Skip to main content

Décisions | Tribunal administratif de première instance

1 resultats
A/1287/2024

JTAPI/142/2025 du 06.02.2025 ( LCI ) , REJETE

REJETE par ATA/898/2025

En fait
En droit
Par ces motifs
RÉPUBLIQUE ET CANTON DE GENÈVE

POUVOIR JUDICIAIRE

A/1287/2024 LCI

JTAPI/142/2025

 

JUGEMENT

DU TRIBUNAL ADMINISTRATIF

DE PREMIÈRE INSTANCE

du 6 février 2025

 

dans la cause

 

Monsieur A______, représenté par Me Jean-François MARTI, avocat, avec élection de domicile

 

contre

DÉPARTEMENT DU TERRITOIRE-OAC

 


EN FAIT

1.             Monsieur A______ est propriétaire des parcelles nos 2______ et 3______ de la commune de ______[GE] (ci-après : la commune), sises en zone agricole et dans le périmètre protégé par le plan de site "B______, 1______" adopté par le Conseil d'Etat le ______ 2017 (ci-après : plan de site) et dans le périmètre de protection générale et aménagement des rives de la ______[GE].

2.             Deux bâtiments d'habitation, respectivement de 111m2 et 115m2 où vit M. A______, sont érigés sur la parcelle n° 2______ de la commune. Ils sont recensés au recensement architectural du canton de Genève (ci-après : RAC) avec la valeur "intéressant".

3.             En 2013, M. A______ a effectué des travaux sur lesdits bâtiments, notamment la réalisation d'un couvert au-dessus d'une terrasse, de deux avant-toits le long de la façade ouest et de cinq châssis de toiture en lieu et place de deux lucarnes, sans requérir d'autorisation de construire.

4.             Le ______ 2013, M. A______ a déposé une demande d'autorisation de construire portant sur la rénovation de la toiture et d'un logement d'une villa existante ainsi que la transformation de deux couverts sur terrasses et jours en toiture, auprès du département du territoire (ci-après : le département), afin de régulariser la situation, enregistrée sous n° DD 4______.

5.             Dans le cadre de l'instruction du dossier, les préavis usuels ont été requis et rendus dont :

-          Le 29 juin 2013, l'office de l'urbanisme (ci-après : OU) a préavisé favorablement sous réserve de la dérogation prévue à l'art. 27C de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT - L 1 30) et sollicité divers plans et documents ;

-          Le 5 juillet 2013, le service de la planification des eaux (ci-après : SPE) a préavisé défavorablement, la construction projetée se trouvant à moins de 30 m du canal du ______, soit de la surface inconstructible selon l'art. 15 al. 1 de la loi genevoise sur les eaux (L 2 05) et dans l'espace réservé aux eaux selon l'art. 36a de la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux - RS 814.20). Aucune dérogation ne pouvait être octroyée dans le cas de ce dossier ;

-          Le 15 juillet 2013, l'office du génie civil (ci-après : DGGC) a préavisé favorablement sous réserve de la requête en permission de fouille, travaux divers ou détention d'installation sous le domaine public cantonal ;

-          Le 29 juillet 2013, la commune a réservé son préavis jusqu'à l'entrée en vigueur du plan de site ;

-          Le 19 août 2013, le service des monuments et des sites (ci-après : SMS) a rendu un préavis défavorable estimant que les travaux effectués étaient contraires au but général du plan de site en cours visant la protection des qualités architecturales et paysagères des lieudits de ______ [GE] et ______ [GE] ;

-          Le 21 août 2013, la commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après : CMNS) a rendu un préavis défavorable. Les transformations déjà exécutées étaient contraires à l'application de la LaLAT et au but général du plan de site en cours sur ce secteur. Dès lors, elle demandait la démolition des nouveaux couverts de terrasse et la suppression de tous les châssis de toiture réalisés en lieu et place de l'ancienne lucarne. Au vu de l'importance de l'atteinte patrimoniale au bâtiment qui a valeur d'inscription à l'inventaire, la CMNS demandait aux services concernés de prendre les mesures administratives les plus sévères afin que ce type d'opération ne se reproduise pas ;

-          Le 27 août 2013, la direction générale de la nature et du paysage (ci-après : DGAN) a préavisé favorablement à une dérogation au sens de l'art. 11 al. 2 let. b de la loi cantonale sur les forêts (M 5______), sous réserve de prendre toutes les mesures utiles, lors du chantier, afin de conserver valablement la végétation située à proximité des travaux. Aucun décaissement ne devait être effectué dans le domaine vital (aplomb de la couronne, plus 1 m) de l'arbre proche de la réalisation projetée ;

-          Le 8 octobre 2013, le SPE a préavisé favorablement avec dérogation pour agrandissement mesuré selon les art. 15 al. 6 et 41c al. 2 LEaux vu que les terrasses ne dérangeaient pas le fonctionnement du cours d'eau ;

-          Le 6 juillet 2018, la commission consultative de la diversité biologique a préavisé favorablement avec dérogation de l'art. 11 al. 2 let. b de la loi cantonale sur les forêts (M 5______) ;

-          Le 9 juillet 2018, le service des procédures/préavis et de l'information (ci-après : SPI) a préavisé défavorablement vu que la parcelle faisait l'objet d'une protection générale et aménagement des rives de la ______, qu'elle se trouvait dans le périmètre du plan de site en phase de finalisation et que les conditions relatives aux extensions extérieures aux bâtiments au profit d'une garantie de la situation acquise selon les art. 24c al. 4 de la loi fédérale sur l’aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT - RS 700) et 42 al. 3 de l'ordonnance sur l’aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT - RS 700.1) n'étaient pas réunies. Le projet ne pouvait pas bénéficier d'une dérogation selon l'art. 24c LAT ;

-          Le 11 juillet 2018, la DGGC a préavisé favorablement sous les mêmes conditions que mentionnées dans son préavis du 15 juillet 2013 ;

-          Le 11 juillet 2018, la DGAN a préavisé favorablement avec la même dérogation et les mêmes conditions que dans son préavis du 27 août 2013 ;

-          Les 17 juillet 2018 et 22 février 2021, le SMS a sollicité des compléments ;

-          Le 30 juillet 2018, le SPE a préavisé favorablement avec la même dérogation que mentionnée dans son préavis du 8 octobre 2013 ;

-          Le 10 décembre 2020, la commune s'en est remise au préavis de l'Etat constatant que les travaux avaient déjà été réalisés ;

-          Le 10 mars 2021, l'OU a préavisé favorablement avec dérogation conformément à son préavis du 29 juin 2013 ;

-          Le 28 mars 2023, le SMS a préavisé défavorablement, la situation existante n'étant pas conforme aux bases légales en vigueur soit l'art. 15 LEaux, l'art. 11 de la loi sur les forêts du 20 mai 1999 (LForêts - M 5______) et l'art. 6 du règlement du plan de site. Le projet était situé dans le périmètre du plan de site et dans le périmètre de protection générale et aménagement des rives de la ______. Les bâtiments étaient considérés comme "intéressants" dans le cadre du nouveau recensement architectural cantonal ;

