ainsi délimités étaient suffisants mais nécessaires à la préservation des qualités exceptionnelles des immeubles concernés. Pour tenir compte des intérêts de la propriétaire ainsi que des potentiels de densification restant à déterminer sur la partie de la parcelle incluse dans le périmètre d’inscription à l’inventaire, le plan n° 13______ ne fixait aucune aire libre de construction ni aucune aire d’implantation de nouvelles constructions, tout projet envisagé à l’intérieur du périmètre délimité par le plan devait être examiné au cas par cas et dans le respect des contraintes patrimoniales du site.

C. a. Par acte du 12 mai 2025, A______ SA a interjeté recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre l’arrêté précité, concluant préalablement à l’audition d’un représentant de la direction des autorisations de construire (ci‑après : DAC), de la CMNS, du SMS, de la commission d’architecture (ci-après : CA), de l'office de l'urbanisme (ci‑après : OU), de l’office cantonal de l’agriculture et de la nature (ci‑après : OCAN) et de la commune. Un représentant de son bureau d’architectes devait également être entendu et une expertise devait être ordonnée pour déterminer la moins-value de la parcelle n° 688 du fait de la mise à l’inventaire de celle-ci. Principalement, l’arrêté devait être annulé.

Elle ne s’opposait pas à la mise à l’inventaire de la maison de maître (bâtiment n° 7______), dont la valeur patrimoniale n’était pas contestée. En revanche, les autres éléments cadastrés, soit la tour (bâtiment n° 6______), la serre (bâtiment n° 9______) et la cabane (bâtiment n° 10______), de même que les éléments non cadastrés, étaient dépourvus de toute valeur patrimoniale digne d’être préservée.

Les terrains sur lesquels étaient sis des objets à protéger, ainsi que leurs abords, ne pouvaient faire l’objet d’une mesure de protection qu’en lien avec un classement. Cela n’existait pas en lien avec une mesure de mise à l’inventaire d’un immeuble. Par conséquent, la mise à l’inventaire d’une partie de la parcelle n° 688 de la commune violait la loi.

La chronologie du dossier démontrait que l’arrêté contesté avait été adopté dans la précipitation et sans analyse sérieuse. La procédure de mise à l’inventaire avait été initiée en 2018 et ce n’était que sous la menace d’un recours pour déni de justice que le département s’était prononcé.

Les qualités architecturales et paysagères de la parcelle n° 688 étaient connues de très longue date et avaient nécessairement toujours été prises en considération lors de l’établissement des différentes mesures de planification territoriale concernant la parcelle. Le département avait toujours considéré qu’elle pouvait être densifiée nonobstant la valeur patrimoniale du patrimoine bâti et végétal. Or, la mise à l’inventaire d’une partie de la parcelle signifiait que plus aucune densification ne serait possible à l’avenir, ce qui était parfaitement contradictoire avec les projets de densification. A______ SA était dans l’ignorance totale de ce qui pourrait être autorisé comme construction sur sa parcelle. La possibilité de densifier la parcelle était purement théorique et, dans les faits, totalement inexistante. L’adoption de l’arrêté querellé était donc constitutive d’un abus du pouvoir d’appréciation confinant à l’arbitraire.

La mise à l’inventaire d’une partie de la parcelle impliquait que tout projet doive obtenir un préavis favorable des instances spécialisées en matière de patrimoine. Elle constituait une atteinte absolue et inacceptable à son droit de propriété. Elle subissait une perte financière de CHF 11'231'900.- (6'607 m² x CHF 1'700.- le m²). De plus, la parcelle se situait en grande partie en zone de bois et forêt, dans une zone dans laquelle aucune densification ne pouvait être réalisée. Même si la mise à l’inventaire ne portait formellement que sur une partie de la parcelle, cette mesure empêchait, dans les faits, toute densification. Aucune analyse concrète n’avait été effectuée. L’intérêt public énoncé dans l’arrêté n’était pas étayé. À titre de comparaison, la protection de la villa PATUMBAH à Zurich, immeuble également recensé à l’inventaire ISOS avec un objectif de sauvegarde A, n’avait pas empêché la construction de bâtiments modernes à proximité. Le département avait non seulement omis de prendre en considération son intérêt privé mais avait, en outre, procédé à une pesée insoutenable des intérêts en présence. Le principe de la proportionnalité avait donc été violé.

b. Le 23 juin 2025, le département a conclu, préalablement, à l’audition d’un représentant de la CMNS, de la conservatrice cantonale des monuments et de la coordinatrice des mesures de protection auprès de l’IMAH. Un transport sur place devait également être organisé. Principalement, le recours devait être rejeté.

