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1) En 2004, la Fondation des terrains industriels de Genève (ci-après : FTI) était propriétaire de la parcelle n° 2262, feuille 65 de Genève-Plainpalais, d'une surface de 25'993 m², située entre la route des Acacias et la rue Boissonnas dans la zone industrielle et artisanale de la Praille-Acacias-Vernets (ci-après : PAV). Dombes S.A. (ci-après : Dombes) est au bénéfice d'un droit de superficie sur cette parcelle depuis le 5 novembre 2004. Depuis lors, la parcelle a été acquise par l'Etat de Genève en 2010, dans le cadre d'échanges de parcelles.

Quatre bâtiments adjacents sont édifiés sur ce site le long de la rue Boissonnas. Communément appelés BAT43, ils abritaient auparavant l'usine de British American Tobacco désaffectée dans les années 1990.

2) Le 24 juin 2004, une autorisation définitive de construire (DD 98'745) a été délivrée à Dombes.

Ce projet faisait suite à une demande préalable portant sur la réaffectation d'une partie du site afin d'y implanter l'entreprise commerciale Media Markt. Dans le cadre de l'instruction du dossier, la Ville de Genève (ci-après : la ville) avait émis un préavis défavorable, puis s'était déclarée favorable si dans le même lieu des ateliers d'artistes étaient aménagés pour une surface équivalente à la surface commerciale.

Le projet autorisé le 24 juin 2004 visait essentiellement à l'implantation de Media Markt et à la transformation d'une autre partie du site pour des ateliers. Le solde des surfaces était voué principalement à l'activité industrielle et artisanale avec quelques bureaux.

Le préavis de la direction de l'aménagement du territoire (ci-après : DAT) du 4 juin 2004 était favorable, « compte tenu de la prépondérance des locaux compatibles avec la zone industrielle et artisanale, l'implantation du commerce (10 % environ de la SBP) était acceptable dans la mesure où le nombre de places de stationnement était limité ».

3) Le 20 octobre 2005 et le 30 octobre 2006, des autorisations de construire complémentaires (DD 98'748/2 et 98'748/3) ont été délivrées à Dombes.

Ces projets portaient sur la diminution de la surface dévolue aux ateliers d'artistes au profit d'un garage et de quatre arcades artisanales ainsi que sur la surélévation d'un bâtiment dit « D ». Par la suite, les arcades artisanales ont été transformées en surfaces vouées à des activités de service.

4) Le 18 septembre 2007, une autorisation de construire complémentaire (DD 98'748/4) a été délivrée à Dombes, portant sur une requête visant à la surélévation du bâtiment dit « L », ancien dépôt, et sa transformation en surfaces industrielles et artisanales, qui avait été déposée le 12 décembre 2006.

Lors de l'instruction de cette demande, le 5 février 2007, la FTI s'est déclarée favorable sous réserves de modifications du projet, notamment la réalisation de l'attique sans retraits.

Le 6 février 2007, la ville s'est déclarée défavorable avec une demande de révision du projet. Le type d'emploi, tertiaire, était envisageable sur le site mais le nombre de places de stationnement était incompatible avec les intentions d'aménagement de la zone.

Le 21 mars 2007, la DAT a sollicité une demande de complément. Elle soulignait que le projet s'inscrivait dans le périmètre du futur plan PAV, qui visait une requalification générale du site. La hauteur prévue dépassait les gabarits actuels de la zone mais demeurait admissible au regard de la prochaine densification prévue.

En mai 2007, le Conseil d'Etat a approuvé le « masterplan » PAV. Pour le secteur le long de la route des Acacias, des logements devaient être réalisés de façon prépondérante, tout en y intégrant une certaine mixité.

Le 22 juin 2007, la ville s'est déclarée favorable à un projet modifié sous réserves, en soulignant que celui-ci n'était pas en adéquation avec toutes les propositions du « masterplan » PAV, notamment de par l'absence de logements.

Le 4 juillet 2007, par courrier des mandataires de Dombes, il était exposé à l'office cantonal de la mobilité que quelque 850 places de travail seraient créées en ce lieu, qui serait dévolu aux activités de production et d'expédition d'une entreprise horlogère.

5) Le 24 septembre 2008, un projet de loi modifiant les limites de zones sur le territoire de la ville et des communes de Carouge et Lancy emportant la création d'une zone 2, d'une zone de développement 2, d'une zone de verdure et d'une zone de développement 2 affectée à des activités mixtes (PL 10788, ci-après : loi PAV), a été soumis à l'enquête publique. Suite à un référendum contre le préavis du conseil municipal de la ville, une convention a été signée en date du 4 mars 2010 par les différentes parties concernées, et une modification du projet de loi soumis à une nouvelle enquête publique.

6) Le 6 décembre 2010, Dombes a déposé une nouvelle demande complémentaire en autorisation de construire (DD 98'748/5) portant sur des modifications intérieures diverses des étages 1 à 5 et la création d'un accès en façade ouest du bâtiment L.

Lors de l'instruction de la demande, les préavis suivants on été recueillis :

-               le 18 janvier 2011, la FTI s'est déclarée favorable au projet.