-          Le 11 juillet 2023, la CMNS a préavisé défavorablement. Le projet était situé dans le périmètre du plan de site et dans le périmètre de protection générale et aménagement des rives de la ______. Les bâtiments étaient considérés comme "intéressants" dans le cadre du nouveau recensement architectural cantonal. S'agissant de la rénovation de la toiture, si elle ne remettait pas en question la nouvelle ouverture en tuile plate, elle estimait que la présence de ces châssis de toiture (quatre sur le pan nord), n'était pas du tout adaptée aux qualités de ce bâtiment ancien. Une telle intervention était contraire à l'art. 4 al. 2 du règlement du plan de site. Concernant la transformation terrasse, ces interventions (toitures, muret), se trouvaient dans une surface destinée à rester libre de construction. Elle considérait que l'emprise importante des nouvelles toitures ainsi que l'imbrication de leur volumétrie portait atteinte au bâtiment principal et au site en général. Ces éléments étaient contraires aux art. 4 et 6 du règlement du plan de site et ne semblaient pas conformes aux art. 15 LEaux et 11 Lforêt.

Les autres préavis étaient favorables pour autant que les entités aient été concernées.

6.             Par décision du ______ 2024, le département a refusé l'autorisation sollicitée.

Le projet n'était pas conforme aux art. 16a et 24c LAT, 34 OAT, 20 et 27C LaLAT, 15 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI - L 5 05) ainsi que 1, 4 et 6 du règlement du plan de site.

La demande portait sur la tentative de régularisation des modifications apportées au bâtiment existant et l'édification de nouvelles constructions, le tout réalisé en infraction sur les parcelles nos 2______ et 3______ de la commune. Ces parcelles se situaient en zone agricole, dans le périmètre du plan de site, à moins de 30 m du canal du ______, soit dans la surface inconstructible. Les éléments dont la régularisation étaient demandés se trouvaient, en outre, à moins de 20 m de la lisière forestière.

Faisant sien le préavis de la CMNS du 11 juillet 2023, le département considérait que le projet contrevenait non seulement largement au plan de site mais nuisait également à l'esthétique et à l'harmonie du quartier (art. 15 LCI). Par ailleurs, il apparaissait que les couverts réalisés n'étaient pas conformes à la zone agricole dans laquelle il s'inscrivait. Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment n'étaient pas nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles, ni ne constituaient un assainissement énergétique, ni ne visaient une meilleure intégration de la construction existante dans le paysage. Vu ce qui précédait, la conformité du projet aux art. 11 LForêts et 15 LEaux n'avaient pas été analysés.

7.             Le même jour, le département ordonnait que les constructions et installations soient rétablies en situation conforme au droit d'ici au 30 août 2024.

8.             Par acte du 15 avril 2024, sous la plume de son conseil, M. A______ a formé recours contre la décision du ______ 2024 auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : le tribunal), concluant principalement à son annulation et à ce que soit dit que l'ordre de remise en état du 27 février 2024 est suspendu, subsidiairement à son annulation, à ce que soit dit que l'ordre de remise en état du 27 février 2024 est suspendu et au renvoi de la cause au département pour nouvelle décision au sens des considérants, le tout sous suite de frais et dépens. Préalablement, il a sollicité un transport sur place.

L'art. 13B LaLAt et le principe de la bonne foi étaient violés. Il s'était écoulé onze ans entre le dépôt d'autorisation DD 4______ et la décision de refus du ______ 2024. Durant ces années, le département était resté inactif sans mener d'instruction ni attendre de détermination de sa part. Il ne l'avait pas avisé d'un délai dans lequel il entendait rendre sa décision ni donné d'explication permettant de justifier la suspension du délai de décision violant ainsi l'art. 4 LCI. A contrario, il avait répondu à toutes les sollicitations qu'on lui avait adressées et ce retard ne pouvait lui être imputé. Dans la mesure où il avait déjà effectué les travaux, il ne pouvait plus interpeller le département au sens de l'art. 4 al. 4 LCI. Pour cette raison, la décision devait être annulée. La décision litigieuse retenait des violations des art. 4 et 6 du règlement du plan de site en reprenant les préavis de la CMNS et du SMS datant de juillet et août 2013 alors que le plan de site était tout juste au stade de projet. Le département aurait dû refuser l'autorisation sur la base de l'art. 13B LaLAT. S'il avait suivi la procédure de refus conservatoire régulièrement et de manière conforme à la bonne foi, le délai de deux ans entre le refus et l'adoption du plan de site en 2017, aurait été largement dépassé et il aurait pu reprendre la disposition de son terrain. Cet écoulement du temps était d'autant plus choquant que le SPI avait rendu un préavis favorable en 2013 et un autre défavorable en 2018. Le comportement du département, lequel avait dans les faits, souhaité lui opposer un refus conservatoire sans suivre les prescriptions légales, était contraire au droit et au principe de la bonne foi.

Les constructions litigeuses initiales (lucarnes et couvert de terrasse) étaient sises en zone agricole et n'étaient pas destinées à l'agriculture. Elles ont été autorisées le 22 novembre 1978, au bénéfice d'un arrêté du Conseil d'Etat. Les transformations opérées sur celles-ci en 2013 étaient nécessaires. Les velux servaient à assurer la présence de la lumière naturelle dans les pièces à l'étage sur le flanc nord et la terrasse répondait désormais aux normes de sécurité. Le remplacement des lucarnes autorisées par des velux était une modification extérieure mineure. Le régime dérogatoire avait été préconisé par plusieurs services, toutefois leurs préavis avaient été ignoré sans raison valable par le département. Les autres intérêts pouvant s'opposer aux modifications effectuées étaient celles découlant de la LForêts et la LEaux. Toutefois, les modifications apportées à la terrasse et la rénovation de la toiture devaient être considérées comme transformations. Or, la DGAN et la commission consultative de la diversité biologique avaient relevé que les intérêts de conservation de la forêt et de la végétation pouvaient être efficacement préservé dans le cadre des travaux entrepris par la prise de précautions utiles. Par ailleurs, les transformations apportées à la terrasse concernaient une construction dûment autorisée de sorte qu'elles pouvaient profiter du régime dérogatoire, tout comme les terrasses qui ne dérangeaient pas le fonctionnement du cours d'eau. Il peinait à comprendre pour quelles raisons le département avait accordé plus de poids au préavis non motivé de la CMNS qu'à plusieurs préavis motivant de manière précise les raisons d'accorder une dérogation. Il disposait dès lors d'un droit à l'obtention d'une dérogation puisque les conditions des art. 24c LAT et 27C LaLAT étaient réalisées.

