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A. a. Par avis du 8 novembre 2017, la B______ (ci-après : la commune) a publié sur la plateforme SIMAP un appel d'offres intitulé « Mandats d'études parallèles en procédure sélective pour entreprise totale constituée en pool pluridisciplinaire » portant sur la transformation et l'agrandissement de l'école de Tivoli, sise sur la parcelle n° 3'611 de la commune.

Le début des travaux était prévu pour le printemps 2019.

b. Le cahier des charges de l'appel d'offres prévoyait comme travaux d'agrandissement un restaurant scolaire d'une surface d'environ 300 m², des locaux parascolaires avec notamment trois ou quatre salles d'activités, un espace d'accueil, une cuisinette, et une salle d'arts martiaux, des travaux intérieurs, ainsi que des travaux d'aménagement extérieur, tels que le réaménagement de l'ensemble des talus, une réfection globale des revêtements ou l'assainissement des canalisations.

Il mentionnait que le montant total des travaux (excluant les aménagements extérieurs) était estimé à CHF 19'700'000.- hors taxes (ci-après : HT) par le bureau BERIC, dont CHF 10'400'000.- concernaient la rénovation de l'enveloppe et CHF 2'000'000.- la rénovation des installations CVSE (Chauffage, ventilation, sanitaire et électricité).

c. Les critères d'adjudication pour le deuxième tour, dans l'ordre d'importance, étaient les suivants : 1. Qualité architecturale et technique de l'offre : 45% ; 2. Qualité économique de l'offre : 30% ; 3. Performance énergétique : 20% ; 4. Délai d'exécution des prestations de la phase conception-réalisation et planning du projet : 5%.

d. A______S SA (ci-après : A______), entreprise générale inscrite au registre du commerce genevois depuis 2008, a déposé une offre d'un coût total de CHF 22'654'037.- HT, comprenant les prix suivants :

-          travaux de rénovation des blocs A, B, C, D et aménagements extérieurs : CHF 14'289'692.- ;

-          extension au-dessus du gymnase (restaurant, dojo) : CHF 5'190'344.- ;

-          variante rénovation de l'enveloppe du secteur B (blocs E, F, G) : CHF 2'910'000.- ;

-          variante de production de chaleur : CHF 264'000.-.

e. Trois soumissionnaires à savoir C______ SA (ci‑après : C______), D______ AG et A______, ont été sélectionnés pour le deuxième tour des offres.

Selon le tableau récapitulatif des notes, A______ a obtenu la note de 4.20 sur 5, C______ la note de 3.68 et D______ AG, celle de 3.79.

f. Au terme de la procédure, la commune a, le 6 juillet 2018, adjugé le marché pour le montant de CHF 22'654'037.- HT à A______.

B. a. Le 30 août 2019, A______, par l'intermédiaire de son architecte E______ SA (ci-après : E______), a déposé une demande d'autorisation de construire DD 1______.

b. Le 4 novembre 2019, la commission d'architecture (ci-après : CA) a rendu un préavis défavorable sur ce projet au motif que la proposition volumétrique et sa forme étaient en rupture avec le dispositif spatial existant. Elle souhaitait que la qualité architecturale du bâtiment existant soit prise en considération et préservée.

c. S'en sont ensuivies plusieurs séances avec l'architecte d'A______ et le Conseil administratif de la commune qui a, le 13 août 2020, approuvé la surélévation des blocs A, B et F et demandé une extension de trois à quatre classes placées en surélévation de ces blocs.

d. Après diverses révisions, la commune a approuvé le projet définitif le 26 janvier 2021.

e. Le 23 février 2021, la CA a rendu un préavis favorable sur ce second projet prévoyant la construction d'un étage (au lieu de deux) sur la salle de gym.