-               le 7 février 2011, l'office de l'urbanisme du département des constructions et des technologies de l'information, devenu depuis le département de l'urbanisme (ci-après : le département) a préavisé favorablement le projet.

-               le 9 février 2011, la ville s'est opposée au projet au motif qu'à la lecture des plans, on pouvait déduire que les surfaces seraient dédiées à des bureaux paysagers et que cette affectation ne correspondait pas à la zone actuelle. Lors du changement de zone, seul un plan localisé de quartier (ci-après : PLQ) en force pouvait autoriser cette affectation avec la mise à disposition simultanée de logements en respect du principe « une place de travail = un logement ».

7) L'autorisation DD 98'748/5 a été délivrée le 17 mars 2011 par le département et publiée dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève (ci-après : FAO) du 23 mars 2011.

8) Le 9 mai 2011, la ville a recouru au Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) contre l'autorisation DD 98'748/5 en concluant à son annulation.

L'autorisation visait à créer des espaces affectés à des bureaux dans le bâtiment L, ce qui était contraire à la zone d'affectation. Elle aurait également dû être refusée en application de l'art. 13B de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT - L 1 30).

9) Le 13 juillet 2011, Dombes a répondu au recours en concluant à son rejet et le département en a fait de même le 25 juillet 2011.

10) Le 29 août 2011, la loi PAV, adopté le 23 juin 2011 par le Grand Conseil, est entrée en vigueur.

Pour le secteur dans lequel se situe la parcelle concernée, soit le secteur Acacias Est (F), la loi indique qu'il est dévolu à « une affectation mixte, comportant des logements, des activités tertiaires, des entreprises sans nuisances ou moyennement gênantes, avec une nette prédominance de logements » (art. 4 al. 6 loi PAV).

11) Le 18 avril 2012, lors de l'audience de comparution personnelle des parties, Dombes a précisé que les locataires actuels du bâtiment exerçaient des activités compatibles avec le règlement de la zone industrielle Praille-Acacias. Il s'agissait des entreprises Passeur de vins (distributeurs de vins), Créadigital (école dans la communication), Young & Rubicam (créatifs dans l'audiovisuel), Procter & Gamble, BJ Office et BJ Coffee. Les baux avaient été agréés par la FTI. En outre, toute nouvelle candidature présentée pour louer les espaces du bâtiment faisait l'objet de l'aval de la FTI.

Le 80 % de l'objet de l'autorisation complémentaire concernait la modification du concept de sécurité requis par le département. Les sanitaires avaient simplement été déplacés de 5 m. La configuration en « open space » avait toujours figuré sur les plans des autorisations précédentes. Les travaux étaient désormais achevés. Procter & Gamble avait déposé une demande d'autorisation visant à cloisonner ces locaux, dans le but notamment d'y installer des laboratoires (APA 35'201-1).

La représentante du département a indiqué que depuis l'entrée en vigueur de la loi PAV le 29 août 2011, la procédure d'adoption du plan directeur de quartier (ci-après : PDQ) n'avait pas encore été initiée et que celle-ci pouvait durer de deux à cinq ans.

Le représentant de la ville a déclaré que le recours était maintenu, au motif que les modifications intérieures faisant l'objet de la demande d'autorisation complémentaire entraînaient une affectation des locaux non conforme à la zone industrielle et artisanale, s'agissant manifestement de bureaux. Des études visant la réalisation de ce PDQ étaient déjà bien avancées, et la convention signée le 4 mars 2010 entre l'Etat, les villes et le comité référendaire prévoyait un délai de deux ans pour l'adoption du PDQ.

12) Le 18 avril 2012, le TAPI a rejeté le recours.

Les modifications apportées au bâtiment faisant l'objet de l'autorisation de construire litigieuse étaient conformes à la zone d'affectation. Le département n'avait pas outrepassé son pouvoir d'appréciation en ne prononçant pas un refus conservatoire qui ne s'imposait pas.

13) Le 7 juin 2012, la ville a recouru auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre le jugement du TAPI, concluant à son annulation ainsi qu'à celle de l'autorisation de construire complémentaire DD 98'747/5.

L'audition de la directrice générale de l'office de l'urbanisme et de la directrice du PAV devait être ordonnée, ainsi que la production des planifications relatives aux PLQ dans le secteur des Acacias.

L'autorisation complémentaire DD 98'747/4 permettait la surélévation du bâtiment, pour autant que l'essentiel de celui-ci soit consacré à l'activité industrielle ou artisanale telle que prévue par la zone d'affectation. En sollicitant l'autorisation litigieuse, Dombes visait clairement à créer des espaces affectés à des bureaux dans le bâtiment L, ce qui était contraire à la zone. Le TAPI s'était fondé uniquement sur les déclarations de Dombes, sans examiner les preuves matérielles telles que les baux ou les approbations remises par la FTI à la conclusion des baux. Les aménagements sollicités ne permettaient pas à une entreprise exerçant une activité industrielle et artisanale de s'installer dans les locaux.