L'art. 15 LCI avait été violé. Le département estimait que son projet nuisait à l'esthétique et à l'harmonie du quartier sans expliquer ses propos. Par ailleurs, cela était erroné puisque nombre de bâtisses environnantes (sises à moins de 200 m) disposaient d'un velux. Dès lors, la présence de quatre velux sur son immeuble ne pouvait pas nuire à l'esthétique du quartier. Quant au couvert à terrasse, il avait été dûment autorisé en 1978 et rénové pour correspondre à l'esthétique des lieux.

L'ordre de remise en état au 30 août 2024 était également contesté et aussi longtemps que durait la présente procédure, il devait être suspendu. S'il devait être confirmé, il contestait qu'une fois les constructions démolies, leurs emplacements devaient être à nouveau aptes à être exploités pour l'agriculture puisque les couverts précédents, lesquels ne servaient aucune activité agricole, avaient été autorisés en 1978.

9.             Dans ses observations du 18 juin 2024, le département a conclu au rejet du recours, sous suite de frais et au rejet de la réquisition de preuve.

Certes, l'instruction du dossier avait duré un certain temps. Cela étant, en déposant une autorisation de construire pour régulariser des travaux déjà réalisés, le recourant avait placé le département devant le fait accompli. Sa critique était donc curieuse dans la mesure où il avait bénéficié et profité un long laps de temps du statu quo dans lequel il avait placé l'autorité. En tout état, il avait tout loisir de mettre l'autorité en demeure de rendre une décision, ce qu'il n'avait pas fait et une prétendue violation de l'art. 4 al. 1 LCI ne permettait pas d'en déduire une annulation d'une décision de refus. Le recourant avançait qu'il aurait dû prononcer un refus conservatoire sur la base de l'art. 13B LaLAT puisqu'il estimait que les travaux réalisés étaient contraires au plan de site en cours d'adoption et au vu des premiers préavis du SMS et de la CMNS de 2013. Or, la loi applicable était celle en vigueur au moment où statue la dernière instance saisie du litige. Son refus était dès lors fondé, à juste titre, sur le plan de site en vigueur au moment où la décision litigieuse avait été rendue. Aucune violation du principe de la bonne foi ne pouvait être retenue, les conditions n'étant pas remplies et le recourant étant resté inactif face à la durée de l'instruction de la requête.

Le recourant ne pouvait être suivi lorsqu'il avançait avoir droit à une dérogation au sens des art. 24c LAT et 27C LaLAT. Il ressortait des plans que les couverts réalisés n'étaient pas conforme à la zone agricole dans laquelle ils s'inscrivaient. Les conditions des art. 24c LAT et 27C LaLAT n'étaient pas respectées puisque les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment n'étaient ni nécessaires ni destinées à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles, ni ne constituaient un assainissement énergétique, ni ne visaient une meilleure intégration de la construction existante dans le paysage. Par ailleurs, au vu de leur taille, bien plus importante que les couverts existants à l'origine, la condition de l'identité de la construction faisait défaut. S'agissant des travaux en toiture, les instances spécialisées avaient estimé que ceux-ci ne pouvaient être qualifiés de minime de sorte que la condition de l'identité faisait également défaut. Concernant les préavis favorables cités par le recourant, ceux-ci ne liaient pas le département et n'avaient qu'un caractère consultatif. En l'occurrence, il existait un intérêt indéniable visant à la protection patrimoniale du site, tel que mentionné dans les préavis du SMS et de la CMNS, ce qui justifiait à lui seul le refus contesté. C'était donc à juste titre qu'il avait, face à la protection patrimoniale du site, écarté les préavis de l'OU et de l'OCAN.

Vu l'emplacement du projet à l'intérieur du plan de site, la CMNS était compétente pour analyser la clause d'esthétique prévue à l'art. 15 LCI. Cette instance avait notamment relevé que les travaux effectués étaient contraires au but général du plan de site et nuisaient aux qualités architecturales et paysagères de celui-ci. La clause d'esthétique et l'environnement protégé dans lequel se trouvait le projet avaient été dûment analysés par l'instance spécialisée en matière d'esthétique. Ainsi, l'art. 15 LCI n'avait pas été violé.

Le recours portait uniquement sur le refus de délivrer l'autorisation de construire DD 4______ et non pas sur l'ordre de remise en état qui était une décision séparée et contre laquelle le recourant n'avait pas formé recours. L'ordre de remise en état était donc entré en force et exécutoire. Le mécanisme de l'effet suspensif au recours ne pouvait donc s'appliquer à l'ordre de remise en état non querellé.

10.         Le recourant a répliqué le 18 juillet 2024.

Le département n'alléguait aucune justification quant à l'absence de prononcé conservatoire. Or, il perdait de vue que les dispositions prévoyant le refus conservatoire étaient précisément érigées pour qu'une situation soit jugée à la lumière du droit prochainement applicable pour autant que celui-ci entre en vigueur dans un délai de deux ans. Par ailleurs, la règle selon laquelle les autorités appliquent le droit en vigueur souffrait d'exceptions tenant à la protection de la bonne foi ou au retard injustifié. Dans un tel cas, il se justifiait d'appliquer l'ancien droit (ATA/1______ du ______ 2014). Compte tenu de l'écoulement du temps que rien ne justifiait, le département ne pouvait justifier l'application du plan de site qui lui était défavorable. Au contraire, la cause devait être jugée à la lumière du droit en vigueur au moment du dépôt de l'autorisation de construire, qui ne s'opposait pas à autoriser les constructions litigeuses puisque le seul argument du département était en lien avec le plan de site qui n'était pas en vigueur à l'époque.

Il ressortait des plans que les couverts à terrasse s'intégraient désormais de manière adéquate au corps principal de la maison. Le département relevait dans ses observations que les instances spécialisées avaient estimé que les travaux de toiture ne pouvaient être qualifiés de minimes. Or, seul le SMS s'était déterminé à cet égard. Toutefois, il ne s'était pas prononcé sur la taille des travaux en toiture mais avait simplement souligné que la présence des châssis de toiture sur le pan nord n'était pas adaptée aux qualités du bâtiment ancien. Or, celui-ci ne disposait d'aucune qualité, étant presque en ruine lorsqu'il l'avait acquis et entamé les rénovations. En tout état, le prévis du SMS n'avait qu'un caractère consultatif qui pouvait aisément ne pas être pris en considération par le département. Ce dernier estimait qu'il existait un intérêt indéniable à la protection patrimoniale du site. Or, le bâtiment litigieux ne faisait pas l'objet de mesures de protection et n'était pas inscrit à l'inventaire. Finalement, le département estimait que les développements relatifs aux dérogations prévues par la LForêts et la LEaux n'étaient pas pertinents car ils n'auraient pas été pris en compte. Or, la décision querellée mentionnait que tant le SMS que la CMNS avaient relevé la non-conformité du projet à ces deux lois. Il était dès lors patent que ces éléments avaient été pris en considération par l'autorité intimée sans être analysés.