C. a. Lors de la séance du 26 octobre 2022, la commune est revenue sur ce projet et a demandé l'étude d'une variante supplémentaire du bâtiment des sports.

b. Le 22 novembre 2022, une nouvelle variante a été transmise à la commune.

c. Le 31 janvier 2023, la CA a rendu un préavis favorable sous condition de garantir l'accessibilité aux personnes à mobilité réduite et de se rapprocher de la matérialité et de la modénature existantes.

d. Lors de la séance du comité de pilotage (ci-après : COPIL) du 13 juin 2023, A______ a présenté un tableau comparatif entre le premier et le second projet concernant l'évolution des coûts, s'étendant de la période de juillet 2018 à juin 2023, les chiffrant désormais à CHF 27'745'548.- HT avec le renchérissement des coûts. Cette estimation financière prévoyait une marge d'erreur de ± 15%.

e. Le 10 novembre 2023, une nouvelle demande d'autorisation de construire portant sur ce second projet de rénovation et agrandissement, approuvé par la commune, a été déposée.

f. Le 16 avril 2024, A______ a obtenu l'autorisation de construire relative à l'installation du pavillon provisoire, de sorte qu'elle a signé avec la commune un contrat d'entreprise totale portant sur cette installation. Elle l'a depuis réalisée.

g. Le 10 septembre 2024, l'autorisation de construire DD 2______a été délivrée.

h. Par courriel du 23 septembre 2024, la commune a remercié A______ pour l'investissement et le travail important effectué par ses équipes et lui a demandé de poursuivre les efforts pour les prochaines étapes à venir (descriptif, chiffrage, contrat et démarrage de chantier).

i. Lors de la séance du COPIL du 12 novembre 2024, A______ a à nouveau présenté un tableau récapitulatif des coûts relatifs au second projet, mettant en évidence les prestations supprimées par rapport au premier projet, les adaptations et les demandes complémentaires de la commune, ainsi que le renchérissement des coûts sur les années 2018 à 2024, soit un total de CHF 29'320'000.- HT.

À la fin de la séance, la commune a informé les représentants d'A______ de ce qu'elle envisageait de révoquer la décision d'adjudication en raison de l'augmentation devisée des coûts.

j. Le 15 novembre 2024, la commune a émis une directive de circulation effective dès le 6 janvier 2025, en prévision des travaux.

k. Par courrier du 19 novembre 2024, la commune a informé A______ de sa volonté de révoquer la décision d'adjudication du 6 juillet 2018 et de lancer une nouvelle procédure de mise en concurrence.

Il incombait à A______ de préparer et d'obtenir l'autorisation de construire nécessaire à la réalisation des travaux en lien avec l'école de Tivoli. Ensuite notamment d'un préavis défavorable de la CA, l'autorisation sollicitée n'avait pu être délivrée, ce qui avait nécessité d'importantes modifications du projet, notamment quant à sa volumétrie et son implantation dans le site, et avait entraîné un important retard dans le planning initial du chantier. À la suite de l'obtention du permis de construire le 10 septembre 2024, A______ avait présenté un devis général daté du 8 novembre 2024 chiffrant le coût initial du projet à CHF 32'305'941.- HT [en prenant en compte les coûts relatifs au pavillon provisoire], ce qui représentait une augmentation de plus de 42% du prix figurant dans son offre initiale. En raison de la modification du projet et surtout de l'augmentation substantielle du prix, les conditions n'étaient plus réunies pour poursuivre l'exécution de la décision d'adjudication initiale. Il n'était plus possible de considérer que cette décision initiale valait encore autorisation, pour la commune, de conclure un contrat avec A______ portant sur la réalisation de la rénovation, la transformation et l'agrandissement de l'école.

l. Le 4 décembre 2024, A______ a fait valoir son droit d'être entendue.

Elle était liée par actes concluants avec la commune par un contrat d'entreprise totale. Malgré l'augmentation des coûts de 22.6% indiquée à la commune en juin 2023, la commune avait sollicité d'elle la continuation du travail et même son intensification, afin de pouvoir démarrer les travaux début 2025. Par ailleurs, en tant que maître d'ouvrage assistée par des spécialistes en maîtrise d'ouvrage déléguée et en toute connaissance de cause, elle avait opéré des choix qui avaient contribué à augmenter de manière significative la valeur et le prix de l'ouvrage. Il paraissait contradictoire, et en ce sens contraire à la bonne foi, de venir soudainement soutenir qu'une hausse substantielle des coûts du projet constituerait un motif de révocation.

m. Le 9 janvier 2025, A______ a tenu une séance de travail concernant la coordination de la chaufferie avec les SIG.

n. Par décision du 7 janvier 2025, déclarée exécutoire nonobstant recours, la commune a révoqué la décision d'adjudication du 6 juillet 2018.