Il paraissaît certain, compte tenu des appréciations des experts qui avaient analysé le domaine et ses objets, que les bâtiments cadastrés ainsi que les éléments non cadastrés (murs d’enceinte, murets, bancs, pont, bassin et portail) présentaient les particularités d’une œuvre. Trois recensements architecturaux avaient attribué des valeurs élevées à la maison de maître (bâtiment n° 7______), la tour (bâtiment n° 6______), la serre (bâtiment n° 9______), la cabane (bâtiment n° 10______) ayant été précisément identifiés et évalués avec une valeur exceptionnelle selon le dernier recensement (RAC 2020). Tant le rapport de la CMNS du 24 octobre 2018, que son préavis du 30 octobre 2018, ainsi que la notice historique réalisée le 24 novembre 2022 par l’IMAH confirmaient l’intérêt à une mise sous protection de ces bâtiments ainsi que des éléments non cadastrés, ceux-ci formant un ensemble bâti, constitué dans la tradition bourgeoise de la fin du XIX^e siècle, à la suite de la transformation d’un domaine plus ancien. La valeur de ce patrimoine bâti répondait donc à la notion de « monument » au sens de la loi. A______ SA ne pouvait pas invoquer l’absence d’entretien de ses bâtiments pour s’opposer à l’inscription à l’inventaire de ceux-ci. Leur substance patrimoniale avait été préservée.

C’était sur la base des appréciations des experts que le département avait intégré une partie de la parcelle n° 688 dans la mesure de protection, non seulement en tant qu’elle comportait des éléments dignes de protection mais aussi en tant qu’elle composait les abords de qualité de bâtiments dignes d’intérêt et qu’elle participait au caractère de l’ensemble et du site. La mesure de protection répondait à un intérêt public suffisant permettant une préservation des qualités dudit bien-fonds et la mise en valeur des bâtiments protégés.

La CMNS n’avait pas préconisé d’exclure toute possibilité de construction, voire toute densification de la parcelle. Il ne pouvait pas être admis que le seul refus de la DP 2______ puisse constituer le reflet d’une quelconque position de la CMNS à l’égard du principe de la densification de la parcelle n° 688.

Le département n’avait jamais cessé ni mis en attente l’instruction de la mesure d’inscription à l’inventaire. Compte tenu des avis des différents milieux spécialisés consultés, il était incontestable que les bâtiments en question – pris séparément ou dans leur ensemble – présentaient un intérêt patrimonial élevé. Le département avait donc décidé de faire primer l’intérêt public à la préservation du patrimoine sur celui lié à la construction au logement, décision qui était d’ailleurs conforme à la fiche A04 (recte : A03) du PDCn 2023 selon laquelle la densification ne devait pas se faire au détriment de la préservation du patrimoine. De plus, en tant que particulier, A______ SA n’était pas en droit de se prévaloir du PDCn 2030, ce dernier n’ayant pas force obligatoire pour elle, étant précisé que le projet de modification de zone n’avait pas encore abouti et était au stade de l’enquête technique. En outre, il n’était pas rare que des bâtiments protégés soient situés dans des périmètres ou des zones de densification accrue.

L’inscription à l’inventaire constituait la mesure de protection individuelle la moins contraignante prévue par la loi. Elle était propre à assurer la protection des bâtiments, parcelle et éléments non cadastrés et à sauvegarder leur substance architecturale. Compte tenu des qualités et particularités de la parcelle, seule une protection partielle du terrain permettait d’atteindre le but de protection recherché. A______ SA n’avait pas démontré que cette inscription à l’inventaire produirait des effets insupportables pour elle ou ne lui assurerait pas un rendement acceptable.

Enfin, elle conservait ses prérogatives liées au droit de la propriété. Elle avait d’ailleurs pu transformer la maison de maître en plusieurs logements (APA 3______). Le seul fait qu’elle doive consulter la CMNS ou le SMS pour tout projet ne saurait être considéré comme une entrave insupportable à la garantie de la propriété.

c. Le 24 juin 2025, B______ a conclu au rejet du recours.

La maison de maître s’insérait dans un vaste parc constituant un ensemble. Plusieurs dépendances réalisées à la même époque présentaient un intérêt historique et patrimonial à considérer globalement avec ce bâtiment. Cette unité se déduisait notamment du RAC 2020 et de la fiche de recensement ICOMOS. Les préavis récents des instances spécialisées, sollicitées dans le cadre des DP, mettaient en exergue les qualités historiques de la parcelle et la valeur « exceptionnel » de la maison de maître, ainsi que des « aménagements paysagers remarquables présents sur la parcelle ». Ainsi, dans la mesure où la parcelle en cause avait été aménagée, dès son origine, comme une maison de maître insérée dans un parc paysager, c’était à juste titre que la mise à l’inventaire s’étendait sur un périmètre relativement large autour du bâtiment principal.

Les projets de planification en cours ne constituaient que des formes d’avant-projets destinés à alimenter la réflexion des différentes autorités concernées. Aucun des rapports ou projets de stratégie d’aménagement ne s’était traduit par un véritable plan d’aménagement.

La cinquième zone dans ce secteur datait des années 1950 et était désuète. Elle n’était plus conforme aux objectifs assignés par le droit supérieur de l’aménagement du territoire, ainsi que de la protection de la nature et du paysage. En conséquence, les autorités compétentes seraient tenues d’adapter, dès que possible, le plan des zones à l’évolution des circonstances, ce qui incluait l’obligation de préserver le patrimoine bâti. Il fallait en déduire que le secteur en question ne bénéficiait pas ou plus de droits à bâtir qui pourraient être calculés en application des normes de la cinquième zone. Comme les modifications de zones à venir devraient tenir compte des valeurs historiques et naturelles du site, il n’était pas contraire au principe de la proportionnalité de confirmer la mesure de mise à l’inventaire.

d. Le 15 septembre 2025, A______ SA a répliqué, persistant dans ses conclusions.