Le département, reprenant les termes de la CMNS, retenait que l'emprise importante des nouvelles toitures et l'imprécation de leur volumétrie portaient atteinte au bâtiment principal et au site en général. Or, les chiens couchés de l'époque avaient été remplacés par des velux en 1978. Il était de notoriété publique que les chiens couchés étaient bien plus volumineux que de simples velux s'intégrant dans la toiture. En tout état, compte tenu de son état avant les travaux, le bâtiment ne revêtait pas de qualités particulières à conserver et les fenêtres n'étaient pas un élément ancien à préserver.

11.         Dans sa duplique du 19 août 2024, le département a persisté dans ses conclusions et son argumentaire.

La jurisprudence mentionnée par le recourant concernait un cas où, comme en l'espèce, les conditions pour déroger au principe d'application du droit en vigueur au moment où l'autorité statue n'étaient pas réunies en raison de la présence d'un intérêt public important, soit la protection du patrimoine. Il avait analysé les conditions des art. 24c et 27 LAT tant durant l'instruction que dans ses observations du 18 juin 2024. Le fait que le bâtiment ne serait pas mis à l'inventaire en tant que tel, n'enlevait rien à l'intérêt de protection du patrimoine au vu du fait qu'il était inclus dans le plan de site.

12.         Le détail des écritures et des pièces produites sera repris dans la partie « En droit » en tant que de besoin.

EN DROIT

1.             Le Tribunal administratif de première instance connaît des recours dirigés, comme en l’espèce, contre les décisions prises par le département en application de la LCI (art. 115 al. 2 et 116 al. 1 de la loi sur l’organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 143 et 145 al. 1 LCI).

2.             Interjeté en temps utile et dans les formes prescrites devant la juridiction compétente, le recours est recevable au sens des art. 60 et 62 à 65 de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA - E 5 10).

3.             Selon l’art. 61 al. 1 LPA, le recours peut être formé pour violation du droit, y compris l’excès et l’abus du pouvoir d’appréciation (let. a), ou pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b). En revanche, les juridictions administratives n’ont pas compétence pour apprécier l’opportunité de la décision attaquée, sauf exception prévue par la loi (art. 61 al. 2 LPA), non réalisée en l’espèce.

4.             Il y a en particulier abus du pouvoir d'appréciation lorsque l'autorité se fonde sur des considérations qui manquent de pertinence et sont étrangères au but visé par les dispositions légales applicables, ou lorsqu'elle viole des principes généraux du droit tels que l'interdiction de l'arbitraire et de l'inégalité de traitement, le principe de la bonne foi et le principe de la proportionnalité (ATF 143 III 140 consid. 4.1.3 ; 140 I 257 consid. 6.3.1 ; 137 V 71 consid. 5.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 8C_763/2017 du 30 octobre 2018 consid. 4.2 ; Thierry TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2018, n. 515 p. 179).

5.             Saisi d’un recours, le tribunal applique le droit d’office. Il ne peut pas aller au-delà des conclusions des parties, mais n’est lié ni par les motifs invoqués par celles-ci (art. 69 al. 1 LPA), ni par leur argumentation juridique (cf. ATA/386/2018 du 24 avril 2018 consid. 1b ; ATA/117/2016 du 9 février 2016 consid. 2 ; ATA/723/2015 du 14 juillet 2015 consid. 4a).

6.             À titre préalable, il convient de traiter la conclusion du recourant tendant à ce qu'il soit dit que l'ordre de remise en état du 27 février 2024 est suspendu.

7.             S’agissant de l’objet du litige, il est principalement défini par l’objet du recours (ou objet de la contestation) et les conclusions du recourant et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu’il invoque. L’objet du litige correspond objectivement à l’objet de la décision attaquée (ATF 136 V 362 consid. 3.4 et 4.2 ; ATA/353/2023 du 4 avril 2023 consid. 2.1), qui délimite son cadre matériel admissible.

8.             En vertu du principe de l’unité de la procédure, la contestation ne peut excéder l’objet de la décision attaquée, c’est-à-dire les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l’autorité inférieure s’est prononcée ou aurait dû se prononcer. L’objet d’une procédure administrative ne peut donc pas s’étendre ou qualitativement se modifier au fil des instances, mais peut tout au plus se réduire, dans la mesure où certains éléments de la décision attaquée ne sont plus contestés. Ainsi, si un recourant est libre de contester tout ou partie de la décision attaquée, il ne peut pas prendre, dans son mémoire de recours, des conclusions qui sortent du cadre des questions traitées dans la procédure antérieure (ATA/85/2022 du 1er février 2022 consid. 3a ; ATA/376/ 2016 du 3 mai 2016 consid. 2b et les références citées).

9.             En l’occurrence, la décision contestée, qui fait l’objet du présent recours et qui définit le cadre du litige, se détermine sur la demande d'autorisation de construire déposée le ______2013 par le recourant et non sur la remise en état ordonnée le 27 février 2024 faisant l'objet d'une décision séparée et non contestée.

10.         Dès lors, la conclusion tendant à ce qu'il soit dit que l'ordre de remise en état du 27 février 2024 est suspendu sera déclarée irrecevable puisqu’elle porte sur une question qui ne fait pas l’objet du litige.

11.         Préalablement, le recourant sollicite un transport sur place.

12.         Selon l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101), les parties ont le droit d'être entendues. Ce droit est une garantie de nature formelle, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (ATF 144 I 11 consid. 5.3 p. 17; 137 I 195 consid. 2.2 p. 197). Le droit d’être entendu comprend notamment le droit pour l’intéressé d’offrir des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d’obtenir qu’il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l’administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s’exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 148 II 73 consid. 7.3.1; 145 I 167 consid. 4.1; 142 III 48 consid. 4.1.1).

13.         Le droit de faire administrer des preuves n’empêche cependant pas le juge de renoncer à l’administration de certaines preuves offertes et de procéder à une appréciation anticipée de ces dernières, en particulier s’il acquiert la certitude que celles-ci ne l’amèneront pas à modifier son opinion ou si le fait à établir résulte déjà des constatations ressortant du dossier (ATF 145 I 167 consid. 4.1 ; ATA/1257/2024 du 28 octobre 2024 consid. 2.1 ; ATA 1181/2024 du 8 octobre 2024 consid. 2.1). Ce refus d’instruire ne viole le droit d’être entendu des parties que si l’appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d’arbitraire (ATF 145 I 167 consid. 4.1 ; 140 I 285 consid. 6.3.1 et les arrêts cités ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_359/2022 du 20 avril 2023 consid. 3.1 et les références citées). Le droit d’être entendu ne contient pas non plus d’obligation de discuter tous les griefs et moyens de preuve du recourant ; il suffit que le juge discute ceux qui sont pertinents pour l’issue du litige (ATF 141 III 28 consid. 3.2.4 ; ATA/1073/2024 du 10 septembre 2024, consid. 2.1).