C'était sur la base de l'offre initiale estimée par A______ – et donc de ce prix – que le choix de la commune s'était porté sur elle. La nouvelle estimation transmise lors du COPIL du 13 juin 2023 n'avait jamais fait l'objet d'une validation par la commune. Ce n'était que le 8 novembre 2024, et après plusieurs demandes, qu'A______ avait remis un devis général chiffrant le nouveau coût du projet à CHF 32'305'941.- HT, ce qui représentait une augmentation de 42% du coût initial et consistant en près du double de l'estimation réalisée par le bureau d'ingénieurs F______, mandaté par la commune et qui avait estimé le coût total de l'ouvrage à CHF 17'674'350.- (± 25%) avec CHF 432'400.- d'options. La commune ne saurait par ailleurs appliquer l'art. 15 al. 3 let. e ou f du règlement sur la passation des marchés publics du 17 décembre 2007 (RMP - L 6 05.01) et adjuger à A______ un marché complémentaire via une procédure de gré à gré. Un nouvel appel d'offres serait organisé dans les meilleurs délais, auquel A______ pourrait participer.

D. a. Par acte déposé le 20 janvier 2025, A______ a interjeté recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre la décision précitée, concluant principalement à son annulation et à ce qu'il soit ordonné à la commune de recourir à la procédure de gré à gré pour les prestations complémentaires au marché initial. À titre préalable, elle a demandé l'octroi de l'effet suspensif au recours, et qu'interdiction soit faite à la commune d'organiser un nouvel appel d'offres et d'adjuger de gré à gré un marché en lien avec la transformation et/ou l'agrandissement de l'école à une autre entreprise qu’elle.

En obtenant la note de 4.20 sur 5, l'offre d'A______ avait largement devancé celle de ses deux concurrentes, et ce sur la quasi-totalité des critères d'évaluation, de sorte qu'il était faux de prétendre que l'attribution de ce marché public se fondait principalement sur la qualité économique de son offre.

L'augmentation du prix par rapport à celui de base s'expliquait notamment par le renchérissement des coûts durant la période de 2018 à 2024 et par les modifications qui avaient dû être apportées au second projet de construction, de même que par les demandes complémentaires de la commune. Cette dernière n'avait soulevé la problématique de l'évolution des coûts qu'en novembre 2024 alors qu'elle en avait une parfaite connaissance depuis juin 2023. Elle pouvait par ailleurs parfaitement prévoir que les modifications qui avaient dû être apportées au second projet et ses demandes complémentaires augmenteraient les coûts. Ce n'était que le 19 novembre 2024, soit seulement deux mois avant le début des travaux, que la commune l'avait informée de son intention de mettre fin à cette collaboration professionnelle de six ans.

Ces adaptations et ajouts étaient des prestations supplémentaires nécessaires indissociables du marché initial, de sorte que le pouvoir adjudicateur pouvait poursuivre le marché public en recourant à la procédure de gré à gré.

Le recours apparaissait suffisamment fondé car la décision querellée ne se fondait sur aucun motif justificatif et ne respectait pas les principes généraux de bonne foi et de proportionnalité. Il existait par ailleurs un intérêt public important à ce que la décision d'adjudication du 6 juillet 2018 ne soit pas révoquée et, partant, à un démarrage des travaux dans les plus brefs délais, afin que les citoyens puissent bénéficier au plus vite de la transformation et de l'agrandissement de l'école.

b. La commune a conclu au rejet de la requête sur effet suspensif et au rejet du recours.