Au moment de la délivrance de l'autorisation querellée, la loi PAV était à l'étude auprès de la commission de l'aménagement du Grand Conseil. Pour sauvegarder les objectifs urbanistiques dans le secteur, le département aurait dû refuser l'autorisation dans la mesure où cette requête, installant 12'000 m² de bureaux, contrevenait aux principes d'aménagement futur de ce secteur. Le refus conservatoire constituait une mesure provisionnelle individuelle tendant à protéger un processus de révision des plans d'affectation. Ce refus était indispensable en vue de rendre effectives les décisions des autorités tendant à une meilleure utilisation du sol.

Avec la loi PAV et conformément à l'accord avec les communes, le secteur devait tendre vers un équilibre entre logements et emplois, avec une prédominance des premiers. En autorisant maintenant cette modification intérieure pour réaliser des bureaux, il serait difficile voire impossible de pouvoir y réaliser des logements à moyen terme. Les bureaux étaient réputés plus rentables que les logements. En maintenant une affectation industrielle, les changements voulus pourraient être réalisés à terme. Le département aurait dû prononcer un refus conservatoire puisque le PDQ pouvait être adopté dans un délai de douze mois.

14) Le 14 juin 2012, le TAPI a déposé son dossier sans formuler d'observations.

15) Le 30 juillet 2012, le département a déposé des observations, concluant au rejet du recours.

L'autorisation principale et les trois autorisations complémentaires successives avaient toutes obtenu les préavis favorables de la ville, de la DAT et de la FTI. L'autorisation litigieuse avait également bénéficié de préavis favorables. Seule la ville faisait une interprétation du projet qui n'était soutenue par aucun élément probant.

La zone industrielle et artisanale était gérée par la FTI, qui était chargée non seulement d'émettre les préavis quant aux constructions projetées, mais également d'examiner si l'activité des locataires était compatible avec le but poursuivi.

Les modifications apportées au bâtiment étaient conformes à la zone.

L'art. 13B LaLAT conférait un très large pouvoir d'appréciation à l'autorité. Or, en l'espèce, un refus conservatoire n'était pas envisageable aucun projet de PLQ concernant le secteur visé n'était prévu dans les délais fixés.

16) Le 27 juillet 2012, Dombes a conclu au rejet du recours ainsi qu'au versement d'une indemnité de procédure. Le recours ne portait sur aucun point technique et la ville n'avait aucun intérêt légitime à recourir.

Une autorisation complémentaire ne pouvait pas remettre en cause le principe des autorisations entrées en force.

Les travaux concernant le bâtiment L étaient achevés et les baux pour la location des 9 niveaux (y compris les parkings) acceptés par la FTI.

Le projet querellé faisait suite au constat, lors du chantier, que le service du feu avait retenu une qualification de « bâtiment de grande hauteur » dans son préavis du 31 juillet 2007 rendu au cours de l'instruction de la DD 98'748/4. Une demande de mise à jour de ce statut sécuritaire avait été faite auprès du département et une requête complémentaire avait été déposée. Outre les aménagements visant à l'adaptation du concept de sécurité, certaines modifications mineures, telles la création d'une ouverture dans la façade ouest du bâtiment au rez-de-chaussée ainsi que l'aménagement d'espaces sanitaires dans les étages 1 à 5 faisaient également l'objet de la requête. Il n'y avait aucune modification fondamentale du projet autorisé précédemment.

Les plans sur lesquels la ville fondait son motif de recours, à savoir qu'un « open space » de bureaux était projeté, étaient les mêmes lors des demandes d'autorisation complémentaires précédentes que la ville n'avait pas contestées.

La ville soutenait que le projet n'était conforme ni à la zone industrielle et artisanale ni à la zone actuelle, ce qui n'était pas soutenable. Les travaux préparatoires du Grand Conseil relatifs à la loi PAV prévoyaient clairement que les constructions existantes et les droits de superficie en cours bénéficieraient d'une situation acquise. Or, selon les directives concernant les activités admissibles dans les zones industrielles, le principe même de l'« open space » n'était pas exclu, ni même celui de bureaux s'ils étaient nécessaires au déploiement des activités principales.

Selon les informations publiées sur son site internet, la ville s'opposait au projet car elle l'estimait contraire au protocole d'accord signé au sujet du PAV, les ateliers d'artistes prévu en 2005 n'ayant pas été créés. Or, un contrat de bail à loyer avait été conclu et se poursuivait avec la coopérative BAT 43 - Métiers d'art, en vue de la sous-location de 31 ateliers.

Le refus conservatoire n'avait à juste titre par été retenu par le département. Plus de seize mois après la délivrance de l'autorisation querellée la mise à l'enquête du plan d'affectation n'avait pas eu lieu. En outre, le projet querellé ne mettait pas en péril les objectifs d'aménagement du plan PAV.

Le comportement de la ville était constitutif d'un abus de droit. Son dernier préavis était en contradiction avec ceux rendus précédemment, et le dépôt du recours aussi.

17) Le 17 septembre 2012, la ville a maintenu son recours et l'entier de ses conclusions, en renonçant à formuler d'autres remarques.

18) Sur ce, la cause a été gardée à juger, ce dont les parties avaient déjà été informées le 3 août 2012.

1) Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).

2) La recourante sollicite l'audition de témoins.