14.         Enfin, le droit d’être entendu ne comprend pas le droit d’être entendu oralement ni celui d’entendre des témoins (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_372/2021 du 26 janvier 2023 consid. 2.3; ATA/1021/2024 du 27 octobre 2024 consid. 4.1 ; ATA/1327/2024 du 12 novembre 2024, consid. 2.1) ni à la tenue d’une inspection locale, en l’absence d’une disposition cantonale qui imposerait une telle mesure d’instruction, ce qui n’est pas le cas à Genève (ATF 120 Ib 224 consid. 2b ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_243/2013 du 27 septembre 2013 consid. 3.2.1).

15.         En l'espèce, le tribunal estime disposer d’un dossier complet lui permettant de trancher le présent litige en toute connaissance de cause dans la mesure où les plans et les documents versés au dossier, notamment les photographies des lieux, ainsi que la consultation des données librement accessibles sur le SITG permettent de visualiser les travaux litigieux et le périmètre dans lequel ils s’insèrent. Un transport sur place ayant pour objet les mêmes éléments, il ne fournirait aucune information supplémentaire.

16.         Partant, il n’y a pas lieu de procéder à la mesure d’instruction requise, celle-ci n’étant au demeurant pas obligatoire.

17.         Le recourant soulève la question du droit applicable.

18.         Conformément aux principes généraux du droit intertemporel, lorsqu'un changement de droit intervient au cours d'une procédure administrative contentieuse ou non contentieuse, la question de savoir si le cas doit être tranché sous l'angle du nouveau ou de l'ancien droit se pose. En l'absence de dispositions transitoires, s'il s'agit de tirer les conséquences juridiques d'un événement passé constituant le fondement de la naissance d'un droit ou d'une obligation, le droit applicable est celui en vigueur au moment dudit événement. Dès lors, en cas de changement de règles de droit, la législation applicable reste en principe celle qui était en vigueur lors de la réalisation de l'état de fait qui doit être apprécié juridiquement ou qui a des conséquences juridiques (ATA/659/2023 du 20 juin 2023 consid. 3.1 et les références citées).

19.         En ce qui concerne les autorisations faisant suite à une requête, le droit applicable est en principe celui qui est en vigueur au moment où la décision est prise. Dès lors que cette décision vise à régler un comportement futur, il n’y a pas de raison, en tout cas sous l’angle de l’intérêt public, de ne pas appliquer le droit en vigueur au moment où la légalité de ce comportement se pose (ATF 139 II 243, consid. 11 ; 139 II 263 consid. 6 ; ATA/1232/2022 du 6 décembre 2022 consid. 9 ; Thierry TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2ème éd. 2018, p. 140 n. 410 et la jurisprudence citée).

20.         Quant à l'autorité judiciaire de recours, elle doit en principe trancher le cas selon le droit en vigueur au moment du prononcé de la décision attaquée, sauf si un intérêt public important, notamment des motifs d'ordre public, justifie une application immédiate du nouveau droit entré en vigueur dans l'intervalle (Arrêt du Tribunal fédéral 1P_421/2006 du 15 mai 2007 consid. 3.4.3 ; Thierry TANQUEREL, op. cit., p. 141 n. 412 et les références citées).

21.         Il faut néanmoins réserver l’application du principe de la bonne foi, lorsque l’autorité retarde volontairement l’instruction d’un dossier ou lorsque cette instruction, sans la faute de l’administré, prend plus de temps qu’il ne serait raisonnablement nécessaire. Dans ce cas, si l’ancien droit, en vigueur au moment du dépôt de la demande, est plus favorable à l’administré, il devra être appliqué (ATF 139 II 263 consid. 8.2), à moins que l’ordre public ou un motif d’intérêt public très important n’impose l’application de la nouvelle règle (ATF 119 Ib 174 consid. 3 ; ATA/1232/2022 précité consid. 9 et la référence citée).

22.         L’autorité ne peut pas non plus retarder indûment sa décision afin de mettre elle‑même sur pied de nouvelles dispositions légales ou réglementaires. Un tel comportement doit être qualifié de contraire à la bonne foi et peut être constitutif d’un abus de droit et d’un déni de justice. L’administré pourra alors demander l’application de l’ancien droit à sa cause, sous réserve de l’existence d’un intérêt public prépondérant imposant une application de la nouvelle loi (Milena PIREK, L'application du droit public dans le temps : la question du changement de loi, 2018, n. 752 p. 324 s. ; ATA/1232/2022 précité consid. 9 et la référence citée).

23.         En l'espèce, l'autorisation sollicitée faisant suite à une requête du recourant, le droit applicable est en principe celui en vigueur au moment où la décision querellée a été prise, le 27 février 2024, soit à un moment où le plan de site avait déjà été adopté par le Conseil d'Etat. Dans la mesure où le SMS et la CMNS avaient tous deux d'ores et déjà pris en compte celui-ci dans leurs préavis défavorables de 2013, force est de constater que l'adoption formelle de ce dernier n'a rien changé à la situation du recourant, laquelle n'aurait pas été plus favorable si l'autorité intimée avait statué avant l'adoption dudit plan. En tout état et comme il sera examiné infra, le comportement de l'autorité intimée n'est pas constitutif d'un abus de droit et/ou d'un déni de justice, de sorte que, conformément à la jurisprudence précitée, le présent litige sera tranché selon le droit en vigueur au moment du prononcé de la décision attaquée.

24.         Le recourant se prévaut d'une violation du principe de la bonne foi et soutient que le département aurait dû faire usage du refus conservatoire prévu par l'art. 13B LaLAT, griefs qu'il y a lieu d'examiner conjointement.

25.         Valant pour l’ensemble de l’activité étatique, le principe de la bonne foi, exprimé aux art. 9 et 5 al. 3 Cst., exige que l’administration et les administrés se comportent réciproquement de manière loyale. En particulier, l’administration doit s’abstenir de toute attitude propre à tromper l’administré et elle ne saurait tirer aucun avantage des conséquences d’une incorrection ou insuffisance de sa part (ATF 138 I 49 consid. 8.3 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_596/2022 du 8 novembre 2022 consid. 8.1 ; 1C_341/2019 du 24 août 2020 consid. 7.1).

26.         Selon la jurisprudence, les assurances ou les renseignements erronés donnés par les autorités confèrent des droits aux justiciables lorsque les cinq conditions cumulatives suivantes sont remplies. Tout d’abord, une promesse concrète doit avoir été émise à l’égard d’une personne déterminée. Il faut ensuite que l’autorité ait agi dans le cadre et dans les limites de sa compétence, que la personne concernée n’ait pas été en mesure de se rendre compte immédiatement de l’inexactitude du renseignement fourni, qu’elle se soit fondée sur ce renseignement pour prendre des dispositions qu’elle ne peut ensuite modifier sans subir de préjudice et, enfin, que la réglementation n’ait pas subi de changement depuis le moment où la promesse a été faite (ATF 146 I 105 consid. 5.1.1 ; 143 V 341 consid. 5.2.1 ; 141 I 161 consid. 3.1 ; 141 V 530 consid. 6.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_204/2022 du 21 mars 2023 consid. 5.1).