La nouvelle estimation présentée au COPIL le 13 juin 2023 n'était ni justifiée ni documentée ni complète car certains postes n'étaient pas chiffrés. La commune avait ainsi fait part de son incompréhension et contesté devoir la supporter. À la suite de cette réunion, elle avait mandaté le bureau d'ingénieurs F______ qui avait estimé le coût total de l'ouvrage à CHF 17'674'350.- (± 25%) avec CHF 432'400.- d'option, soit une différence de plus de CHF 10'000'000.- dans son rapport du 14 août 2023. Elle avait alors à plusieurs reprises sollicité qu'A______ lui transmette un devis complet, justificatifs à l'appui. Lors du COPIL du 5 décembre 2023, E______ avait indiqué être dans l'attente d'un retour du département du territoire, sans quoi le dossier technique, qui devait aboutir au chiffrage du projet, ne pouvait être développé. Toutefois, les carences des différents sous-traitants d'A______ avaient considérablement retardé la finalisation du projet et la délivrance de l'autorisation de construire, comme cela avait notamment été relevé lors des COPIL des 6 février et 5 mars 2024. Lors de la séance du COPIL du 7 mai 2024, elle avait rappelé qu'elle avait relevé à plusieurs reprises des incohérences dans les dossiers du mandataire CVSE d'A______ et son insatisfaction quant au travail effectué. Ce n'était que le 8 novembre 2024 qu'A______ lui avait remis un devis général chiffrant le coût total du projet à CHF 32'305'941.- HT. Ce coût représentait une augmentation de plus de CHF 42% du prix articulé dans l'offre initiale d'A______. Ce devis général n'était pas détaillé et était totalement opaque sur la manière dont le chiffrage avait été effectué. Sa seule demande complémentaire consistait en l'ajout de quatre salles de classes supplémentaires pour un montant total de CHF 2'243'250.-.

Elle avait fréquemment rappelé à A______ – soit depuis le mois de juin 2023 – que l'augmentation des coûts constituerait un réel problème et il ne faisait aucun doute qu'une telle augmentation constituait une modification importante d'un élément essentiel du marché initial. Au regard du principe de l'utilisation parcimonieuse des deniers publics, elle ne pouvait décemment accepter une pareille augmentation. La décision querellée respectait donc le principe de la bonne foi, mais également les principes de l'interdiction de discrimination entre les soumissionnaires ainsi que celui de la transparence. Le principe de proportionnalité était par ailleurs respecté car il n'existait pas de mesure moins incisive qu'elle aurait pu prendre qui lui aurait permis d'atteindre le même but, étant précisé que les conditions pour recourir à la procédure de gré à gré comme le suggérait la recourante n'étaient manifestement pas remplies.

c. Dans sa réplique sur effet suspensif, la recourante a relevé que lors de la nouvelle estimation présentée au COPIL le 13 juin 2023, ses représentants avaient décrit oralement l'évolution des coûts en présentant les trois critères d'augmentation, à savoir l'indexation des prix, la modification du projet et les prestations complémentaires demandées par la commune. Celle-ci n'avait par ailleurs pas évoqué l'étude réalisée par F______ avant son courrier du 9 janvier 2025. Cette estimation n'incluait ni les phases SIA 3.31 à 3.33 de développement du projet ni les honoraires des mandataires ni les frais d'entreprise totale. De plus, elle reposait sur des ratios empiriques et non sur les spécificités exigées dans ce projet de rénovation et de transformation.