Le département se référait à la jurisprudence relative aux monuments historiques pour retenir que les bâtiments annexes entraient dans cette catégorie. Or, la mesure de protection susceptible de s’appliquer aux monuments était le classement et non la mise à l’inventaire. Le développement relatif aux monuments historiques était donc hors de propos. Les bâtiments annexes avaient été érigés en ordre dispersé, notamment dans le cadre de l’aménagement du jardin qui avait eu lieu plus de 160 ans après la construction de la maison de maître, et qui avaient été ensuite laissés à l’abandon. Le RAC 2020 ne retenait pas que la cour, la serre et la cabane seraient des bâtiments exceptionnels. Il était de plus contesté que les éléments mis à l’inventaire formaient un « ensemble bâti constitué dans la tradition bourgeoise de la fin du XIX^e siècle ».

Il ne ressortait pas des travaux législatifs que le législateur aurait eu l’intention de permettre la mise à l’inventaire des abords d’un immeuble. De plus, selon la jurisprudence, la possibilité de protéger les abords d’un immeuble n’existait pas en lien avec une mesure de mise à l’inventaire d’un immeuble.

Le département se limitait à indiquer n’avoir jamais cessé ni mis en attente l’instruction de la mise à l’inventaire mais n’avait pas indiqué pour quelle raison il ne s’était rien passé entre le 30 octobre 2018 (date du préavis de la CMNS) et le 16 mai 2022.

Force était de constater que la CMNS avait fait sien l’avis exprimé dans le rapport de visite du 24 octobre 2018. La mise à l’inventaire avait pour effet d’empêcher, de facto, toute densification de la parcelle. De plus, dans leurs préavis sollicités dans le cadre des DP 2______ et 5______, la CMNS et le SMS n’indiquaient pas quelles modifications devaient être apportées pour qu’un projet puisse être accepté. Il apparaissait en outre des pièces du dossier que la position de la CMNS était une position de principe. Enfin, l’APA 3______ ne permettait pas de démontrer que la parcelle pourrait être densifiée malgré la mise à l’inventaire.

L’arrêté de mise à l’inventaire avait pour effet d’empêcher toute densification de la parcelle. Le département faisait primer la protection du patrimoine sur l’urbanisation vers l’intérieur du milieu bâti, en totale contradiction avec les mesures de planification adoptées pour le périmètre concerné. Ces mesures, établies en tenant compte des intérêts patrimoniaux et paysagers en présence, prévoyaient une densification de la parcelle. Elles confirmaient que la densification vers l’intérieur du milieu bâti s’imposait comme une exigence prioritaire. En toute hypothèse, la protection des bâtiments annexes et de la partie de la parcelle concernée ne pouvait pas l’emporter sur le principe de densification vers l’intérieur du milieu bâti.

La perte financière avait été calculée sur la base de la grille de prix des terrains en zone villa éditée par une société spécialisée. Le département ne pouvait pas lui reprocher l’absence de démonstration de la perte financière subie et dans le même temps conclure au rejet de la demande d’expertise qui avait justement le but de déterminer le montant. Le département n’avait pas déterminé quelles seraient les conséquences financières concrètes que A______ SA devrait supporter du fait de la mise à l’inventaire.

Il n’était pas établi que les bâtiments annexes auraient été réalisés à la même époque. Ils ne formaient pas d’unité avec la maison de maître. Celle-ci avait été érigée en 1729 alors que le jardin alpin n’avait « probablement » été aménagé qu’en 1892 avec la tour (bâtiment n° 6______) et un bassin. De plus, la serre (bâtiment n° 9______) et la cabane de jardin (bâtiment n° 10______) n’étaient pas documentées avant 1936. Aucune unité ne ressortait ni de la fiche ICOMOS ni du RAC.

Le développement de B______ à propos des droits à bâtir étaient hors de propos. Tant que la nouvelle planification de la zone n’était pas adoptée, celle-ci demeurait valable. Enfin, la mise à l’inventaire empêchait toute densification de la parcelle et diminuait substantiellement la valeur de la parcelle.

e. Sur ce, la cause a été gardée à juger, ce dont les parties ont été informées par courrier du 16 septembre 2025.

1.             Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ ‑ E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a et 63 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 ‑ LPA ‑ E 5 10).

2.             La recourante demande l’audition d’un représentant de la DAC, de la CMNS, du SMS, de la CA, de l’OU, de l’OCAN et de la commune. Un représentant de son bureau d’architectes devait également être entendu et une expertise devait être ordonnée pour déterminer la moins-value de la parcelle n° 688 du fait de la mise à l’inventaire de celle-ci. Le département sollicite l’audition d’un représentant de la CMNS, de la conservatrice cantonale des monuments et de la coordinatrice des mesures de protection auprès de l’IMAH. Un transport sur place devait également être organisé.