27.         Ainsi, à certaines conditions, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu’il met dans les assurances reçues des autorités lorsqu’il a réglé sa conduite d’après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l’administration (ATF 143 V 95 consid. 3.6.2 ; 141 V 530 consid. 6.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_204/2022 du 21 mars 2023 consid. 5.1 ; 1C_626/ 2019 du 8 octobre 2020 consid. 3.1 ; 2C_136/2018 du 24 septembre 2018 consid. 3.2). Conformément au principe de la confiance, qui s’applique aux procédures administratives, les décisions, les déclarations et comportements de l’administration doivent recevoir le sens que l’administré pouvait raisonnablement leur attribuer en fonction des circonstances qu’il connaissait ou aurait dû connaître (arrêt du Tribunal fédéral 2P.170/2004 du 14 octobre 2004 consid. 2.2.1 ; ATA/663/2023 du 20 juin 2023 consid. 3.9 ; Thierry TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2018, p. 193 s n. 569 s.).

28.         Le droit à la protection de la bonne foi peut également être invoqué en présence simplement d’un comportement de l’administration, notamment en cas de silence de l’autorité dans une situation de fait contraire au droit, pour autant que celui-ci soit susceptible d’éveiller chez l’administré une attente ou une espérance légitime (ATF 129 II 361 consid. 7.1 ; 129 I 161 consid. 4.1; arrêt du Tribunal fédéral 2C_458/2022 du 30 septembre 2022 consid. 4.1).

29.         La précision que l’attente ou l’espérance doit être « légitime » est une autre façon de dire que l’administré doit avoir eu des raisons sérieuses d’interpréter comme il l’a fait le comportement de l’administration et d’en tirer les conséquences qu’il en a tirées (ATF 134 I 199 consid. 1.3.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_458/2022 du 30 septembre 2022 consid. 4.1). Tel n’est notamment pas le cas s’il apparaît, au vu des circonstances, qu’il devait raisonnablement avoir des doutes sur la signification du comportement en cause et se renseigner à ce sujet auprès de l’autorité (ATF 134 I 199 consid. 1.3.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_138/2015 du 6 août 2015 consid. 5.1 ; ATA/591/2023 du 6 juin 2023 consid. 5.2).

30.         Le principe de la confiance est un élément à prendre en considération et non un facteur donnant en tant que tel naissance à un droit (ATA/663/2023 du 20 juin 2023 consid. 3.9 ; ATA/252/2018 du 20 mars 2018 consid. 8f ; Thierry TANQUEREL, op. cit., p. 193 n. 569 et les réf. citées). La protection de la bonne foi ne s'applique pas si l'intéressé connaissait l'inexactitude de l'indication ou aurait pu la connaître en consultant simplement les dispositions légales pertinentes (ATF 135 III 489 consid. 4.4 ; 134 I 199 consid. 1.3.1).

31.         Selon l'art. 13B LaLAT, lorsque l'adoption, la modification ou l'abrogation d'un plan d'affectation du sol paraît nécessaire, à l'effet de prévenir une construction qui serait de nature à compromettre des objectifs d'urbanisme ou la réalisation d'équipements publics, le département peut refuser une autorisation de construire sollicitée en vertu de l'art. 1 LCI (al. 1 1ère phr.). Il ne peut s'écouler plus de deux années entre la décision de refus et l'adoption, la modification ou l'abrogation d'un plan d'affectation du sol, la mise à l'enquête du projet devant intervenir dans les douze mois à compter de la décision de refus. À défaut, le propriétaire reprend la libre disposition de son terrain, dans les limites des lois ou plans d'affectation du sol en vigueur, soit, dans les zones de développement, selon les normes de la zone ordinaire ou selon le plan d'affectation spécial en force (al. 2). Le délai cité à l'al. 2 est suspendu en cas de recours contre une décision prise dans le cadre de la procédure d'adoption du plan d'affectation ; il en est de même en cas de référendum municipal ou cantonal (al. 4).

32.         Le refus conservatoire constitue une mesure provisionnelle individuelle tendant à protéger un processus de révision des plans d'affectation en paralysant l'application du plan en vigueur par l'effet anticipé du plan en gestation. La mesure assure le travail de révision contre les risques représentés par les projets de construction soumis à autorisation qui pourraient le menacer. Le refus vise à maintenir la liberté d'action de l'autorité chargée de l'établissement du plan d'affectation (ATA/146/2021 précité consid. 7b ; ATA/1087/2020 du 3 novembre 2020 consid. 4d ; ATA/231/2014 du 8 avril 2014 consid. 3b et 3c et les arrêts cités).

33.         L'art. 13B LaLAT ne suppose pas que le processus législatif soit déjà engagé. Il suffit, d'après le texte légal, qu'une modification du régime des zones paraisse nécessaire. Dès lors que cette nécessité est constatée, et sans qu'il soit besoin que les intentions se soient déjà concrétisées dans un texte, une intervention est possible sur la base du refus conservatoire (ATA/45/2008 précité consid. 4c). L'application de cette disposition ne nécessite pas l'existence d'un plan d'affectation, mais uniquement son projet lié à des objectifs d'urbanisme (ATA/45/2008 précité consid. 5a). Il suffit que la construction envisagée paraisse de nature à contrecarrer les objectifs visés (ATA/1087/2020 précité consid. 4d).

34.         L'art. 13B LaLAT accorde au département une grande marge d'appréciation que le juge ne peut revoir qu'en cas d'excès ou d'abus (art. 61 al. 2 LPA ; ATA/146/2021 précité consid. 7d et l'arrêt cité).

35.         En l'espèce, il n'est pas contesté que l'instruction de la demande d'autorisation de construire déposée le ______ 2013 a duré plus que de besoin. Cela étant et au vu des préavis défavorables rendus en août 2013 par le SMS et la CMNS et de celui du SPI du 9 juillet 2018, le recourant n'était aucunement légitimé à penser que les travaux réalisés sans droit avaient été ou seraient autorisés, bien au contraire. Vu les circonstances et conformément à la jurisprudence susvisée, le recourant aurait dû se renseigner auprès du département sur la suite donnée à sa requête, voire le mettre en demeure de statuer sous la menace d'un dépôt d'un recours pour déni de justice au sens de l'art. 62 al. 6 LPA, ce qu'il n'a pas fait. Dans ces conditions, si l'instruction du dossier a pris plus de temps qu'il n'en était raisonnablement nécessaire, cela est en partie dû à la faute du recourant, lequel, faut-il le rappeler, a déjà réalisé des travaux sans droit. Il en va de même s'agissant du refus conservatoire prévu à l'art. 13B LaLAT. Si le recourant pensait pouvoir en bénéficier – ce qui apparaîtrait curieux -, il lui appartenait de saisir le département afin qu'il refuse sa demande à ce titre, ce qu'il n'a pas fait. En tout état, le fait que le département n'ait pas rendu la mesure conservatoire prévue à l'art. 13B LaLAT, dans le large pouvoir d'appréciation que lui confère la loi, n'implique en aucun cas l'annulation de la décision querellée, étant rappelé que le délai de deux ans prévu à l'art. 13B al. 2 LaLAT n'a jamais commencé à courir puisqu'aucune décision n'a été rendue par l'autorité intimée.