C'étaient les nombreuses demandes d'étude de variantes de la commune qui avaient nécessité un travail supplémentaire de plusieurs sous-traitants d'A______, prolongeant ainsi les délais. Le projet n° 2 était substantiellement différent du projet n°1 puisque divers éléments avaient été adaptés et modifiés (intégration du restaurant scolaire et du parascolaire dans le bloc B, changements des revêtements de façades) et d'autres ajoutés (ascenseur bloc B, amélioration du concept de sécurité incendie, dépollution, modification des menuiseries extérieures, rénovations intérieures, déplacement des pavillons provisoires). Dès lors qu'il s'agissait de deux projets totalement différents, la comparaison des coûts et la différence de 42% n'étaient pas pertinentes. Un projet modifié, avec comme variante un bâtiment d'un niveau au‑dessus du gymnase, avait reçu un préavis favorable de la CA le 23 février 2021 mais la commune n'avait pas donné suite à ce projet. Le 25 mai 2022, elle avait demandé au département du territoire de prolonger la mise en suspens du dossier mais cette demande avait été refusée, entraînant le classement de la demande d'autorisation de construire DD 1______. Le retard dans l'instruction du premier projet était notamment dû à la lenteur de la commune dans l'étude des variantes soumises par A______, ainsi que sa restructuration à l'interne, notamment le départ de deux collaborateurs chargés du dossier. Le préavis défavorable de la CA s'expliquait en partie par le fait que la commune ne l'avait pas consultée lors de l'élaboration de l'appel d'offres quand bien même la diligence le lui aurait commandé.

Le 20 septembre 2022, la possibilité de voter un nouveau budget en raison de la modification du projet à apporter à la suite du classement de la première demande d'autorisation de construire avait été évoquée par la commune. Lors de la séance du COPIL du 11 octobre 2022, elle avait aussi signalé l'augmentation des coûts en raison des modifications apportées au projet. La version finale du devis général ne pouvait être finalisée qu'après avoir obtenu la validation du descriptif des travaux par la commune, soit le 26 septembre 2024 dans le cadre de la première version qu'A______ avait soumise. Lors de la séance technique du 9 janvier 2025, la commune avait encore une fois agi de manière contraire à la bonne foi en lui demandant de poursuivre son travail alors que la décision de révocation querellée parvenait ce jour-là à son conseil.

d. Par décision du 18 février 2025, la chambre de céans a refusé d'octroyer l’effet suspensif au recours mais a fait interdiction à la commune d'organiser un nouvel appel d'offres sur la transformation et l’agrandissement de l’école de Tivoli jusqu’à droit jugé au fond.

e. Dans sa réponse au fond, la commune a précisé que les quatre écoles du secteur « Petit-Lancy » disposaient, en l'état, des capacités nécessaires pour accueillir les élèves selon les prévisions du rapport relatif aux prévisions localisées d'effectifs d'élèves de l'enseignement primaire pour la période 2024 à 2027. Elle souhaiterait que l'école de Tivoli, rénovée et agrandie, puisse être mise en service pour la rentrée des classes de l'année scolaire 2029-2030. Le coût de l'organisation d'un nouvel appel d'offres était estimé à environ CHF 60'000.-.

La commune n'avait pas pu rendre la décision querellée avant d'avoir pris connaissance du coût définitif des travaux et elle avait attendu un chiffrage des coûts de l'ouvrage depuis la fin de l'année 2022. Elle n'avait eu de cesse de relancer la recourante afin qu'un devis général lui soit transmis. Elle ne pouvait être tenue pour responsable du préavis négatif délivré par la CA le 23 juin 2020. Il appartenait au contraire à la recourante d'obtenir l'autorisation de construire et donc de faire en sorte que la CA ne s'opposât pas au projet. Les conséquences, notamment financières, des modifications et adaptations exigées par la CA étaient à la charge de l'entreprise chargée d'obtenir l'autorisation de construire nécessaire pour que les travaux puissent débuter. En toute hypothèse, il ne pouvait être prétendu que la commune aurait conforté la recourante dans l'idée qu'elle accepterait tout dépassement des coûts et que cette thématique n'était pas, pour elle, de première importance. Finalement, une pesée des intérêts en présence permettait d'aboutir à la conclusion que les intérêts publics à la bonne application des principes cardinaux des marchés publics, et en particulier à la bonne utilisation des deniers publics – à savoir que le marché puisse être remis en concurrence –, devaient l'emporter sur l'intérêt privé, purement économique, de la recourante au maintien de la décision d'adjudication. Il était encore précisé que la commune avait récemment découvert que la recourante faisait l'objet, au 19 février 2025, de 21 poursuites frappées d'opposition, pour un montant total de CHF 5'623'162.-, ce qui laissait craindre que la recourante ne puisse être en mesure de mener à bien le chantier en cause.

f. Dans sa réplique du 25 mars 2025, A______ a relevé qu'elle ne pouvait pas fournir un devis plus précis des coûts en phases 3.31 et 3.32 SIA. Selon les normes SIA, la phase 31 prévoyait que l'estimation des coûts comprenait une marge d'erreur de ± 15% et les phases 32 et 33 une marge d'erreur de ± 10%. Lors de la séance de présentation du devis général V1 du 4 octobre 2024, la commune avait demandé à A______ d'ajouter les prestations suivantes : les frais d'énergie, une kitchenette supplémentaire, un contrôle d'accès et des armoires supplémentaires. Lors de celle du devis général V2 du 6 novembre 2024, la commune lui avait encore demandé d'ajouter les prestations suivantes : les coûts d'étude du premier projet des pavillons provisoires, le nettoyage des réseaux de chauffage/ventilation et la rénovation d'un bloc sanitaire supplémentaire de l'aile Jura.

Le 15 décembre 2023, A______ lui avait communiqué en toute transparence un tableau récapitulatif des poursuites intentées à son encontre, toutes frappées d'opposition mais la commune avait tout de même souhaité aller de l'avant avec elle.

La commune ne pouvait pas justifier la révocation de la décision d'adjudication en se fondant sur l'évolution financière du projet et l'étude F______ prévoyait expressément une marge d'erreur de ± 25% dans son estimation, de sorte que les projections financières faites par A______ se situaient dans une moyenne acceptable. Il convenait de toute manière de prendre en considération la mauvaise gestion de ce projet par la commune et son comportement contradictoire et contraire à la bonne foi. Elle portait en effet également une part de responsabilité en tant qu'elle avait manqué à ses obligations relatives à l'appel d'offres puisque le projet d'A______, parfaitement conforme aux exigences dudit appel d'offres, avait été rejeté par la CA.

Par ailleurs, elle avait tardé à révoquer la décision d'adjudication – si elle reposait réellement sur le motif de l'augmentation des coûts – dès lors qu'elle avait déjà pu prendre conscience dès le 14 juillet 2022 de l'ampleur du travail nécessaire à l'élaboration d'un second projet et des coûts qui seraient de facto engendrés. Enfin et en toute hypothèse, les intérêts s'opposant à la révocation de l'adjudication prévalaient, afin que la population puisse bénéficier dans les meilleurs délais de cette école et qu'elle ne doive pas supporter les frais occasionnés par une révocation infondée.

g. Le 9 avril 2025, la commune a déposé une duplique spontanée.

h. Sur ce, les parties ont été informées que la cause était gardée à juger.

1.             Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ ‑ E 2 05 ; art. 15 al. 1^bis let. e et al. 2 de l’accord intercantonal sur les marchés publics du 25 novembre 1994 - AIMP - L 6 05 ; art. 3 al. 1 de la loi autorisant le Conseil d’État à adhérer à l’accord intercantonal sur les marchés publics du 12 juin 1997 - L-AIMP - L 6 05.0 ; art. 55 let. e et 56 al. 1 RMP).

2.             La recourante requiert l'audition de son directeur, G______, de H______, employé en charge du dossier, et de I______, administrateur président de la société E______. Leur audition attesterait qu'elle avait en toute transparence communiqué à la commune un tableau récapitulatif des poursuites intentées à son encontre mais que cette dernière avait toutefois souhaité aller de l'avant, qu'il était usuel dans le domaine de la construction que les maîtres d'ouvrage intentent des poursuites à l'encontre des entreprises pour des prétentions découlant du service après-vente, qu'elle s'était appliquée à répondre aux exigences de la commune et à suggérer plusieurs variantes durant l'étude de ce projet, en mettant notamment en place une équipe afin de pouvoir débuter en janvier 2025 comme le souhaitait la commune, et que les représentants de la commune en charge d'effectuer les études préliminaires étaient des personnes expérimentées dans ce domaine.