36.         Partant, le département n'a ni violé le principe de la bonne foi ni l'art. 13B LaLAT et ces griefs seront écartés.

37.         Le recourant se prévaut de son droit à une dérogation au sens des art. 24c LAT et 27C LaLAT.

38.         Conformément à l’art. 24c LAT, hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l’affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise et leur rénovation peut être autorisée pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement (al. 2). Les modifications apportées à l’aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d’habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage (al. 4). Dans tous les cas, les exigences majeures de l’aménagement du territoire doivent être remplies (al. 5). L’art. 41 al. 1 OAT limite l’application de cette disposition aux constructions et installations qui ont été érigées ou transformées avant l’attribution d’un bien-fonds à un territoire non constructible au sens de l’ancien droit fédéral, soit en premier lieu avant le 1er juillet 1972 (ATF 129 II 396 consid. 4.2.1).

39.         Selon l’art. 27C LaLAT, lequel traite des « Constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et devenues non conformes à l’affectation de la zone », le département peut autoriser la rénovation, la transformation partielle, l’agrandissement mesuré ou la reconstruction de constructions ou installations qui ont été érigées ou transformées conformément au droit matériel en vigueur à l’époque, mais qui sont devenues contraires à l’affectation de la zone à la suite d’une modification de la législation ou des plans d’affectation du sol, dans les limites des art. 24c et 37a LAT et 41 à 43 OAT et aux conditions fixées par ces dispositions (al. 1). Les constructions visées à l’art. 43 OAT sont régies par les normes de la 4e zone. Les autres constructions existantes sont régies par les normes de la 5e zone (al. 2).

40.         Les art. 41 et 42 OAT précisent le champ d’application de l’art. 24c LAT et les modifications apportées aux constructions et installations érigées selon l’ancien droit.

41.         Selon l'art. 3 du plan de site, les caractéristiques du site, marqué par la qualité d'intégration des bâtiments au paysage ainsi que par l'ouverture des espaces doivent être préservées. Cette prescription vise en particulier les bâtiments dans leurs principes architecturaux, ainsi que les aménagements extérieurs et notamment le gabarit, le volume, la typologie, les matériaux et les teintes ; la continuité et la perméabilité des cheminements piétonniers ; la végétation, l'arborisation, les vergers et les haies ; la qualité et la substance des revêtements de sols ; la totalité des objets liés au patrimoine hydraulique (ch. 1). Tous travaux effectués dans le but d'assurer le confort des habitants, d'améliorer l'isolation thermique et de réaliser des économies d'énergie doivent faire l'objet d'une étude préalable menée en coordination avec les services compétents, de manière à respecter à la fois le caractère architectural des bâtiments et les dispositions applicables en matière de loi sur l'énergie ainsi que de protection des personnes et des biens contre les dangers dus aux crues, pour autant que cela n'entre pas en contradiction avec la protection du patrimoine (ch. 2). Tous travaux portant atteinte à la substance architecturale des bâtiments ainsi qu'à la qualité des aménagements extérieurs et exécutés sans autorisation peuvent donner lieu à une demande de restitution de l'état antérieur (ch. 3).

42.         Conformément à l'art. 4 du plan de site, celui-ci désigne les bâtiments maintenus en raison de leur qualité architecturale, historique et de leur appartenance à un ensemble digne d'intérêt. Les éléments dignes de protection doivent être sauvegardés; il en va ainsi de l'aspect des façades, du profil des toitures, des structures et du décor intérieur (ch. 1). En cas d'aménagement des combles, les prises de jour supplémentaires ne peuvent être autorisées que si elles ne portent pas atteinte à l'architecture des toitures (ch. 2). Les travaux d'entretien ou les transformations nécessaires à un changement d'affectation des bâtiments maintenus peuvent être entrepris dans le respect des principes architecturaux et paysagers décrits à l'article 3 (ch. 3). Aux abords des bâtiments maintenus, les places de stationnement pour les véhicules à moteur doivent être établies sur fonds privés à raison de deux places au maximum par logement (visiteurs compris). Les places de stationnement ainsi que les accès situés sur fonds privés doivent respecter la matérialité perméable des sols préexistante. Le cas échéant, un revêtement perméable sera exigé lors de toute requête en autorisation de construire (ch. 4). Toute demande d'autorisation de construire portant sur des travaux susceptibles de modifier les typologies, les éléments de construction, les matériaux des bâtiments maintenus ou les accès et les stationnements des véhicules doit être accompagnée d'une étude d'ensemble comprenant des relevés et des photos de l'état existant et d'une description du projet de modification (ch. 5).

43.         En l'espèce, le département n'a pas mésusé de son pouvoir d'appréciation en n'accordant pas la dérogation prévue à l’art. 24c LAT et 27C LaLAT. En effet, la modification des deux lucarnes en cinq châssis n'est non seulement pas nécessaire aux fin d'habitation et ce, même si elle apporte plus de lumière naturelle, mais elle porte atteinte à l'architecture des toitures, ce qui est contraire à l'art. 4 ch. 2 du plan de site. Il en va de même s'agissant des toitures en terrasse, lesquelles ne sont pas nécessaires à l'habitation. Par ailleurs et comme l'a relevé à juste titre le département dans ses observations du 18 juin 2024, l'identité de la construction fait défaut vu notamment la taille des nouvelles toitures en terrasse. En tout état et comme l'a relevé la CMNS, les travaux réalisés sans droit ne sont pas conformes aux art. 3 et 4 du plan de site. Ainsi, les exigences majeures de l'aménagement du territoire ne sont pas réunies, de sorte qu'aucune dérogation fondée sur les art. 24c LAT et 27C LaLAT ne peut être accordée.

44.         Le grief tiré de la violation des art. 24c LAT et 27C LaLAT sera donc rejeté.

45.         Le recourant allègue enfin une violation de l'art. 15 LCI.

46.         L’art. 15 LCI prévoit que le département peut interdire ou n’autoriser que sous réserve de modification toute construction qui, par ses dimensions, sa situation ou son aspect extérieur nuirait au caractère ou à l’intérêt d’un quartier, d’une rue ou d’un chemin, d’un site naturel ou de points de vue accessibles au public (al. 1). La décision du département se fonde notamment sur le préavis de la CA ou, pour les objets qui sont de son ressort, sur celui de la CMNS. Elle tient compte également, le cas échéant, de ceux émis par la commune ou les services compétents du département (al. 2).

47.         Une telle clause fait appel à des notions juridiques imprécises ou indéterminées, dont le contenu varie selon les conceptions subjectives de celui qui les interprète et selon les circonstances de chaque cas d'espèce ; ces notions laissent à l'autorité une certaine latitude de jugement. Lorsqu'elle estime que l'autorité inférieure est mieux en mesure d'attribuer à une notion juridique indéterminée un sens approprié au cas à juger, l'autorité de recours s'impose alors une certaine retenue. Il en va ainsi lorsque l'interprétation de la norme juridique indéterminée fait appel à des connaissances spécialisées ou particulières en matière de comportement, de technique, en matière économique, de subventions et d'utilisation du sol, notamment en ce qui concerne l'esthétique des constructions (ATA/1102/2022 précité consid. 6c et l'arrêt cité).

48.         L’art. 15 LCI reconnaît ainsi au département un large pouvoir d'appréciation. Ce dernier n'est limité que par l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (ATA/383/2023 du 18 avril 2023 consid. 5.3.1).

49.         Dans le système de la LCI, les avis ou préavis des communes, des départements et organismes intéressés ne lient pas les autorités et n’ont qu’un caractère consultatif, sauf dispositions contraires et expresses de la loi ; l’autorité reste ainsi libre de s’en écarter pour des motifs pertinents et en raison d’un intérêt public supérieur. Toutefois, lorsqu’un préavis est obligatoire, il convient de ne pas le minimiser (ATA/1376/2024 du 26 novembre 2024 consid. 4.11 et les références citées).

50.         De jurisprudence constante, si la consultation de la CMNS est imposée par la loi, comme en l'espèce, le préavis de cette commission a un poids certain dans l’appréciation qu’est amenée à effectuer l’autorité de recours (ATA/1444/2024 du 10 décembre 2024 consid. 2.2.4 et les arrêts cités). La CMNS se compose pour une large part de spécialistes, dont notamment des membres d’associations d’importance cantonale, poursuivant par pur idéal des buts de protection du patrimoine (art. 46 al. 2 de la loi sur la protection des monuments, de la nature et des sites du 4 juin 1976 (LPMNS - L 4 05)). À ce titre, son préavis est important (ATA/1439/2019 du 1er octobre 2019 consid. 3b).

51.         En outre, selon une jurisprudence bien établie, les autorités de recours observent une certaine retenue pour éviter de substituer leur propre appréciation à celle des commissions de préavis pour autant que l'autorité suive l'avis de celles-ci. Les autorités de recours se limitent à examiner si le département ne s'écarte pas sans motif prépondérant et dûment établi du préavis de l'autorité technique consultative, composée de spécialistes capables d’émettre un jugement dépourvu de subjectivisme et de considérations étrangères aux buts de protection fixés par la loi (ATA/1252/2023 du 21 novembre 2023 consid. 7.2 ; ATA/135/2022 du 1er mars 2022 consid. 9h).

52.         En l'espèce, les spécialistes ont retenu que les bâtiments concernés étaient considérés comme "intéressants" dans le cadre du recensement architectural cantonal. Les châssis de toiture n'étaient pas du tout adaptés aux qualités de ce bâtiment ancien et étaient contraires à l'art. 4 al. 2 du règlement du plan de site. S'agissant des terrasses, elles se trouvaient dans une surface destinée à rester libre de construction. Par ailleurs, l'emprise importante de ces nouvelles toitures ainsi que l'imbrication de leur volumétrie portait atteinte au bâtiment principal et au site en général, ce qui contrevenait aux art. 4 et 6 du règlement du plan de site.

Quant à lui, le recourant indique que le remplacement des lucarnes par des velux assurait la présence de lumière naturelle dans les pièces à l'étage et devait être considéré comme modification extérieure mineure. Les chiens couchés étaient bien plus volumineux que des velux intégrés en toitures. La modification apportée aux terrasses et à la toiture devait être considérée comme une transformation ne dérangeant pas le fonctionnement du cours d'eau, étant précisé que le bâtiment n'avait aucune qualité étant presque en ruine lorsqu'il l'avait acquis.

Ce faisant, le recourant tente de substituer sa propre appréciation à celle des instances spécialisées. A cet égard, son opinion quant à l'absence de qualité du bâtiment litigieux se heurte au fait qu'il ait été qualifié d'"intéressant" au recensement architectural cantonal. Par ailleurs, il importe peu que les châssis ayant remplacé les lucarnes apportent plus de lumière naturelle que les anciennes lucarnes - ce qui n'est pas contesté -, au regard du fait qu'ils ne sont pas du tout adaptés au bâtiment, selon les spécialistes. Enfin, dans la mesure où les éléments contenus dans le préavis de le CMNS - dont il n'avait aucune raison objective de s'écarter - étaient suffisants pour refuser l'autorisation sollicitée, c'est à juste titre que le département n'a pas analysé, par économie de procédure, la conformité du projet aux art. 11 LForêts et 15 LEaux. Enfin, le tribunal, qui doit faire preuve de retenue et respecter le pouvoir d’appréciation conféré au département, ne saurait en corriger le résultat en fonction d'une autre conception, sauf à statuer en opportunité, ce que la loi lui interdit (art. 61 al. 2 LPA).

53.         Dès lors, ce grief sera également écarté.

54.         Mal fondé, le recours est rejeté.

55.         En application des art. 87 al. 1 LPA et 1 et 2 du règlement sur les frais, émoluments et indemnités en procédure administrative du 30 juillet 1986 (RFPA - E 5 10.03), le recourant qui succombe, est condamné au paiement d’un émolument s'élevant à CHF 1'200.- ; il est partiellement couvert par l’avance de frais versée à la suite du dépôt du recours. Vu l’issue du litige, aucune indemnité de procédure ne sera allouée (art. 87 al. 2 LPA).


PAR CES MOTIFS

LE TRIBUNAL ADMINISTRATIF

DE PREMIÈRE INSTANCE

1.             déclare recevable le recours interjeté le 15 avril 2024 par Monsieur A______ contre la décision du département du territoire du ______ 2024;

2.             le rejette ;

3.             met à la charge du recourant un émolument de CHF 1'200.-, lequel est partiellement couvert par l'avance de frais ;

4.             dit qu’il n’est pas alloué d’indemnité de procédure ;

5.             dit que, conformément aux art. 132 LOJ, 62 al. 1 let. a et 65 LPA, le présent jugement est susceptible de faire l'objet d'un recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (10 rue de Saint-Léger, case postale 1956, 1211 Genève 1) dans les 30 jours à compter de sa notification. L'acte de recours doit être dûment motivé et contenir, sous peine d'irrecevabilité, la désignation du jugement attaqué et les conclusions du recourant. Il doit être accompagné du présent jugement et des autres pièces dont dispose le recourant.

Siégeant : Gwénaëlle GATTONI, présidente, Oleg CALAME et Aurèle MÜLLER, juges assesseurs.

Au nom du Tribunal :

La présidente

Gwénaëlle GATTONI

 

Copie conforme de ce jugement est communiquée aux parties.

 

Genève, le

 

Le greffier